有一个和我们所生存的的地方非常相似，充满了魔力的世界。在那里，到处都是战乱和灾荒。

魔力，那是出现年幼的少女身上，随着年龄的增加渐渐消失的谜一般的力量。拥有那种力量的少女们不需要手就能移动东西，使之漂浮空中，还可以借由魔力生成领域来保护别人。被称为魔女的她们，受人尊敬，予人畏惧。

但是那小小的力量终究无法安定下来。魔女从来不会走上历史的舞台，她们只会侍奉在当权者的左右，生存在阴影之中。

然后到了18世纪，人类迎来了魔力的大革命。借由蒸汽机关对魔力进行增幅，使之成为全新的动力来源，人类的发展完成了跳跃性的一步。魔女们成了各地的先驱者，带领魔力增幅机械的技术不断进步。增幅后的魔力为工厂提供了巨大的劳动力，就连其产品输送线路的维护也是依靠魔力进行。人类的版图开始飞速的扩大。

但是从那时侯开始，异形的生物就频繁的出现在人们的视野当中。这是一种从古代起就有过零零散散的遭遇记录的敌人，它们以魔力革命为契机，开始了大规模的活动。真实身份不明。活动目的不明。生存状况不明。这种因为其机械和生物融合的姿态而被人称作“涅洛伊”的敌人不断地侵犯人类的领土。它周身缠绕着普通人无法靠近的瘴气，令大地腐烂，然后像蝗虫一样将金属啃食殆尽。一般的军队在“涅洛伊”的面前不堪一击，难道人类的命运真的就到此为止了吗？

这时侯，有人提出了将魔女们投入战争的提议……

The year is 1939 - it was then that the Neuroi appeared. Nobody knows where they came from or what their ultimate agenda is, but the fact remains that their attacks drove people out of their towns and cities. In order to take arms against them, humanity develops a new anti-Neuroi weapon called the "Striker Unit." Using the power of magic to fight against the monsters, this new device enhances and amplifies the power of female magic-wielders. To use this device, young witches from all over the world have been brought together to form an elite task force unit called the 501st Joint Fighter Wing, commonly known as the "Strike Witches."

20世紀初頭。突如出現した異形の敵｢ネウロイ｣は次々と人類の街を侵略していった。それに対抗できる手段はただ一つ、魔力を持った少女(ウィッチ)のみ。彼女たちは、自らの体に兵器(ストライカー)をまとい、空を舞いネウロイに戦いを挑む。ネウロイの侵略に窮地に追い込まれた人類に残された希望、それは世界各国から最前線ブリタニアに集められ組織された第501総合戦闘航空団。空を駆ける戦乙女。救国の英雄。民衆の憧憬と賞賛を一身に受けて戦う。彼女たちはいつしかこう呼ばれるようになっていた ―― ｢ストライクウィッチーズ｣と。