Het derde seizoen start zeven maanden na de aankomst in Charleston. Tom gaat de politiek in, maar blijft ook actief in het veld. Hal heeft last van levensechte nachtmerries. Tom en Anne bereiden zich voor op de komst van de baby.

Tom schakelt een specialist in om de vijand het hardst te treffen. Tom heeft samen met de andere leiders steeds sterkere vermoedens over de mol in hun midden. Anne heeft het gevoel dat er iets mis is met haar kind.

Het tweejarig 'jubileum' van de aanwezigheid van de aliens nadert snel. De nieuwe regering komt onder druk te staan na een onverwachtse aanval. Hal denkt dat hij weet wie de mol is. Anne's zorgen over haar baby blijven groeien.

Nadat de mensen van Charleston weer een aanval van de Aliens hebben overleefd, ontmoet Tom een machtige leider. Ben worstelt met zichzelf. Anne ontdekt nieuwe informatie.

Wanneer er een missie compleet uit de hand loopt, moeten Tom en Pope volledig op elkaar vertrouwen. Twee leden van de 2nd Mass groep zijn spoorloos. Marina neemt het recht in eigen handen, ondanks Tom zijn autoriteit.

Hal uit zijn problemen. Lourdes doet enkele gevaarlijke experimenten.

De Masons komen in de problemen. Het bouwen van het grote wapen zorgt voor strubbelingen.

Tom vindt dat het veel te rustig is en vertrouwd het niet. Onderweg terug naar Charleston doet hij verschillende ontdekkingen.

Tom ontdekt belangrijke informatie. Een belangrijke operatie komt onverwachts stil te liggen. De identiteit van de mol wordt ontdekt.