Un énorme nuage assombrit la ville. Arkatakor, le Maître de l'Empire de l'Apocalypse, veut s'emparer de la Terre. C'est la panique : plus rien ne fonctionne, les gens s'enfuient. Un jeune homme accompagné d'un tigre blanc s'occupe alors de Tim, un petit garçon qui s'est perdu. Le jeune homme revêt son armure. C'est un des 5 Samouraïs de l'Éternel ! Ensemble, ils combattent les forces du mal.

Une intervention militaire échoue face à Arkatakor, qui ordonne à ses lieutenants de s'occuper de Sandy. Les Samouraïs de l'Éternel sont obligés de former un faisceau protecteur autour d'elle pour la protéger.

Des Chevaliers de l'Apocalypse poursuivent Tim et Sandy, qui s'enfuient à dos de Tigre. Heureusement pour eux, un tremblement de terre leur laisse un moment de répit. De nouveau en difficulté, ils sont sauvés in extrémis par leur ami Samouraï qui combat ensuite son ennemi en un contre un. Un terrible duel commence.

De retour chez lui avec Sandy et Ryô, Tim constate que ses parents ont disparu. Et Arkatakor a chargé Cyanor, un de ses lieutenants, d'éliminer les Samouraïs. Plus tard, Ryô devra livrer un grand combat contre les Tojas. Paré de son armure ancestrale, il prendra la relève du Tigre pour affronter le Toja. Il sait que plus le combat dure, et plus le pouvoir du Chevalier de l'Apocalypse augmente.

Tim, Sandy et Ryô partent à la recherche de Sarky, un autre Samouraï. Sur leur route surgit Cyanor, venu pour se venger de Ryô. Ils s'affrontent, mais Ryô, blessé au visage, est sauvé in extrémis par le Tigre Kraor qui lui vient en aide. Cyanor s'en prend alors à Tim et Sandy. Combien de temps Sarki restera-t-il invisible ? Viendra-t-il à la rescousse de ses amis, en très mauvaise posture ?

Arkatakor a ordonné à Cyanor de se débarrasser de Ryô. Un combat tout feu et tout flamme se prépare au fond de l'eau. Ryô, qui a plongé dans la rivière pour aller sauver un de ses amis, est attaqué par Cyanor et ses hommes. Heureusement, Yann lui viendra en aide : sur terre et sous mer, les deux Samouraïs de l'Éternel livrent une nouvelle bataille contre les forces du mal.

Sarki et son amie sont pris dans une tempête de neige et attaqués par des loups. Déclenchée par Arkatakor, une avalanche les sauve des loups mais Sarki est obligé de combattre le maître des force du mal. Blessé et inconscient, il entend une voix avant de revenir à lui. Son amie, elle, a bel et bien aperçu l'inconnu qui protège les Samouraïs de l'Éternel.

À la recherche de Thomas, le cinquième Samouraï parti sur un satellite, nos amis devront affronter une nouvelle fois les forces du mal. Mais cette fois-ci dans l'espace et en devant lutter contre les esprits maléfiques dirigés par Arkatakor, qui les a réveillés par des incantations. Il leur est facile de détruire la bombe envoyée dans l'espace par Arkatakor. Mais comment combattre des esprits ?

Pour réussir à vaincre les esprits maléfiques envoyés par Arcatacor, Ryô s'est introduit à l'intérieur de la boule lumineuse dirigée par les esprits du mal. Affaibli, il réussit à faire voler la bombe en éclat mais il reste immobilisé par manque de force. Heureusement, il est sauvé par Thomas qui l'avait reconnu dans l'espace. À peine ont-ils rejoint sur Terre leurs amis qu'ils sont attaqués...

Dans son palais entouré d'un bouclier de brouillard, Arkatakor convoque Merlor pour qu'il l'aide à se défendre des Samouraïs qui approchent. Mais parce que les esprits maléfiques ont aussi été appelés, les Samouraïs ne peuvent pas revêtir leur armure. Seul le bâton magique de Sandy permettra aux Samouraïs de l'Éternel de venir à bout de leurs adversaires...

Ryô et Rock repoussent des ennemis tout en protégeant Sandy et Tim. Leur nombre augmentant toujours, ils sont contraints de demander à Sandy et Tim d'aller se mettre à l'abri. Ils se réfugient dans un souterrain. Ce sera Sarki, qui les sauvera d'une armée d'ennemis venus les attendre à leur sortie, et qui seul pourra venir à bout du terrible Obscurator, grâce au pouvoir de son bâton magique.

Sarki a réussi à éliminer Obscurator, le démon des ténèbres, mais Arkatakor a réussi à séparer nos amis. Après un combat contre des Tojas dans un train, le maître de l'Apocalypse tente de convaincre Rock de rallier les forces du mal. Mais ce dernier ne l'entend pas ainsi. Il revêt son armure et réussit à faire pas mal de dégâts. Le doute cependant s'est installé dans son esprit.

