체리는 명랑하고 활발한 초등학교 4학년생. 어느 날 지하 서고에서 빛을 내는 책을 발견한다. 그 책에서 ‘크로우 카드’라고 하는 신비한 카드가 봉인되어 있었다. 체리는 어쩌다 책에 걸려있던 봉인을 풀게 되고 그 안에 있던 카드는 전부 다 날아가 버리고 만다. 그리고 한 발 늦게 체리 앞에 ‘케르베로스’라고 하는 봉인의 파수꾼이 나타난다.

어느 날 체리가 학교에 가보니 교정에도 교실에도 책상, 의자가 산더미같이 쌓여있었다. 범인이 누군지 몰라 모두 당황하고 있을 때 체리는 크로우 카드의 짓이 아닐까 의심하게 된다. 이 괴상한 사건을 해결하기 위해 체리는 케로, 지수와 함께 한밤 중에 학교를 찾아간다. 그리고 그곳에서 특이한 사건을 목격한다.

현장학습으로 수족관을 찾은 체리와 친구들. 즐겁게 구경을 하고 있을 때 펭귄쇼에서 이상한 사고가 발생한다. 크로우 카드의 짓이라는 걸 느낀 체리는 붙잡을 방법을 고민하지만 ‘물’은 잡기 어렵다는 케로의 말에 걱정이 앞선다. 그러던 어느 날 청명은 체리에게 데이트 신청을 하고, 맛있는 가게가 있다고 데려간 곳이 바로 그 수족관이었다.

지수와 함께 공원 피크닉을 가기로 약속한 일요일! 체리는 아침 일찍 일어나 즐거워하지만 자신이 집안일을 담당하는 날이었다는 걸 알고 아쉽게 약속을 취소한다. 케로의 도움을 받아 청소, 빨래 등을 열심히 하고 있을 때 집안에서 이상한 소리가 들려오고 갑자기 거대한 나뭇가지의 공격을 받게 된다.

체리네 학교 근처에 귀여운 인형과 잡화를 파는 팬시점이 생긴다. 등교할 때 가게 주인 세나와 인사를 나눈 체리는 방과 후 친구들과 함께 다시 찾아가 가게 정리를 돕는다. 다음 날 다빈이네 집에 놀러간 체리와 친구들은 어제 가게에서 사왔던 판다 인형이 갑자기 사라지는 현장을 목격한다.

학교 뒷산에 있는 숲에서 유령이 나온다는 얘기를 들은 체리와 친구들은 다함께 유령의 존재를 확인하기 위해 찾아간다. 그곳에서 체리는 놀랍게도 엄마의 유령을 만나게 되고 큰 위험에 빠지게 된다. 정말로 유령인지, 크로우 카드인지 알 수 없는 상황에서 체리는 다시 한 번 용기를 낸다.

미술관에 가서 그림을 그리게 된 체리와 친구들. 체리는 어느 그림 앞에서 난동을 부리는 아이, 유안을 만나게 되고 그림에서도 이상한 기운을 느낀다. 그림에서 보였던 모습이 크로우 카드란 걸 알게 된 체리는 지수, 케로와 함께 다시 한번 미술관을 찾는다. 한밤중에 숨어든 미술관에서 조심조심 그림이 있던 홀로 향해가고 있을 때 낮에 봤던 유안을 다시 만나게 된다.

꿈속에서 초록색 옷을 입은 소년을 본 체리. 케로는 마력을 가진 체리의 꿈이니만큼 예지몽일지도 모른다는 말을 해주고 정말로 그날 학교에서 홍콩에서 전학 온 소년을 만나게 된다. 소년의 이름은 리 샤오랑. 중국에서도 유명한 도사 집안인 ‘리 가문’의 후손으로 크로우 카드의 먼 친척뻘이 되는 샤오랑은 카드캡터로서의 체리의 능력을 무시하며 크로우 카드를 내놓으라며 윽박지른다.

샤오랑한테 한 소리 듣고 침울해져 있는 체리를 위해 지수와 민지는 근사한 잡화 가게에 데려간다. 여러가지 멋진 물건을 보며 즐거워하는 체리. 셋은 각자 마음에 드는 브로치를 하나씩 구입하고 체리집에서 놀다가게 된다. 구입한 브로치를 달아보며 즐거워하고 있을 때 민지가 갑자기 브로치에서 나타난 검을 들고 체리를 공격한다.

