Sono passati 7 mesi dall'incontro tra la 2ª Mass e la nuova specie aliena, i Volm. Tom è stato eletto Presidente dei nuovi Stati Uniti di Charleston, mentre la resistenza umana, appoggiata da Volm e skitters ribelli prende una nuova piega con un susseguirsi di vittorie nei confronti dell'occupazione aliena ostile. Il clima all'interno della città di Charleston non è però dei migliori, sono molti i dubbi ed i sospetti legati alle reali intenzioni delle specie aliene cooperanti. La presenza di una spia tra le file amiche non fa che aumentare il disagio.

Die Handlung der dritten Staffel von Falling Skies setzt sieben Monate nach dem Eintreffen der 2nd Mass in Charleston ein. Tom ist nun der Anführer des Widerstands und will sich mit den Alienrebellen verbünden, was in den eigenen Reihen für Unruhe sorgt. Zudem verfolgen Tom schlimme Albträume, die er nicht richtig einordnen kann. Der Wissenschaftler Roger Kadar soll dafür sorgen, dass die Energieversorgung der Außerirdischen unterbrochen wird. Anne vermutet, dass mit ihrem Baby etwas nicht in Ordnung ist und Tom vermutet einen Spion in seiner Gruppe.

Siete meses después de la llegada de la 2nd Mass a Charleston, Tom Mason ha sido nombrado presidente del Nuevo Estados Unidos y ha adoptado un enfoque más agresivo para tratar la ocupación extranjera de lo que hizo el Dr. Manchester. El gobierno de Tom ha formado una tenue alianza con los Skitters rebeldes, teniendo a Ben como mediador entre ambos bandos, que buscan doblegar a los Espheni, que ahora son liderados por alguien mucho más siniestro que el señor de Karen. Sin embargo, el peligro para los sobrevivientes no sólo está fuera, Tom sospecha, a raíz de las recientes pérdidas en batalla, que puede haber un espía dándole información estratégica a los Señores. Mientras tanto Weaver, recién ascendido a Coronel, está disfrutando de una renovada relación con su hija Jeanne y Hal se está recuperando de las misteriosas lesiones que sufrió al intentar destruir una súper arma alienígena pero tiene una preocupación creciente de que algo está mal con él más allá de meras heridas de batalla.

לאחר שבעונה הקודמת גזע חדש של חייזרים נחת על כדור הארץ, טום מנסה להנהיג את הקבוצה בקרב מול הפולשים - בשיתוף פעולה שנוי במחלוקת עם הסקיטרים המורדים.

Tom är nu stadens ledare, och hans allians med de nya rymdvarelserna ger dem deras första riktiga övertag i kriget mot de invaderande Espheni.