夏休み、15人の少年少女は探検に入った洞窟で、ココペリと出会い「地球を襲う15体の敵を、巨大ロボットを操って倒す」ゲームの参加契約を交わす。契約を夢かと訝りつつ、帰路を急ぐ彼らの前に、黒い、巨大なシルエットが現れた…!

昨夜の戦いは地震として報道された。大人には内緒にすると決めた子供たちの前にコエムシという謎の生物が現れ、契約の解除は不可能である事実を告げる。次のパイロットに選ばれたのはワク。意気込む彼だったが…。

ワクが海に転落した翌日、子供たちは警察に取調べを受けていた。彼らは事件との関係を隠し通そうと、あらかじめ口裏を合わせるが、コモだけは自分たちがあのロボットを操縦していた、と刑事に打ち明ける。そしてワクの葬儀が始まった。

2人目のパイロットはコダマ。彼は尊敬する父親のような「選ばれた人間」になりたいと、被害を省みず縦横無尽にジアースを操る。結果、思わぬ不幸を招いてしまう。そして、戦闘が終わると…。

戦いに勝利した直後、コダマは倒れて死んだ。コエムシによると、パイロットは生命力を消費して必ず死ぬという。勝って地球を守って死ぬか、負けて地球を失って死ぬか…。子どもたちは愕然とするが、残された時間は僅かだった。自宅に戻ったカコはチズをデートに誘うが…。

次のパイロットに選ばれたカコは恐怖のあまり逃げ出してしまった。行き先に心当たりのあったチズは、カコを見付けて声をかけるが、その耳には何も届かない。それどころか、取り乱したカコはチズに思いのたけをぶつけ、強引に自分のものにしようとするのだった。

中学校の教師・畑飼はチズの気持ちをわかってくれた、初めての大人。彼に惹かれていく彼女は、遂に教師と生徒を越えた仲となる。幸せを感じるチズ。しかし、その幸せも長く続かなかった…。

チズはある人物へとジアースを動かす。彼女の目的は“復讐”。自分と姉を弄んだ畑飼を殺すことが目的だった。ジアースでいよいよ彼に止めを刺そうとした時、思いもよらない人物が立ちはだかる!

ダイチは両親のいない家庭で、バイトをしながら幼い妹たちを養っている。操縦者に選ばれた彼は、いつ終わるとも知れない妹たちとの暮らしを大切に過ごしていた。遊園地に行く約束をしていたその日、敵が出現した!

モジは幼馴染のナギとツバサと孤児院で育った。ツバサを意識し始めた頃、ナギが心臓の難病を発症した。モジは必ず死ぬ自分の心臓を、彼に移植したいとコエムシに願い出る。

マキはもうすぐ弟が産まれる。養子の彼女は新しい家族の未来を守るため、決意を固めた。しかし両親と弟の4人の暮らしを少しでもしたいと願う。マキの願いは叶うのか――?

この地球は自分たちの地球ではない。平行世界の地球同士が互いの生き残りをかけ、同じ条件で戦っているのだ。マキは敵の急所をつかみ出し、中を覗いた。そこには――。

ジアースを巡り、大人たちの策謀が渦巻く。子供たちを助けるという名目で、ハッキングチップを埋め込もうというのだ。一方の子供たちは、誰が未契約者なのかと揉め始めるが…。

キリエは疑問を抱いていた。「この地球は守るに値するのか」と。パイロットとなり敵と対峙するものの、動こうとはしなかった。すると、敵が意外な行動を見せ始めた!!

前回の敵は自滅した。キリエは死なず迷いながらも答えを見出す。母のいるこの地球を守るため、鮮やかに敵を撃破する。そして戦闘終了後、彼は未契約者の名を告げた…。

アンコはニュースキャスターの父が、ジアースの特番を放送して問題解決の糸口を見つけてくれると信じていた。そんな矢先、スキャンダルが発覚して特番は中止となる。アンコは父に母を守るように伝え、自分は地球を守るために戦う覚悟を決めるのだった。

次のパイロットに選ばれたコモは家族のために気丈に振る舞っていた。父である古茂田議員はジアースについて知るすべてを国民に公表する。覚悟を決めた父と、戦う決意をした娘に、今生の別れが訪れる。

古茂田議員は暗殺され、護衛役の美純も命を落とした。保はウシロを連れ出して昔話を語って聞かせる。自分が世話になった親分である蓮木一郎と、彼が一目惚れをしたある少女のことを――。

宇宙の支配者のようなイメージを見たカンジは“敵”の強大さに絶望するが、これまで沈黙を貫いていたマチが現れ、知り得るすべてを話し出す――。後にコエムシとなる兄・史郎と自分がこの星に来た経緯を。

カンジは最後の願いを保に託す。それは母である吉川教授を殺してくれというものだった。すれ違いながらも、母は子を見守り、子は母を守るために命をかけた。ジアースが敵の急所を潰すが、敵は再び動き出す…。

ウシロはカナを父の元へ返すことを決め、その道行きにマチも誘う。3人で電車に揺られながら、ウシロは自分の幼かった頃の話をぽつりぽつりと始めるのだった…。

マチはウシロの「カナを助けたい」という願いを聞き、ある決意を固める。コエムシがカナをパイロットにしようとする中、マチは思いがけない行動に打って出る!!

ウシロは最後のパイロットに名乗り出た。自分たち15人が始めた戦いを、自らの手で終わらせるために――。ようやく素直になれた彼の前に、最後の敵が出現する。敵ロボットの顔に点る光の数はわずかにひとつ。相手も自分の地球を守るために勝ち続けてきたのだ。この戦いの結末は果たして!?