학교 운동회 날, 일로 바쁜 아빠 대신 오빠와 청명오빠가 응원하러 와줘서 기뻐하는 체리. 뛰어난 운동신경으로 여러 종목에서 우승하고 치어리딩 행사까지 성공적으로 해낸다. 점심시간 때 아빠가 오게 되고 그 자리에서 지수엄마를 소개받던 중, 체리와 지수는 체리아빠와 지수엄마가 서로 아는 사이라는 걸 알게 돼서 깜짝 놀란다.

곤란한 일이 생겨서 의논할 게 있다며 지수는 체리를 자기 집으로 초대한다. 처음 가보는 지수네 집은 어마어마한 부잣집이라 체리는 여리저기 둘러보며 감탄한다. 집으로 부른 이유를 본격적으로 얘기하려는 순간 회사에서 급하게 돌아온 지수엄마가 들어오고 셋은 같이 정원에서 다과를 즐기게 된다. 지수엄마한테서 엄마의 옛날이야기를 들던 체리는 문득 아빠의 이야기도 묻게 된다.

음악시간의 리코더 실기시험 때문에 긴장하는 체리. 실수를 한번 하긴 했지만 무사히 끝난 것에 안도하고 축배까지 들었는데 다음 날 학교에서 다시 리코더 시험을 치게 된다. 똑같은 하루가 반복되고 있다는 것을 알게 된 체리는 크로우 카드의 짓이라는 걸 가르쳐 준 샤오랑과 함께 크로우 카드가 숨어있는 학교 시계탑으로 향한다.

동물원으로 소풍을 가게 된 체리와 친구들은 조별로 정해진 동물들을 관찰하고 그리며 즐거운 시간을 보낸다. 하지만 갑자기 커다란 소리와 함께 땅이 흔들리고 우리가 부서져 동물들이 뛰쳐나오기 시작한다. 크로우 카드의 짓이란 걸 알게 된 체리는 문제를 일으킨 파워 카드를 잡기 위해 힘겨루기를 제안한다.

도진과 청명의 고등학교에서 문화제가 열린다. 체리는 청명에게 초대권을 받아 들뜬 마음으로 지수와 함께 성조 고등학교에 간다. 일일찻집을 하고 있는 청명의 교실에서 음료수를 마시다 샤오랑도 만나게 되고 일행은 학교를 둘러보며 즐거운 시간을 보낸다. 그러다 도진이 출연하는 연극을 보러가는데 공연장에서 뜻밖의 사고를 목격한다.

사소한 일로 말다툼을 하게 된 체리와 케로. 다음 날 체리는 자기 서랍을 멋대로 어지럽힌 케로와 다시 한번 크게 싸우게 되고 화를 못 이긴 케로는 술이 든 초콜릿을 잔뜩 먹고 집을 나가고 만다. 취해서 길거리에서 자던 케로를 하루라는 어린아이가 발견해 집으로 데려가 정성껏 보살핀다. 케로는 ‘아냐’라는 이름으로 불리며 하루와 함께 빈 집을 지키던 중 갑자기 이상한 일이 벌어진다.

여름방학을 맞아 별장을 빌려 여름휴가를 가게 된 체리네 식구들! 청명까지 함께 가게 돼서 체리는 설레고 기쁘다. 도착한 별장에서 즐겁게 지내던 체리는 주변 산책을 나가게 되고 근처에서 크고 멋진 별장을 발견한다. 그곳의 주인인 할아버지에게 차 한 잔 마시고 가라는 권유를 받은 체리는 이런저런 얘기를 하는 새 할아버지와 몹시 친해지고 다음 날에도 또 찾아가게 된다.

여름해변학교에 간 체리와 친구들은 수영도 하고 고기도 잡으며 즐거운 시간을 보낸다. 하지만 다음 날 담력시험이 있다는 얘기에 겁에 질린 체리는 혼자서 잠 못 이루고 있다 샤오랑과 이런저런 얘기를 나누게 된다. 담력시험 날, 지수와 함께 바닷가에 있는 바위동굴에 들어가지만 동굴 안에선 이상한 일이 벌어지고 있었다.

Sakura visits a festival with Tomoyo, Yukito, and Toya. After meeting Chiharu and Takashi, Sakura and Yukito wander away from the group where they find glowing lights falling from a tree like snow at the back of the shine — just like a dream Sakura envisioned the night before. Just as Sakura is about tell Yukito something, she is interrupted by their friends. When everyone leaves for snow cones, Sakura captures The Glow.

