デッドムーンを倒したうさぎたちセーラー戦士は、さらに受験も終えて、晴れて高校一年生になった。そして、ちびうさも未来へ帰ろうとしていた。しかし、その時、封印されていたネヘレニアに、セーラームーンへの復讐をささやきかける謎の声があった。新たなパワーを得たネヘレニアは、心の鏡を割ってしまう。地上に降り注ぐ鏡のカケラからはネヘレニアの分身ミラーパレドリィが出現し、はるかとみちるに襲いかかってきた。

赤ん坊だったはずのほたるは、ミラーパレドリィの出現によって急成長していた。そして、ほたるはセーラームーンの未来を覆う暗い影を予言する。一方、流星群が東京に降り注いだ日から様子が変わってしまった衛に、うさぎはいい知れない不安を抱いていた。レイたちはそんなうさぎを心配して、元気づけようとしてくれる。しかし、ネヘレニアの影は着実に迫っていた。氷川神社に集まったうさぎたちをミラーパレドリィが襲撃したのだ。

無気力に鏡を見続けるという奇病にかかった人々が続出。はるかたちは、新たな敵の出現との関連を疑っていた。学校で、奇病にかかった少女を目撃したうさぎは、衛のことが心配になり、衛のマンションを訪れる。そして、うさぎがそこで見たのは、暗い鏡だらけの部屋で姿見に心を奪われている衛の姿だった。セーラームーンたちは、ほたるから衛に危機が迫っていると聞かされ、衛のマンションへと向かった。

ネヘレニアに衛を奪われてしまった。その時、ちびうさの身体にも異変が訪れていた。未来が変わろうとしている。うさぎと衛が結ばれなければ、ちびうさは誕生しない。このまま衛を取り返すことができなければ、ちびうさは消滅してしまうというのだ。みんなの引き留める声を振り切って、自らネヘレニアの元に向かおうとするうさぎのパワーが暴走。エターナルセーラームーンに変身したうさぎは、ひとり飛び去ってしまった。

ネヘレニアのワナにかかって分断されてしまったセーラー戦士たちは、それぞれ苦戦しながらも、ひとり衛のもとへ向かううさぎを想いネヘレニアの攻撃に立ち向かっていた。しかし、攻撃をかわしたと思った次の瞬間、次々に鏡に囚われるセーラー戦士たち。一方、うさぎはネヘレニアの作り出した幻影の中に迷い込んでいた。幻影の中で次第に記憶を失っていくうさぎ。そしてついに、うさぎの前に復讐に燃えるネヘレニアが現われた。

ちびムーンとサターンは、ネヘレニアの宮殿にたどりついた。しかし、必死のちびうさの願いも虚しく、衛の目は覚めようとしなかった。次第に消えゆくちびムーン。そして東京でも人々が、鏡の中に取り込まれていく。サターンは、破滅の力を解放するサイレンスグレイブを振り下ろす。その頃、うさぎは血だらけになりながら茨の道を進み、ようやく宮殿にたどりついた。しかし、そこでうさぎが見たものは、消えゆくちびムーンの姿だった。

アイドルグループのスリーライツが大人気。レイや美奈子、亜美でさえスリーライツの大ファン。しかし、うさぎはアメリカ留学が決まった衛との別れで思い悩んでいた。衛とは離ればなれになりたくない、しかし、衛の夢が叶うことを喜ばなくてはならない。うさぎは複雑な気持ちに揺れ動いていた。そして、衛がアメリカへ旅立つ日、うさぎは、飛行場で熱狂的なファンに囲まれるスリーライツのセイヤとすれ違った。

うさぎたちには高校での新たな生活も始まっていた。まことや亜美、美奈子もそれぞれ得意な部活に入ったり、勧誘されたりで大忙し。うさぎは、新たに出現した敵と新たなセーラー戦士が気になっていた。そんな時、うさぎは街中でまたまたセイヤと鉢合わせ。しかも、「おだんご頭」と呼ばれて気分はサイアク。翌日、スリーライツが転校してきて、十番高校は大騒ぎ。セイヤたちは、うさぎたちのクラスにやってきた。

