在不列顛尼亞的解放高盧之戰結束後半年，剛從扶桑皇國的學校畢業的宮藤芳佳，再次收到父親寄來的神秘信函。那會是新的戰爭的預告嗎？為了保護重要的夥伴，少女再次飛向天空！

宮藤等人前往羅馬涅的途中，遭到新的涅洛伊的攻擊。威尼西亞艦隊全力迎戰，芳佳也穿上戰斗腳前往應戰。威力變得比高盧那時還要驚人的涅洛伊，讓他們陷入苦戰！？

宮藤、莉涅、佩琳三人因為離開不列顛尼亞的前線已有半年的空窗期，不論怎麼練習還是遲遲無法恢復原有力量。坂本看到此景後，決定派三人到某座島嶼進行基礎訓練。在那座島上等待著三人的是？

魔女們在新基地等待涅洛伊來襲，此時從卡爾斯蘭寄來了補給品，原來那是運用了卡爾斯蘭新技術的秘密武器！？得意洋洋的巴克霍隆，接到夏莉的戰帖！？

在大家漸漸習慣新基地生活的某天，由於儲備糧食已見底，因此決定前往羅馬市區採購。由熟悉當地的魯基尼負責帶路、夏莉負責駕駛卡車、食材則由宮藤負責尋找。但是他們抵達市區後，魯基尼突然不見了！？

坂本等人前往迎擊涅洛伊，但明明已消滅小型涅洛伊，反應卻沒有消失。坂本用魔眼搜尋後才發現，原來核心的位置在一般武器攻擊不到的地方。因此，他們決定派出所有魔女執行集體作戰。

宮藤突然變得無法飛行得很順暢。她與莉涅一同前往大和號並在艦上遭到涅洛伊的攻擊，但她甚至連戰斗腳都無法啟動。莉涅看到宮藤遲遲無法飛起，於是做出了某個決定。

佩琳正努力協助高盧重建，當她知道興建中的小學即將完工的消息後感到很開心，但她隨即又從村里的小孩口中得知因為橋壞了，其他朋友沒有辦法來上學。於是，佩琳開始思考如何才能把橋蓋好。

與涅洛伊的戰鬥越來越激烈，此時軍司令部為了佈局最終決戰而下令奪回被涅洛伊佔領的島嶼。由於這次是採取突襲攻擊登陸島嶼，因此需要選出兩名魔女擔任開路先鋒…。

坂本的魔法力眼看就要達到極限，此時軍方決定對威尼西亞上空的涅洛伊巢穴發動總攻擊作戰。明娜率領的第501統合戰鬥航空團，奉命護衛聯合軍的決戰武器…。

正當聯合軍與占領羅馬涅地區的涅洛伊進行最終決戰時，第501統合戰鬥航空團的成員卻將魔法力使用殆盡。聯合軍的作戰最後也因失敗而被迫撤退，但此時宮藤芳佳卻獨自挺身而出！