개학 전날 방학숙제를 마무리하기 위해 정신없는 체리. 해도 해도 남아있는 숙제 때문에 케로와 오빠의 도움까지 받던 중 독서감상문을 쓰기 위해 지수와 함께 동네 도서관으로 향한다. 하지만 읽으려고 한 책이 도통 보이질 않고, 우연히 만난 샤오랑이 보고 있다는 얘기를 듣고 샤오랑을 찾지만 책도 샤오랑도 보이질 않는다.

샤오랑 집에서 만났던 소녀 메이링이 2학기 첫날 전학을 온다. 알고 보니 메이링은 샤오랑의 먼 친척이었고 심지어 약혼자라고 주장한다. 마을에서 벌어지는 이상한 사건에서 크로우 카드를 기운을 느낀 체리는 카드를 잡기 위해 나서고, 현장에서 만난 메이링은 크로우 카드와 격투를 벌이게 된다.

우수초등학교에서 마라톤 대회가 열린다! 달리기가 빠른 체리는 즐거운 마음으로 대회를 기대하고, 메이링도 샤오랑과 함께 1, 2등을 차지하기 위해 맹훈련에 돌입한다. 마라톤 대회날 셋은 선두그룹을 유지하며 빠르게 달려나가지만 반환점을 돌고도 이상하게 계속 같은 자리만 맴돌고 있다는 걸 알게 된다. 체리와 샤오랑은 크로우 카드의 기운을 느끼고 위치를 찾기 위해 고심한다.

논문 발표를 앞둔 아빠를 돕기 위해 체리와 도진은 집안일을 도맡아 한다. 며칠 밤을 새가며 일하는 아빠를 걱정한 체리는 맛있는 걸 사들고 대학교로 찾아가지만 갑자기 모두 잠들어 버린다. 크로우 카드의 짓임을 알게 된 체리는 카드를 잡으려다 연구실을 엉망으로 만들어버리고 만다.

전국 합창대회 연습을 위해 지수가 열심히 노래 연습을 하고 있는 음악실에 유령이 나온다는 소문이 퍼진다. 매일 밤 10시만 되면 이상한 노랫소리가 들린다는 얘기에 체리는 내키지 않는 조사에 나선다. 유령이 나올까봐 무서워하며 어두운 복도를 걷고 있을 때 샤오랑과 메이링을 만나게 되고, 잠시 후 말로만 듣던 기묘한 노랫소리를 듣게 된다.

TV에 나오는 유럽의 성들을 보며 자신도 성처럼 큰 집에서 살아보고 싶다며 부러워하는 체리. 그러던 어느 날 지수가 체리네 집에 놀러오고 함께 즐거운 시간을 보내게 된다. 그때 크로우 카드의 기운을 느끼고 쫓아간 체리는 카드와 닿자마자 몸이 작아져버리고, 고양이와 벌레에게 쫓기면서 엄청나게 커져버린 집안을 뛰어다니게 된다.

친구들은 체리가 나쁜 짓을 하며 동네를 돌아다니는 장면을 목격하지만 체리는 그런 적이 없어서 당황한다. 그러던 어느 날 체리는 자신과 똑같은 모습을 한 무언가와 마주치게 되고 크로우 카드의 기운을 느낀다. 그 이상한 존재는 도진에게 접근해 위험한 일을 시키고, 그러다 도진이 크게 다치게 된다.

길에서 도움을 준 멋진 여자분과 학교에서 다시 만나게 된 체리. 알고 보니 새로 오신 수학 선생님 문현아였다. 체리와 친구들은 문 선생님 얘기 중 월봉사에서 파는 부적이 화제에 오른다. 사랑 부적이 특히 효험 있다는 말에 체리는 지수와 함께 월봉사로 향하고 그곳에서 샤오랑과 메이링을 만나게 된다. 그때 갑자기 이상한 느낌과 함께 거대한 미로 속에 빠져버린다.

After waking up early, Sakura goes for a skate and remembers the dream she had the night before about a mysterious figure standing on the Tokyo tower. She soon ends up at the shrine were the Maze card was captured and meets Ms Mizuki. Sakura and Yukito go on to help Ms Mizuki clean the shrine. After school, Sakura and her father are together and it is revealed that Toya know Ms Mizuki when she was an assistant teacher while Toya was in Junior High. Kero is soon alerted to a strong presence coming from the shrine. While at the shrine they meet up with Syaoran who is also looking for the card. Kero soon slopes off to get drinks and Syaoran and Sakura are left to talk. Syaoran once again warns Sakura of how dangerous Ms Mizuki can be and they both admit their love for Yukito. Syaoran is so embarrassed that he runs off in distress and Sakura is swallowed by a dark shadow. It is soon revealed that it is the work of the Return card and that she has gone back in time. While in the past Sakura see a number of scenes involving her brother and Ms Mizuki and you find out that both appear to love each other, but she tells him to not linger in the past and look forward, since she has to go to England but, when she returns, Touya will have a new love in his life and both she and Toya will be best friends. Sakura is soon returned to the present with the help of Syaoran and the Time card and Sakura captures the Return card and it then goes to Syaoran.

