살인사건을 맡은 샌프란시스코 강력계 형사 레베카 매드슨은 현장에서 채취한 지문을 조사하다 경악을 금치 못한다. 지문의 주인은 30년 전에 알카트라즈에서 이미 사형이 집행되었던 잭 실베인의 것이다.

When a sniper begins targeting young victims, the team is forced to retrace the steps of the past in order to solve this modern day mystery.

납치 살해 후 반드시 피해자의 집에 나타나는 어린이 납치살인범 킷 넬슨이 과거로부터 다시 나타났다. 팀원들은 그를 체포하기 위한 시간과의 싸움에 들어간다.

악명 높던 은행강도 칼 스위니가 다시 나타나고 일은 꼬이기 시작한다. 그는 많은 사람이 있는 은행에서 일을 벌이려고 하고 레베카는 그가 일을 벌이기 전에 그를 잡으려고 한다.

알카트라즈의 교도관이었던 가이 헤스팅이 다시 나타난다. 그는 착한 사람이지만 범행에 가담하라는 종용을 받게 되고 오래 전 알카트라즈에서 알던 사람과 조우하게 된다.

지뢰 전문가이자 알카트라즈 죄수였던 팩스톤 페티가 다시 나타났다. 그는 샌프란시스코의 번잡한 거리를 목표로 삼는다.

화학자이며 알카트라즈에서 복역했던 잔인한 킬러인 조니 맥키의 뒤를 쫓는 맷슨과 하우저. 더 많은 사람들을 독살하려는 맥키와의 싸움이 시작된다. 한편 매드슨의 할아버지에 관한 더 많은 사실이 밝혀진다.

알카트라즈 역사상 가장 포악했던 헐만과 핑키 에임스형제는 1963년 거의 성공했었던 탈옥으로도 유명하다. 그들은 현재의 알카트라즈로 돌아오게 되고 무언가 잘못된 것을 찾게 된다.

어두운 과거를 지닌 소니 브르넷. 알카트라즈 복역 중에 광폭해진 그가 또 다른 테러를 위해 돌아왔다.

알카트라즈에서 유일하게 착했던 클라렌스가 현재로 돌아와 범죄를 저지르기 시작한다. 왜?

Rebecca, Doc, and Hauser set out to capture musically-inclined serial killer Webb Porter, an unknown ’63 that returns more violent than ever.

Doc and Rebecca close in on a man who may be the key to revealing the secrets behind all the returning criminals. Meanwhile, Hauser makes a discovery beneath the halls of Alcatraz that brings him ever closer to the truth.

Revealing doors are opened and lives hang in the balance as Rebecca will stop at nothing in pursuit of the man who killed her partner.