020年、日本国首都の新東帝都で、巨大企業M・B・I社長の御中広人により、極秘プロジェクト「鶺鴒計画」が発動される。

それは、新東帝都に放たれた108羽のセキレイとそのパートナーである葦牙が、生き残りをかけて闘うというものだった。

そんなある日、大学受験で２度目のサクラチルを味わった平凡でさえない主人公・佐橋皆人に、空から謎の美少女が落ちてきた!

その少女の名前は結。彼女は不思議な少女たちに追われていた。そんな結を必死に助けようとする皆人。

すると、皆人の優しい姿に胸の高鳴りを感じた結は、突然、皆人にキスをする！

そして結の背中に浮き上がる鶺鴒紋。

実は結は、新東帝都に放たれた108羽のセキレイの1羽。そして、結が皆人とのキスで羽化したことにより、皆人は彼女の葦牙に選ばれたのであった！

果たして皆人の運命は！？

アパートを追い出された皆人と結は、 偶然行き着いた下宿先「出雲荘」に住む事に。

大家さんの浅間美哉や住人たちの世話になりながら、二人は新生活をスタートさせる。

そんな中、皆人は庭の樹に不思議な少女の幻影を見るが…。

アルバイト先で出会った瀬尾香は、以前結を追っていたセキレイ・光と響の葦牙だった。そんな瀬尾に、半ば強制的に連れられて訪れた植物園で、皆人は彼の夢の中で助けを求めて泣いていた幼い少女・草野と出会う。しかし彼女は、タチの悪いセキレイに襲われていたのだった。

結に続いて草野を羽化させ、皆人は2羽目のセキレイを得た。そんなある夜、出雲荘の大家である浅間美哉といっしょに寝ていたはずの草野が、オバケを見たと皆人の部屋に逃げ込んでくる。髪が長くて眼鏡をかけた女性が鏡の中で笑っていたと怖がる草野の言葉に、美哉は心当たりがある様子を見せるのだが……。

葦牙を嫌っている月海に、皆人は自分のセキレイになってほしいと申し込む。その言葉に怒りをあらわにする月海だったが、光と響の攻撃や瀬尾の脅威から身を挺して月海を守る皆人に心揺れて…！？

皆人の「妻の座」をめぐり、今日も結・月海・草野の３人が張り合う出雲荘。昼メロばりの愛欲の宴(?)に、松は大喜びだ。

そんなある日、結のもとに鴉羽と名乗るセキレイが訪ねて来る。

「黒のセキレイ」と呼ばれ恐れられる鴉羽だが、結はそんな彼女とも親しげだ。

一方、皆人たちは「鶺鴒計画」が新たな局面を迎えたことを知らされ……。

帝都がM・B・I私設軍によって封鎖され、「鶺鴒計画」は第弐段階に移行。ついに帝都を舞台とした、セキレイ達のバトルロイヤルが始まった。

時を同じくして、勝ち名乗りを上げることなく、対戦相手を放置して消える謎のセキレイが出現。

皆人達が警戒を強める中、同居人のうずめは、病の床にある葦牙・千穂がいる病院を訪ねていた。

勝利宣言をしない違反者「比礼のセキレイ」の次なるターゲットは、最弱のセキレイこと久能。

そこに比礼を追う結と月海が現れ、さらに風花と名乗る新たなセキレイが乱入、場は大混乱となってしまう。比礼と風花を取り逃がした結達は、久能とその葦牙・ハルカから事情を聞き、二人の「帝都脱出計画」に協力することになるが…。

久能を守るため、帝都を脱出すると決意したハルカ。だが、外へと続く橋はことごとくM・B・Iに封じられている。そこで瀬尾は「般若」が護る帝都北部からの脱出を提案。問題は、ルール違反者を処罰するセキレイ「懲罰部隊」の存在だ。皆人の願いに応え、ハルカらに協力する結達。だが、月海だけは不戦のセキレイ・久能を認めることができないでいた。

掟破りの帝都脱出計画がいよいよ始まった。松がM・B・Iの監視衛星をハックできるのは約１時間。

その間にハルカらは外へと続く橋を渡りきらなくてはならない。一度は検問所を制圧する草野達だが、

作戦を予期した御中が私設兵を派遣。M・B・I軍に包囲された草野を救うべく、ついに松が立ち上がる！？

懲罰部隊の猛攻に結の鶺鴒紋が消失！ 久能の「ふにゃふにゃのうた」もその場しのぎにしかならず、駆けつけた月海も懲罰部隊に追い詰められてしまう。

ひとり敵に立ち向かおうとする皆人だが、その時、機能停止したはずの結が再起動！？

その身体がまばゆく輝き、腹部に鶺鴒紋が浮かび上がる…！！