アイドルを目指す美奈子は、芸能界への近道にスリーライツを利用することを決意。ついにスリーライツの付き人になってしまった。ところが、スリーライツの行く先々でカメラを構えるカメラマンの板橋サキに、本当のプロの厳しさがわかっていないと指摘されてしまう。そして、スタジオ撮影の時に美奈子は、プロの世界の厳しさに気づかされることになる。しかし、そんなサキをセーラーアイアンマウスが狙ってきた。

スリーライツはミュージカルの主役に抜擢されて、猛稽古に汗を流していた。しかし、演出家の具志堅あかねは、セイヤばかりにダメ出しをする。うさぎたちはミュージカルの練習を見学しにいった。そして、そこでレイはあかねの正体が教会のシスターだと気づいてしまった。教会にあかねを訪ねたセイヤは、ミュージカルにスリーライツを抜擢した理由を聞かされる。

校内の学力テストで大気と亜美が1位を取った。亜美は、科学の先生でワタル彗星の発見者天野川から、百数十年ぶりに接近する彗星観測に誘われた。そして、テレビで天野川と対談した大気は、あくまでも夢を語ろうとする天野川に反論してしまう。そんな大気の様子を心配した亜美は、大気を彗星観測に誘うが拒絶されてしまう。そして、翌日、雨が降り続く中、亜美は夢とロマンを信じて天野川の家に彗星観測に出かけていった。

ルナが行方不明になって一週間。うさぎたちは、必死になってルナの捜索をしていた。しかし、そんなうさぎやアルテミスの心配をよそに、夜天とテレビに出演していた。じつはテレビの番組の都合でペットを飼わなければならなくなった夜天が、ルナに目を付けたのだ。夜天は他人には冷たい態度を取るが、ルナには優しく接してくれる。そして、ルナは夜天とスリーライツが、何か大きな悩みを持っていることを感じる。

毎日のようにうさぎは衛宛の手紙を書くが、衛からの返事がなく思い悩んでいた。そんなある日、うさぎはまことが世話をしているイチゴ園で大気を見かけた。大気は、料理研究会のまことにテレビの料理番組に出演依頼する。うさぎは、自分もスタジオに行くことを条件に、イチゴショートを番組で作ると約束してしまった。しかし、そのイチゴショートの材料は、まことがみんなと一緒に食べるために育てていたイチゴだった。

スリーライツのコンサートチケットを手に入れるため、うさぎたちは悪戦苦闘。そのチケットを、みちるが渡してくれた。じつは、みちるはスリーライツとコンサートで共演することになったのだ。そしてコンサート当日、会場前で待ち合わせをしたレイたちだが、うさぎだけ道に迷ってしまっていた。一方、セーラーアイアンマウスは追い詰められていた。これ以上の失敗は許さないと、ギャラクシアに宣告されてしまったのだ。

スリーライツが久しぶりの休日を取ることになった。セイヤは、暇そうにしているうさぎを公園に誘う。指定された公園でセイヤを待つうさぎ。しかし、うさぎはルナに言われるまで、これがデートだとは気づいていなかった。少し後ろめたい気持ちもあるが、セイヤとのデートを楽しむうさぎ。そんなセイヤをセーラーアイアンマウスが狙っていた。そして、うさぎとダンスするセイヤの前にセーラーアイアンマウスが現われた。

ギャラクシアが出現し、うさぎは新たな戦いの予感に不安を覚えていた。さらにレイたちやせつながセーラースターライツにも気を付けろとうさぎに注意を促す。しかし、うさぎはファイターたちが敵だとは信じられない。そんな時、うさぎの前に不思議な少女が出現。しかも、家に帰ると、その少女はうさぎの妹としてすでに居着いていた。未来のうさぎの２人目の子供じゃないかと、レイたちは考えるが、せつなはあり得ないと否定した。

