Jiyu Nanohana, une collégienne de quatorze ans qui fréquente le lycée Hontsuru Jr. rencontre inopinément Koinosuke Odago, un assistant de Yagyu Jubei qui a cherché pendant 300 ans un digne successeur pour le Lovely Eyepatch. Il implore Jiyu d'accepter l'Oreille, mais elle refuse catégoriquement.

Le problème entre Jiyu et Koinosuke se poursuit alors qu'un nouvel assassin arrive pour éliminer Yagyu Jubei II.

Le conflit se poursuit lorsque deux nouveaux assassins arrivent, sous la forme des nouveaux professeurs de Jiyu. Ils la provoquent en duel, mais elle est vaincue, tandis que Bantaro est blessé au cours du combat.

Bantaro a été guéri par la mère de Shiro. Alors que les choses reprennent leur cours normal, Hajime apparaît et demande à Shiro de rejoindre leur clan ; Shiro explique qu'il n'en a pas l'intention, mais Hajime lui rappelle qu'il sait que Shiro a envie de combattre Jubei II et s'en va. Il accompagne ensuite Jiyu et lui demande ce qu'il en est de l'Eyepatch, elle lui répond que ce n'est rien et le jette.

Mikage et son mari sont chargés de vaincre Jubei II, ils enlèvent Sai et Koinosuke afin de forcer Jiyu à donner l'Eyepatch en échange des otages. Mais lorsque Mikage met l'Eyepatch, celui-ci commence à la brûler. Jiyu se souvient que sa mère se sentait brûlante avant de mourir et, instinctivement, elle s'interpose et arrache l'Eyepatch, laissant une Mikage enfumée. Jiyu dit que même si elles se ressemblent, Mikage n'est pas sa mère. Elle se transforme et les vainc.

Afin de libérer Jiyu du fardeau de devenir Yagyu Jubei et d'être la cible des Ryujoji, Shiro la défie en duel. Plus tard, Jiyu rencontre un assassin des Ryujoji, qui lui explique leur rancune et leur objectif vieux de 300 ans.

Jubei II vainc les assassins. Par la suite, Shiro et Jubei II se battent en duel, il coupe l'Eyepatch, mais dès que Jiyu redevient normale, elle s'effondre. Bantaro l'emmène chez un médecin tandis que Hajime attaque Shiro et s'empare de l'Eyepatch.

Jiyu se repose dans la maison de Shiro. Sai tente de la calmer et se remémore les souvenirs de sa femme décédée.

De retour à la cachette de Hajime, il n'a pas découvert le pouvoir de l'Eyepatch, il ordonne donc à ses hommes d'aller chercher Jiyu. Pendant ce temps, les Nanohanas organisent une fête, Mikage apparaît pendant le spectacle et raconte à Jiyu leur changement de vie.

Jiyu, Koinosuke et les Ruffians sont retenus en otage. Hajime torture ses amis et la force à lui révéler le pouvoir de l'Eyepatch. Shiro apparaît et le combat, Hajime est vaincu par Jubei II. Lorsque Shiro retourne chez lui pour remercier son ancien professeur, il s'avère qu'il a été possédé par l'esprit de Taiko Daiyu.

Mikage explore la cachette des Ryujoji et est attaquée par Shiro/Taiko Daiyu qui la blesse grièvement. Sai trouve Mikage et s'effondre devant lui. Il la ramène chez lui, la soigne et la serre dans ses bras, mais Jiyu voit tout et s'enfuit. Mikage lui dit de protéger Jiyu et que la rancune des Ryujoji perdure. Dès qu'elle sort, un Shiro possédé apparaît et l'attaque.

Le combat entre Shiro et Jubei II, qui sont possédés, se poursuit alors que Sai tente de les arrêter. Jubei II déclare cependant qu'elle doit mettre fin à cette rancune et que l'âme de Jiyu reposera éternellement en elle.

Pendant que Jubei II combat Shiro/Taiko Daiyu, Koinosuke explique tout aux autres. Jubei II est épuisé et presque tué par Taiko Daiyu, mais Shiro prend possession de son corps et retient la poussée. Jubei le vainc et l'esprit de Taiko Daiyu quitte le corps. Elle dit à tout le monde qu'elle ne peut pas revenir tant que Taiko Daiyu existe encore. Sai le laisse prendre possession de son corps et combat Jubei. Au cours de leur combat, l'esprit de Sai saute et s'empare de l'esprit de sa fille tandis que Jubei II détruit Taiko Daiyu. Bien qu'ils aient gagné la bataille, Koinosuke est parti. Quelques jours plus tard, les héros célèbrent la formation des New Student Lovelies, Jiyu regarde le sifflet de Koinosuke et dit qu'elle soufflera dessus quand elle voudra le voir.