Une fois dans l'empire d'Arkatakor, les 5 Samouraïs ont affaire à une forte partie. Rock combat d'abord Merlor tandis que sur terre 3 autres Samouraïs ont maille à partir avec un groupe de Tojas. Plus tard, Rock ne parvenant pas à enfiler son armure décide quand même d'affronter Zebuth, qui lance une violente attaque. Au dernier moment, Rock parviendra à revêtir son habit de justice.

Kaos a eu une discussion avec Zebuth qui oblige Arkatakor à leur donner la chasse. Les 5 Samouraïs, qui n'ont pas manqué de remercier Kaos pour son aide, tentent en vain de sauver Zebuth des armées de l'ombre. Il est emmené tandis que Kaos part seul affronter Arkatakor, dans un sacrifice qui permettra peut-être aux Samouraïs de pénétrer enfin dans le Palais des Ténèbres.

Dans son combat contre Arkatakor, Khaos a libéré une passerelle qui permet aux 5 Samouraïs d'arriver directement aux portes du palais. Ils affrontent en chemin les Esprits maléfiques et sont d'abord repousser par des sbires d'Arkatakor. En ouvrant enfin les portes du palais, ils sont plongés dans le monde des ténèbres. Ils se retrouvent à nouveau face à Merlor, le roi de l'illusion.

Arkatakor a décidé d'intervenir pour s'emparer des armures des Samouraïs. Inquiets, Tim et Sandy décident d'aller voir s'ils peuvent faire quelque chose pour leurs amis. Ils partent avec Kaos, qui les emmène sur son dos. Arkatakor réussira-t-il à mettre à exécution son terrible dessein ?

Avant de réveiller l'Empire de l'Apocalypse, Arkatakor doit encore se procurer l'armure de Ryô, qui reste le seul des Samouraïs vaillant. Ryô poursuit son combat contre le terrible Arkatakor. Il est tiré d'une très mauvaise posture par Kraor, venu à son secours alors que sa situation semblait désespérée. Il est malheureusement absorbé par l'armure de l'Apocalypse...

Tous les Samouraïs, à l'exception de Ryô, ont été absorbés par Arkatakor. Alors que tout semble perdu pour nos amis, il ne reste plus qu'à Ryô à vaincre seul son terrible ennemi. Il bénéficie heureusement de la force magique des cinq armures réunies. La victoire de Ryô sur Arkatakor permet aux 4 autres Samouraïs de sortir de leur état d'inertie et la ville retrouve son paisible visage...

Les armures ancestrales sont revenues à la vie. Certaines pour défendre le bien, d'autres pour défendre le mal. Cette nuit, Arkatakor n'est plus qu'un mauvais rêve dans le sommeil agité de Ryô. Cependant, dans l'ombre, un nouveau tyran, Tarambo, s'apprête à devenir le maître du monde... Il est déjà prêt à tout pour obtenir l'amure de Ryô...

Tarambo semble très décidé à se procurer l'armure suprême. Tandis que les autres Samouraïs essaient de récupérer, Ryô se décide à l'affronter seul. Il se rend sur le port pour honorer un duel avec lui mais il tombe dans un piège. Heureusement, les autres Samouraïs avertis par Tim viennent à son secours. Ils transmettent leurs pouvoirs à Ryô qui se retrouve doté de l'armure suprême.

Les Samouraïs sont inquiets : suite au combat contre Tarambo, le sabre de Ryô est très abîmé. Spadassor, qui possède les Sabres suprêmes, veut s'emparer de l'armure magique. Mais quand les cinq Samouraïs le rencontrent, ils concentrent tous leurs pouvoirs sur Ryô. Il commence à peine à se battre contre Spadassor que son sabre se brise...

Kraor qui, malgré sa blessure, a pris en chasse le tigre de l'Apocalypse, l'affronte enfin dans un combat régulier. Quand Ryô le rejoint, il constate qu'il a pris un sabre sacré mais qu'il est à nouveau touché. Ryô se pare de son armure et combat le Tigre. Doté de l'armure magique, il élimine Spadassor et récupère les deux sabres.

Ryô est accompagné de Sandy et Kraor. Sur leur chemin, un ennemi en quête de l'arme suprême s'interpose. Ryô, revêtu de l'armure magique, terrasse alors son puissant adversaire mais les portes de l'Empire de l'Apocalypse s'ouvrent devant eux. La voix d'Arkatakor leur annonce un noir présage. Il prédit aux Samouraïs leur ralliement aux forces du mal...

