12 juin 1940. La vie suit son cours à Villeneuve, petite sous-préfecture du Jura encore inconsciente de la défaite qui s'annonce. Pendant que le médecin, Daniel Larcher, se rend à un accouchement, Raymond Schwartz tombe amoureux de Marie, une de ses employées, et Lucienne, l'institutrice, part en promenade avec sa classe... Soudain, un avion allemand tire sur les enfants : l'Occupation vient de commencer...

24 juin 1940. Après avoir, comme des millions de Français, erré sans but sur les routes, Daniel et sa famille reviennent à Villeneuve. En tant que médecin et adjoint au maire de cette ville en proie au chaos, il est désormais considéré par les Allemands comme seul responsable des réfugiés qui se sont entassés dans l'église. Pendant que, avec l'aide d'un jeune policier, Jean Marchetti, Daniel tente d'organiser les secours, Raymond se rend à l'église pour retrouver Marie, dont il est sans nouvelles depuis une semaine...

30 septembre 1940. Un câble a été coupé dans l'école communale qui sert désormais de caserne. Les Allemands sont furieux après ce qu'ils considèrent comme un sabotage et demandent à la police française de les aider à retrouver le coupable. Alors que Jean, De Kervern et Daniel s'opposent sur le principe d'une collaboration entre police française et l'occupant, Raymond Schwartz hésite à travailler pour les Allemands, ce qui le sauverait pourtant de la faillite...

15 octobre 1940. Un pilote anglais égaré tombe du ciel. Jacques, un ancien bagnard devenu passeur, tente de lui faire passer la ligne, alors que les Allemands sont à leurs trousses. Pour certains, la guerre n'est pas finie... Lucienne reçoit une lettre qu'elle pense être une lettre de révocation, suite à la mort des enfants de sa classe, le 12 juin, événement dont on la tient pour seule responsable. Raymond retrouve Lorrain, l'époux de Marie, qu'il croyait mort sur le front...

La séance de cinéma du 7 novembre 1940 est agitée. Alors que Raymond s'éclipse discrètement pour supplier Marie de renouer avec lui, en dépit du retour de son mari, Lorrain, les actualités montrent la poignée de main qu'échangent le maréchal Pétain et

Hitler dans la ville de Montoire. Des sifflets montent du fond de la salle. Le lendemain, le sous-préfet exige un coupable pour calmer la colère des autorités allemandes. Marcel, le militant communiste, est abordé par une postière socialiste, et accepte de transgresser les consignes du parti et de l'aider à monter une opération de distribution de tracts.