Detektyw Rebecca Madsen zostaje wezwana na miejsce zbrodni. Z rąk mordercy zginął E.B. Tiller, dawny zastępca naczelnika więzienia na wyspie Alcatraz. Na miejscu przestępstwa zjawia się także tajny agent rządowy Emerson Hauser. Policjantce udaje się ustalić, że znalezione w domu ofiary odciski palców należą do byłego więźnia Jacka Sylvane'a. Oficjalnie mężczyzna nie żyje od kilkudziesięciu lat. Zaintrygowanej Rebecce przychodzi z pomocą doktor kryminologii Diego Soto. Wkrótce kobieta poznaje pilnie strzeżoną tajemnicę owianego ponurą sławą zakładu karnego. Okazuje się, że 1963 roku w niejasnych okolicznościach zniknęli wszyscy przebywający w placówce skazańcy oraz strażnicy. Madsen usiłuje rozwiązać zagadkę, a także powstrzymać Sylvane'a, który dopuszcza się kolejnego zabójstwa.

Jeden z zaginionych więźniów Alcatraz, seryjny morderca Ernest Cobb, zaczyna zabijać przypadkowe osoby za pomocą karabinu snajperskiego. Rebecca Madsen i Diego Soto usiłują schwytać niezrównoważonego psychicznie mężczyznę. Jedną z jego ofiar jest Lucy Banerjee, asystentka Hausera. Postrzelona kobieta zapada w śpiączkę. Wkrótce śledczy odkrywają kolejne skrywane tajemnice.

Kolejnym zaginionym więźniem Alcatraz, który w tajemniczych okolicznościach powraca do współczesności, jest Kit Nelson. Mężczyzna został przed laty skazany za zabójstwo trojga dzieci. Przestępca uprowadza 11-letniego chłopca, Dylana Callahana. Rebecca rozpoczyna dramatyczny wyścig z czasem, by powstrzymać psychopatę i uwolnić małego zakładnika. Diego szybko ustala sposób działania mordercy. Przy okazji na jaw wychodzą tajemnice z przeszłości Soto.

Kolejnym przestępcą, który w niejasnych okolicznościach powraca do współczesności, jest Cal Sweeney. Mężczyzna przed laty został skazany za rabunki. Kryminalista dokonuje napadu na jedną z placówek bankowych w San Francisco. Kiedy nie wszystko idzie po jego myśli, postanawia wziąć zakładników. Rebecca nie może dopuścić, aby świadkowie zdarzenia poznali jego prawdziwą tożsamość. Detektyw decyduje się pomóc w ucieczce Calowi, aby zachować w tajemnicy śledztwo w sprawie tajemniczego zniknięcia skazańców z Alcatraz.

Nieznany napastnik atakuje strażnika w jednym z opuszczonych budynków na terenie Alcatraz. Okazuje się nim Guy Hastings, dawny szef personelu więziennego. Według oficjalnych źródeł, zginął on wskutek zatrucia chemikaliami. Przybysz z przeszłości uprowadza wujka Rebekki. Wkrótce wychodzi na jaw, że Ray był jego byłym podwładnym. Hastings za wszelką cenę usiłuje odnaleźć Tommy'ego Madsena, dziadka policjantki. Młoda detektyw z pomocą Diego usiłuje rozwikłać tę zagadkę. Odkrywa tajemnice z przeszłości swojej rodziny.

Detektyw Rebecca Madsen, doktor Diego Soto oraz agent rządowy Emerson Hauser ruszają tropem Paxtona Petty'ego. Mężczyzna jest kolejnym więźniem Alcatraz, który w tajemniczych okolicznościach powrócił do rzeczywistości. Przed laty został skazany za ataki z wykorzystaniem min przeciwpiechotnych. Nieobliczalny przestępca kontynuuje swoją zbrodniczą działalność. Podkłada bomby w ruchliwych częściach San Francisco.

Madsen and Hauser hunt down Johnny McKee, a former Alcatraz inmate and vicious killer with a background in chemistry. It’s a race against time before McKee horrifically poisons more innocent victims. Meanwhile, more details emerge about Madsen’s grandfather.

Herman and Pinky Ames, who almost escaped in 1963, return to Alcatraz in the present day and find something strangely wrong.

Sonny Burnett, a man with a dark side, who became extremely violent while at Alcatraz reappears.

Clarence Montgomery was the only innocent man in Alcatraz, but he's returned and is committing crimes.

Rebecca, Doc, and Hauser set out to capture musically-inclined serial killer Webb Porter, an unknown ’63 that returns more violent than ever.

Doc and Rebecca close in on a man who may be the key to revealing the secrets behind all the returning criminals. Meanwhile, Hauser makes a discovery beneath the halls of Alcatraz that brings him ever closer to the truth.

Revealing doors are opened and lives hang in the balance as Rebecca will stop at nothing in pursuit of the man who killed her partner.