Le Royaume de l'Apocalypse cherche à reprendre les armures magiques. Inquiets, les Samouraïs de l'Éternel craignent que l'énorme puissance de l'armure ne les fasse inconsciemment glisser dans le Royaume du Mal. Cianor, un envoyé des Ténèbres, fait alors tomber Yann dans un piège et l'emporte dans les tréfonds du Royaume.

Un sage a appris à un des Samouraïs que leurs armes étaient issues de celle d'Arkatakor. Il l'incite à faire travailler son esprit en l'exhortant à la prudence. Sarki se retrouve alors face à Obscurator qui le projette dans un piège : Obscurator a transformé le temps en glace. Quand Sarki réussit enfin à se libérer de l'emprise du mal, il ne peut pas empêcher Arkatakor de le faire prisonnier.

Rock affronte un des sbires d'Arkatakor, puis les célèbres Zatintos. Alors qu'il a revêtu son armure magique, il se rend compte que les forces du mal perturbent les flots d'énergie naturelle. Sur les conseils de Kaos, il est obligé de faire appel à toutes ses capacités de concentration pour sortir de ce champ d'influence hostile.

Propulsé dans le ciel, Thomas se retrouve face à Karyura, une jeune femme qu'il est obligé de combattre. Il l'affronte mais ne peut rien contre elle. Redescendu sur terre, il retrouve Ryô et apprend que leurs amis sont prisonniers. Ils repartent ensemble dans les airs pour leur venir en aide mais ils rencontrent à nouveau Karyura, cette mystérieuse jeune femme venue de l'Apocalypse...

Kaos était intervenu dans le combat avec Karyura pour protéger les deux jeunes Samouraïs. Il l'affronte seul, à présent, en parvenant à prendre le dessus sur elle. Pendant ce temps, Ryô et Thomas se sont décidés à retourner dans le Royaume du Mal pour libérer leur amis mais un homme à l'apparence de Kaos s'approche d'eux, il s'agit de Zebuth...

Aux portes du monde de l'Apocalypse, Ryô, Thomas et Kaos retrouvent Karyura. La jeune femme apporte un sabre à un guerrier et le charge de la part d'Arkatakor d'éliminer les deux derniers Samouraïs. Pendant que Ryô et Thomas livrent un combat désespéré à une armée de Tojas, la jeune femme, seule dans sa chambre, fait preuve d'un très étrange comportement...

Au royaume des forces du mal, Thomas, Ryô et Kaos poursuivent la lutte pour tenter de délivrer leurs amis. Leurs ennemis se servent des forces des prisonniers pour accroître leur puissance. Ils tentent également d'invoquer les forces démoniaques pour obtenir l'armure de l'Empereur Alexor.

L'intervention inattendue de trois démons sauve Ryô et son armure suprême qui allait tomber sous le contrôle des forces du mal. Tous les combattants sont pris de cours par la puissance phénoménale de l'armure d'Alexor.

Pendant que Ryô et Thomas livrent un combat acharné au Royaume du Mal, les soldats d'Arkatakor envahissent la Terre. Sandy et Tim se voient confier la mission de récupérer le collier de la vie, conservé dans un temple situé au fond d'un lac. Les deux jeunes terriens sortent victorieux de l'expédition.

Après de terribles combats, les Samouraïs parviennent à s'extraire de l'enfer souterrain du royaume des morts tandis que Zebuth, Tim et Sandy se sont décidés à les rejoindre pour leur porter secours... Nos amis parviendront-ils à être "les derniers des samouraïs" ?

Aidés de l'arrivée inattendue de Zebuth, l'ancien démon mystérieux, Tim, sandy et les Samouraïs réussissent à libérer leurs amis prisonniers d'Arkatakor. Le collier de la vie qu'arbore Tim autour de son cou se montre une arme redoutable contre les forces du mal.

Les Samouraïs s'attaquent à la furie protégée d'Arkatakor mais elle est protégée de toutes les forces du mal regroupées derrière elle. Finalement, après bien des péripéties, les Samouraïs parviennent à la neutraliser avec l'aide de Zebuth.

Les Samouraïs et l'ancien démon Zebuth doivent faire face aux forces du mal qui défendent l'approche du palais de leur maître. Zebuth décide de revêtir une dernière fois l'armure qu'il avait abandonnée.

Les Samouraïs s'efforcent de délivrer Karyura de l'emprise de Batamon. Pour cela, Zebuth revêt son armure mais il périt de ses blessures au combat. Arkatakor dépossédé de Karyura décide alors d'aller lui-même au combat.

Au bord de la défaite, Arkatakor profite d'une éclipse pour lancer tous les démons du mal à la conquête de la Terre. Ryô doit revêtir l'armure suprême pour le combattre. Aidé par le collier de la vie que porte Tim, il finit par le désintégrer. Tout rentre dans l'ordre sur la Terre qui, grâce aux cinq Samouraïs et à Tim et Sandy, redevient le meilleur des mondes.