Tre mesi dopo che Tom Mason è stato rapito dagli alieni che hanno invaso la Terra, i suoi figli Hal e Ben sono ancora impegnati ad aiutare i ribelli, ma non smettono di cercare il loro padre.

Anne opera la ferita di Tom, che guarisce e riesce a tornare a combattere. Tuttavia non può fare a meno di ripensare alle torture ricevute sulla navetta. I trattamenti neuronali degli alieni agiscono patchando il sistema nervoso tramite droghe sintetiche, simile a quelle presenti sulla terra, tramite l'Impianto.

Pope cerca di allontanare Tom dalla seconda Massachussets assieme alla squadra dei Berserker, tutti tranne Anthony, che come amico di Tom viene lasciato fuori per impedire che avverta il capitano. Ben e Jimmy però intervengono.

Ben e Hal sono di pattuglia per aiutare un ragazzo, ma le loro biciclette vengono rubate. La ricerca per i loro mezzi di trasporto li conduce a una grossa scoperta. Intanto Matt si ritrova in una situazione pericolosa mentre Weaver si ricongiunge con un membro della sua famiglia.

Un volto familiare fa ritorno nel team, ma i suoi motivi sono messi in dubbio. Maggie fa luce sul suo passato e si avvicina a Hal.

In una ricognizione tra i boschi, Hal e Maggie trovano i corpi di un gruppo di ragazzi che hanno subito l'impianto alieno. Tra questi, Karen, che però si rivela essere ancora viva. Nel frattempo Weaver accusa un malore: la ferita subita dagli skitter rivela un'infezione che si sta rapidamente diffondendo nel suo corpo.

Ben si fida della persona sbagliata, mentre suo padre cattura un altro ostaggio. Nel frattempo, Weaver offre un lavoro a Matt e alcuni membri della Second Mass rimangono intrappolati in una cantina.

Sulla strada per Charleston, il gruppo continua a soffrire per le recenti perdite che ha subito. Matt fa amicizia con una ragazza mentre Weaver scopre qualcosa in più sulla storia di Tector.

E' arrivato il momento della battaglia finale. Il gruppo si prepara per sconfiggere gli alieni.