Il y a 300 ans, le Yagyu Jubei combat Kita Ressai, le chef du Yagyu du Nord qui a été éliminé par le Yagyu d'Edo. Au cours de la bataille qui s'ensuit, Kita Ressai ainsi que la femme et la fille de Jubei sont engloutis et noyés dans la glace. De nos jours, Jiyu Nanohana rencontre un enfant étrange qui tient le Lovely Eyepatch et tente de le lui donner. Après avoir fui l'enfant, Jiyu rencontre une jeune étudiante transférée nommée Freesia. Elle emmène Freesia chez elle, juste à temps pour être attaquée par Kita Furo et le Yagyu de Sibérie. L'étrange enfant apparaît et colle rapidement l'Eyepatch sur Jiyu, la transformant en Jubei II. Le combat se termine en sa faveur, mais une mystérieuse femme-épée apparaît et l'attaque.

La femme-épée qui se dit être la véritable Yagyu Jubei II manque de tuer Jiyu, elle cherche l'Eyepatch mais celui-ci est repris par l'enfant. Jiyu se réveille dans sa chambre et demande à Freesia de rester une nuit. Pendant ce temps, Sai, le père de Jiyu, rencontre son ancien patron et décide d'écrire un roman fantôme. De retour chez les Yagyu de Sibérie, ils sont attaqués par la femme-épée, ce qui pousse Kita Furo à attaquer Jiyu. A la fin de la journée, l'enfant réapparaît et se présente.

Kita Furo fait irruption par la porte d'entrée et demande un duel avec Jubei, mais même sans l'Eyepatch, Jiyu est encore capable de se défendre. Le lendemain, Furo l'attaque à nouveau et est vaincu, mais Jiyu est forcée d'affronter la femme-épée. Au plus fort de leur combat, elle tente de lui donner l'Eyepatch, mais il est pris par l'enfant, Ayunosuke. Ayant atteint ses limites, Jiyu s'effondre, Shiro et les Ruffians l'emmènent rapidement chez le médecin, et Ayunosuke s'effondre de désespoir.

Mikage décide d'enquêter, elle tombe sur la femme-épée et arrive juste à temps pour sauver Ayunosuke de la chute. Après l'avoir remise sur pied, Jiyu donne un coup de sifflet et demande à Ayunosuke ce qu'il en est de l'Eyepatch. Ayunosuke lui explique tout, et bien que Jiyu soit émue aux larmes, elle refuse d'accepter l'Eyepatch, jurant qu'elle ne redeviendra jamais Yagyu Jubei.

Les Yagyu de Sibérie décident de vaincre Jubei pendant qu'ils font leurs courses. Ils enlèvent Freesia, obligeant Jiyu à se retirer. De son côté, Jiyu ne veut pas se transformer et lorsqu'elle atteint le sommet du château, Freesia est poussée dans les douves pour se noyer. Jiyu saute alors pour sauver son amie. Alors qu'elles se noient, Ayunosuke colle l'Eyepatch sur Jiyu, qui se transforme en Jubei II et bat le Tigre Blanc Nizaemon. Pendant ce temps, le mari de Mikage l'informe de l'existence de Kita Furo.

Afin de vaincre Yagyu Jubei II, Kita Furo se lance dans l'entraînement. Jiyu se sent déprimée d'avoir rompu une promesse importante, et découvre que Sai a continué à écrire des romans fantômes. Bouleversée, elle s'enfuit ; Mikage, qui la poursuit, rencontre Nizaemon, qui a déjà été vaincu. Il la supplie de convaincre Jiyu de libérer le reste des Yagyu de Sibérie. Plus tard, Furo rattrape Jiyu et lui demande de se battre, mais elle refuse même lorsque Nizaemon la supplie de se battre et qu'Ayunosuke lui demande d'accepter l'Eyepatch. Soudain, Freesia apparaît et s'empare de l'Eyepatch.

