Jiyu Nanohana, une collégienne de quatorze ans qui fréquente le lycée Hontsuru Jr. rencontre inopinément Koinosuke Odago, un assistant de Yagyu Jubei qui a cherché pendant 300 ans un digne successeur pour le Lovely Eyepatch. Il implore Jiyu d'accepter l'Oreille, mais elle refuse catégoriquement.

Le problème entre Jiyu et Koinosuke se poursuit alors qu'un nouvel assassin arrive pour éliminer Yagyu Jubei II.

Le conflit se poursuit lorsque deux nouveaux assassins arrivent, sous la forme des nouveaux professeurs de Jiyu. Ils la provoquent en duel, mais elle est vaincue, tandis que Bantaro est blessé au cours du combat.

Bantaro a été guéri par la mère de Shiro. Alors que les choses reprennent leur cours normal, Hajime apparaît et demande à Shiro de rejoindre leur clan ; Shiro explique qu'il n'en a pas l'intention, mais Hajime lui rappelle qu'il sait que Shiro a envie de combattre Jubei II et s'en va. Il accompagne ensuite Jiyu et lui demande ce qu'il en est de l'Eyepatch, elle lui répond que ce n'est rien et le jette.

Mikage et son mari sont chargés de vaincre Jubei II, ils enlèvent Sai et Koinosuke afin de forcer Jiyu à donner l'Eyepatch en échange des otages. Mais lorsque Mikage met l'Eyepatch, celui-ci commence à la brûler. Jiyu se souvient que sa mère se sentait brûlante avant de mourir et, instinctivement, elle s'interpose et arrache l'Eyepatch, laissant une Mikage enfumée. Jiyu dit que même si elles se ressemblent, Mikage n'est pas sa mère. Elle se transforme et les vainc.

Afin de libérer Jiyu du fardeau de devenir Yagyu Jubei et d'être la cible des Ryujoji, Shiro la défie en duel. Plus tard, Jiyu rencontre un assassin des Ryujoji, qui lui explique leur rancune et leur objectif vieux de 300 ans.

Jubei II vainc les assassins. Par la suite, Shiro et Jubei II se battent en duel, il coupe l'Eyepatch, mais dès que Jiyu redevient normale, elle s'effondre. Bantaro l'emmène chez un médecin tandis que Hajime attaque Shiro et s'empare de l'Eyepatch.

Jiyu se repose dans la maison de Shiro. Sai tente de la calmer et se remémore les souvenirs de sa femme décédée.

De retour à la cachette de Hajime, il n'a pas découvert le pouvoir de l'Eyepatch, il ordonne donc à ses hommes d'aller chercher Jiyu. Pendant ce temps, les Nanohanas organisent une fête, Mikage apparaît pendant le spectacle et raconte à Jiyu leur changement de vie.

Jiyu, Koinosuke et les Ruffians sont retenus en otage. Hajime torture ses amis et la force à lui révéler le pouvoir de l'Eyepatch. Shiro apparaît et le combat, Hajime est vaincu par Jubei II. Lorsque Shiro retourne chez lui pour remercier son ancien professeur, il s'avère qu'il a été possédé par l'esprit de Taiko Daiyu.

Mikage explore la cachette des Ryujoji et est attaquée par Shiro/Taiko Daiyu qui la blesse grièvement. Sai trouve Mikage et s'effondre devant lui. Il la ramène chez lui, la soigne et la serre dans ses bras, mais Jiyu voit tout et s'enfuit. Mikage lui dit de protéger Jiyu et que la rancune des Ryujoji perdure. Dès qu'elle sort, un Shiro possédé apparaît et l'attaque.

Le combat entre Shiro et Jubei II, qui sont possédés, se poursuit alors que Sai tente de les arrêter. Jubei II déclare cependant qu'elle doit mettre fin à cette rancune et que l'âme de Jiyu reposera éternellement en elle.