待ちに待った夏休み。うさぎたちは避暑地でキャンプを楽しむことになった。しかも、そのキャンプ地の近くでは、スリーライツが映画のロケをしていたのだ。うさぎたちから、付近に現われるキャンプ荒らしのウワサを聞いたセイヤは、怪物に化けてうさぎたちを驚かそうと企む。その頃、レイは知合いの陶芸家、伊吹を訪ねていた。しかし、そこでレイが見たのは、荒れ果ててしまって無人となった伊吹のアトリエだった。

大気は、自分たちのメッセージがプリンセスに届いていないのではと疑問を持っていた。しかも、スリーライツのファンから声援をもらうほど、その想いは強くなっていたのだ。そんな時、亜美の母が勤務する病院に入院している大気のファンの少女、ミサが緊急手術することになった。急いでミサの病室に駆けつけた大気は、ミサが描いていたスケッチを見せられ絶句する。そこには大気たちが探すプリンセスの姿が描かれていたのだ。

ちびちびがどこからか、たくさんのお菓子を持って帰ってくる。うさぎは、お菓子の国があるに違いないと確信して、ちびちびのお散歩の尾行を開始。レイたちやセイヤたちとも合流し、さらにちびちびの尾行を続ける。やがて、ちびちびは大きな屋敷へ入っていった。そこは大財閥桐山グループ会長の屋敷だった。高価な品々に囲まれた居間に招かれたうさぎは、ちびちびとまったく同じ雰囲気を持っていると、桐山氏から指摘される。

十番高校で球技大会が開催されることになった。美奈子は大気とバレーボールに出場、まことは夜天とバスケットボールに参加するらしい。うさぎは、セイヤから強引にソフトボールに参加させられてしまう。なりゆきでうさぎは、セイヤとソフトボールの特訓を開始。ところが、そんなうさぎとセイヤの姿は、十番高校のスリーライツ親衛隊には面白くない。親衛隊長でソフトボール部部長の園子が、うさぎとセイヤに勝負を挑んできた。

亜美や美奈子たちが、妙にうさぎにヨソヨソしい。じつはスリーライツ主演映画の機上試写会イベントに、うさぎ以外のみんなは参加することになっていたのだ。ところが、家に帰ったうさぎにイベントのチケットが同封された手紙が届いていた。チケットの送り主はセイレーン。セイレーンは、うさぎがセーラームーンだと知ってしまったのだ。イベントが、セイレーンのワナだと悟ったうさぎは、危険を知らせるために空港へ駆けつける。

おたがいの正体がわかってしまってから、スリーライツは登校しなくなっていた。うさぎは、セイヤたちのことが何もわかっていなかったことにショックを受けていた。セイヤもセーラームーンのことに思い悩んでいた。しかし、大気はプリンセスを探す目的のために、セーラームーンたちとギャラクシアの戦いを利用しようと提案する。一方、ギャラクシアは地球に大いなる力を感じ、セイレーンの後任としてティンにゃんこを派遣する。

ウラヌスたち外部太陽系の３戦士とスターライツが対立。ウラヌスは、二度とセーラームーンに近づくなと警告する。しかしうさぎは、自分をかばって傷付いてしまったセイヤのことが心配でたまらない。そんなうさぎにセイヤから、今夜のライブを見てくれるようにと連絡があった。そして、チケットが取れなかったうさぎは、観覧車からスリーライツのライブを見ていた。セイヤは、うさぎへの想いを込めて熱唱する。

スターライツはプリンセスの存在を感じていた。同じ頃、ギャラクシアも自分に敵対する存在を感知していた。うさぎは、ライブで感じたスリーライツの故郷の光景にショックを受けていた。亜美たちは、うさぎのことを理解してもらうため、大気がゲストで出演するゲームイベントに参加する。亜美は大気と直接話すため、ゲーム大会に出場し、順調に勝ち進んでいく。そして、ついに決勝戦。優勝を勝ち取った亜美は、大気の前に進み出た。

美奈子は念願のアイドルオーディションの一次審査に合格した。しかし、ギャラクシアとの戦いを控えた美奈子は、最終審査を受ける気がなかった。みんなの前で明るくふるまう美奈子。アルテミスは、そんな美奈子を心配してうさぎたちに相談する。自分の夢を絶対に捨ててはいけないと、うさぎに説得された美奈子は、最終審査を受けることを決意する。しかし夜天には、こんなことをやっている場合ではないとなじられてしまった。