세나 언니가 운영하는 가게 '트윈벨'에서 판다는 주술카드. 여러 가지 주제가 있는 그 카드를 갖고 있으면 원하는 것들이 이뤄진다는 소문이 퍼진다. 체리는 맛있는 크로켓을 만들고 싶은 마음에 '요리카드'를 사러 가고 그때 가게 안에서 크로우 카드의 기운을 느낀다. 진열된 주술카드 중에 진짜 크로우 카드가 섞여있었다는 사실을 알게 된 체리는 그 카드를 구입해 간 사람을 찾는다.

요리실습 시간에 케이크 만들기를 하게 된 체리와 친구들, 체리는 특히 청명에게 맛보이기 위해 아빠와 함께 예습까지 해가며 철저히 준비한다. 대망의 실습날, 체리와 친구들은 각자 원하는 케이크를 정해서 정성껏 만들어보지만 결과물을 영 신통치 않다. 모두의 케이크가 비정상적으로 달아졌다는 사실에 체리와 샤오랑의 크로우 카드를 의심한다.

대시(dash)카드를 쫓고 있던 체리는 윈디를 써서 붙잡으려다 아쉽게 놓치고 만다. 도망치다 부상을 입은 대시는 한 소녀의 집에 숨어들게 되고 야생동물로 여겨져 보살핌을 받게 된다. 알고 보니 그 소녀는 체리와 같은 학교 6학년생인 재희. 재희는 육상부 선수로 곧 있을 육상경기대회를 준비 중인 유망주였다.

학교가 끝나고 집에 가던 체리와 친구들은 책을 좋아하는 유미의 제안에 따라 헌책방에 들어가게 된다. 거기서 이름 없는 책을 발견한 유미는 호기심에 구입하게 되고, 그날 밤 우수 마을에 거대한 생물들이 돌아다니기 시작한다. 알고 보니 생물을 크게 만드는 빅 카드와 유미가 책에 써내려가는 글들이 현실화 되는 크리에이트 카드의 장난이었다.

체인지 카드를 잡던 중 케로와 샤오랑의 몸이 바뀌는 일이 벌어진다. 안 그래도 앙숙인 둘은 어쩔 수 없이 하루 동안 서로의 모습으로 생활하게 된다. 샤오랑이 된 케로는 샤오랑 답지 않지 않은 언행을 계속하고 케로가 된 샤오랑은 그 모습을 보며 안절부절 못한다. 원래대로 몸을 바꿀 수 있는 시간까지 최대한 조용히 지내기로 약속하지만 또 다른 사고가 발생한다.

학교에서 스케이트 교실에 참가하게 된 체리와 친구들. 청명 오빠가 싸준 도시락을 들고 온 체리는 행복한 기분으로 스케이트를 즐긴다. 하지만 아이스링크장의 실내온도가 이상하게 낮아지며 모두는 추위를 느끼고 결국 사람들이 얼어붙기 시작한다. 체리와 샤오랑만 무사한 걸 보며 둘은 크로우 카드의 짓이란 걸 알아챈다.

우수마을에서 주민들을 위한 퀴즈대회가 열린다. 2인 1조로 참여할 수 있다는 말에 체리는 지수에게 함께 하자고 권하지만 지수는 촬영을 이유로 사양하고 대신 청명이 같이 하겠다고 나선다. 설레는 마음으로 청명과 함께 퀴즈 대회에 참가한 체리는 하나하나 문제를 풀어가며 즐거운 시간을 보낸다.

크리스마스가 생일인 청명을 위해 어떤 선물이 좋을까 고민하던 체리. 무엇을 주느냐보다 주는 사람의 마음이 가장 중요하다는 메이링의 조언을 들은 후 정성껏 준비한다. 다빈에게 지난 퀴즈 상품이었던 놀이동산 이용권을 얻게 된 체리는 청명과 함께 가게 되고 관람차 안에서 준비한 선물을 건넨다.