Bien qu'elle ait volé l'Oreille, Ayunosuke réussit à la reprendre car elle pense qu'elle appartient de droit à Jiyu. Sous les yeux de Jiyu, Freesia se transforme en sabreuse des Mystères et abat Furo. Elle force Ayunosuke à lui donner l'Oreille ou elle la découpera en morceaux. Dans un affrontement dramatique, Jiyu se transforme et affronte Freesia dans un fantastique combat au sommet d'une falaise. Au moment où Jubei II commence à porter le coup final, l'esprit de Jiyu l'arrête. Freesia lui tranche immédiatement le torse et Jiyu tombe dans la forêt en contrebas. Jiyu étant temporairement hors d'état de nuire, Freesia fait de son mieux pour charmer Sai et lui faire oublier sa vraie fille.

Jiyu gît blessée dans la forêt, Ayunosuke s'occupant de ses blessures, tandis que Sai se reproche sa disparition. Profitant de l'état émotionnel de Sai, Freesia continue de le tromper en jouant la fille modèle, mais elle est hantée par ce qui s'est passé au château de Hontsuru. Afin de dépeindre Jiyu sous son plus mauvais jour, elle ment à tout le monde au sujet de son absence. Pendant ce temps, Ayunosuke fait de son mieux pour que Jiyu accepte l'Eyepatch, mais Jiyu refuse et dit que sa tâche est terminée. Ayunosuke s'enfuit et se transforme en un corps vieux de 300 ans.

Contrarié de ne pas avoir pu rivaliser avec les deux Jubei II, Kita Furo fait appel au pouvoir de son père. Il se remémore ses souvenirs d'enfance lorsqu'il a croisé pour la première fois le Yagyu Jubei original, ainsi que l'époque révolue des Yagyu du Nord. Alors que Jiyu se rétablit, elle rencontre Furo et lui annonce que tout est fini. Se sentant coupable de la disparition de sa fille et se souvenant de sa femme décédée, Sai agonise sur ses échecs en tant que père et en tant qu'être humain. Lorsque Jiyu rentre chez elle, espérant des retrouvailles chaleureuses avec son père, Sai, trompé par Freesia, la gifle à la place. Troublée, Jiyu quitte la maison et Sai est désespéré.

Mikage découvre ce qui est arrivé à Ayunosuke et part à la recherche de Jiyu qui est maintenant dans un état de confusion, elle ne reconnaît pas Sai et croit que Mikage est sa mère. Mikage assomme alors Sai et appelle son mari pour qu'il le surveille, puis emmène Jiyu auprès d'Ayunosuke. Ailleurs, Shiro et les Ruffians interrogent le Yagyu sibérien juste à temps pour que Freesia décide de les éliminer tous.

Jiyu continue de semer la confusion, même lorsque Mikage la supplie de reprendre son épée. Nizaemon les informe au sujet de Freesia ; Kita Furo décide qu'il est temps de mettre fin à son combat, et supplie Jiyu pour une revanche après avoir terminé Freesia. Sai apparaît et au lieu d'essayer de l'aider, il lui dit d'arrêter de fuir son destin. Jiyu redevient enfin elle-même, accepte le Lovely Eyepatch et ressuscite Ayunosuke. Après avoir vaincu Kita Furo, Freesia est choquée lorsqu'elle voit Jiyu, les deux rivales s'affrontent en duel.

L'affrontement entre les deux Yagyu Jubei II se poursuit, Freesia est épuisée par la puissance incontrôlée de Jubei et se retire. Après avoir frôlé la défaite, Sai lui propose soudainement la technique "Mutodori", Shiro et les Ruffians tentent de la calmer, mais ils refusent tous. Elle continue de se battre, mais Jiyu lui dit que l'Eyepatch qu'elle a fabriqué l'a reconnue comme la véritable Yagyu Jubei la seconde, Freesia s'en rend compte et redevient amie avec elle. Alors que tout commence à bien se passer, l'esprit de Kita Ressai s'empare du corps de Furo et se transforme en un monstre de glace géant, exigeant de Jubei un dernier combat.

Le monstre de glace fait combattre Jiyu et Freesia côte à côte. Alors que la fièvre de Jiyu commence à s'étendre, elle confie à Freesia la poursuite du combat et utilise sa fièvre pour faire fondre le monstre. Kita Furo est libéré, provoque Jiyu en duel et perd. Le monstre se reconstitue si vite que les deux Jubei II se battent à l'unisson, ensemble ils anéantissent Kita Ressai, le libérant de sa haine. L'esprit de Yagyu Jubei les félicite tous les deux avant de partir avec Koinosuke et Ayunosuke. Quelques jours plus tard, alors qu'elle se promène avec ses amis, Jiyu aperçoit Ayunosuke endormi et se précipite à ses côtés. Le générique de fin montre comment la vie des autres personnages change (par exemple, Furo devient officier de police).