十番高校で学園祭が開催されることになった。喫茶店を開くことになったうさぎのクラスでも、みんなの力を合わせて準備に余念がない。学園祭当日、スリーライツも久しぶりに高校を訪れ、セイヤはうさぎたちの喫茶店にやってきた。ところが、大気と夜天には別の目的があった。彼らはちびちびが持つ香炉に目を付けていたのだ。一方、レッドクロウはセイレーンが残したメモから、セーラームーンの正体を知ってしまう。

ついにスターライツが探し求めるプリンセス、火球皇女が現われた。そして火球皇女は、セーラームーンたちに太古の昔から宇宙で繰り広げられてきたセーラーウォーズのすべてを語りはじめる。銀河最強の戦士によって封印された混沌。しかし、混沌はギャラクシアとなって、ふたたび銀河の侵略を開始した。火球皇女はギャラクシアを倒す唯一の力、希望の光を探して地球へやってきたのだと。火球皇女はセーラームーンに協力を依頼する。

衛に会えない寂しさや、セイヤからの突然の告白に、うさぎの心は揺れ動いていた。うさぎのことを心配して、うさぎのところへやってきたレイは、はじめて衛と音信不通になっていることを知る。亜美たちが調べると、衛はアメリカの大学にも到着していないという。一方、スリーライツが解散を宣言した。ファイナルコンサートで希望の光に呼びかけようというのだ。うさぎはセイヤに会うため、はるかたちとともに楽屋を訪ねた。

ついにギャラクシアがセーラームーンたちの前に姿を現した。しかし、希望をセーラームーンに託した火球皇女は消滅してしまった。それと同時にギャラクシアの攻撃は全地球規模で人類に襲いかかる。スターライツは、火球皇女の仇を討つため、銀河テレビに向かった。また外部太陽系４戦士も、ギャラクシアに最後の戦いを挑む。一方、バリアーに阻まれ銀河テレビに入れないセーラームーンたちの前にセーラーちびちびが出現した。

スターライツをかばって、マーズたちのスターシードが奪われてしまった。しかも衛のスターシードも、すでにギャラクシアの手中にあった。深い悲しみに打ちひしがれるセーラームーン。プルートたちはセーラームーンをスターライツに託し、ギャラクシアとの戦いに赴く。しかし、外部太陽系４戦士の力を合わせても、ギャラクシアにはまったく歯が立たない。ギャラクシアは自分の配下になれば助けてやると、ウラヌスに持ちかける。

ウラヌスたちの裏切りで、プルートとサターンのスターシードまでが奪われてしまった。それでもなお、ウラヌスたちを信じようとするセーラームーンをギャラクシアはあざ笑う。ウラヌスたちはセーラームーンとスターライツへの攻撃の手を緩めようとはしない。ギャラクシアのパワーも得て、圧倒的な強さでセーラームーンを苦しめるウラヌスとネプチューン。そしてセーラームーンの目の前で、地球も徹底的に破壊されていくのだった。

スターライツが探し求めていた伝説のセーラー戦士とはギャラクシアのことだった。すでに銀河すべては、ギャラクシアの手中にあったのだ。しかしスターライツは、それでも絶対にあきらめないと言い放つ。最後の力を込めて、ギャラクシアに戦いを挑むスターライツ。予期しない攻撃で傷付いたギャラクシアは、ついにその強大なパワーを解き放った。そして、止めを刺そうとするギャラクシアの前にセーラムーンが立ちはだかる。

セーラームーンからスターシードが奪われようとしたその瞬間、ちびちびのまわりに温かな光が満ちた。希望の光が目覚めようとしているのだ。セーラームーンは光に包まれてふたたび目覚めた。そして、希望の光から封印の剣を受け取った。この剣でギャラクシアと戦って欲しいと言う希望の光。しかし、うさぎは剣では何も解決しないと、あくまで戦おうとはしない。ギャラクシアはカオスとしての正体を現し、うさぎに襲いかかる。