在不列颠尼亚的解放高卢之战结束後半年，刚从扶桑皇国的学校毕业的宫藤芳佳，再次收到父亲寄来的神秘信函。那会是新的战争的预告吗？为了保护重要的夥伴，少女再次飞向天空！

After discovering that the Neuroi are capable of communication with humans and making peace with the nest above Gallia, the Witches squads are on a mission to reestablish communication, when a sudden attack causes the Neuroi to vanish. The Witches discover a new and massive nest that just appeared, covering almost all Europe. Ruthlessly and without mercy it annihilates allied forces along with Witches. Word of the attack reaches Fuso and a support battalion is deployed to rescue the survivors. Among the rescue team is the former Striker captain Mio Sakamoto and the now civilian Yoshika Miyafuji, who want to save their dear friends.

突如、出現した人類の敵｢ネウロイ｣に対抗するべく世界各国が連合軍を組んだ。ただし、彼らに対抗できるのは特殊な魔力を持った、少女たちだけだった・・・。扶桑皇国から欧州に派遣された主人公の宮藤芳佳は、各国から集められたエース達と共に見事ガリア地方のネウロイ撃退に成功し、かけがえの無い大切な仲間を得た。TVアニメ1期での第501統合戦闘航空団、通称『ストライクウィッチーズ』の活躍から半年、平和な日々が続いていた欧州に突如ネウロイが出現した! ネウロイの脅威に怯える欧州を守るため、『ストライクウィッチーズ』は再び空へ舞い上がる!