Nach den Ereignissen der Original Blue Dragon-Serie haben sich Shu und Bouquet einer Widerstandsgruppe angeschlossen, um gegen General Logis Invasionsarmee zu kämpfen. Sie treffen auf ein mysteriöses Kind namens Noi, welches die Kraft hat, Shus Gegenstück Blue Dragon wiederzubeleben. Gemeinsam retten sie Noi vor dem Angriff eines roten Drachen. Nun begeben sich Shu und seine Begleiter erneut auf die Reise, um den Zweck und das Geheimnis der Drachen zu entschlüsseln. Auf ihrem Weg zum Ziel müssen sie einige Prüfungen über sich ergehen lassen und die Ereignisse stoppen, welche das Schicksal der Menschheit bedrohen.