故事講述鈴原美咲來到東京升上初中一年級，在街上看到了被稱為“天使”的戰鬥場面，便被“她”深深吸引着，而一位神秘男子，他自稱阿一，説着要教導美咲“育成”自己的“天使”。在購買“天使之卵”之後，便高高興興到了阿姨家裏寄宿，並打開了“天使之卵”，開始“育成”她，“製作”完成後，美咲為她取了小光這個名字。第二天，美咲正式在東京上學，不久便認識了一對青梅竹馬的好朋友虎太郎及珠代，他們三人很快便成了好朋友。

12-year-old Misaki Suzuhara has just gotten involved in Angelic Layer, a battling game using electronic dolls called angels. Even as a newbie, Misaki shows advanced skills as she meets new friends and enters Angelic Layer tournaments to fight the greatest Angelic Layer champions of the nation.

Misaki Suzuhara arrive à Tokyo pour entrer au collège, sa mère étant très prise par son travail, celle-ci va donc habiter chez sa tante. Mais à peine arrivée en ville, qu’elle tombe sur un écran géant retransmettant un duel entre deux combattantes, mais qui sont en réalité de petites poupées guidées par ondes cérébrales. Séduite par le talent du vainqueur en dépit de sa petite taille, Misaki va rapidement se laisser entraîner dans le monde de l’Angelic Layer. 

Die Sechstklässlerin Misaki Suzuhara ist gerade nach Tokyo umgezogen, um bei ihrer Tante zu leben. Sie stolpert dort über ein Spiel namens Angelic Layer, eine Werbeveranstaltung für technisierte Puppen, die jeder selbst umgestalten kann. Sobald dies geschehen ist, können sie durch eine neuartige Technologie miteinander verbunden werden und sich in einem Bereich, Layer genannt, bewegen: in diesen Layern werden Kämpfe ausgetragen, um die Besten zu finden. Misaki trifft Icchan, einen seltsamen Mann, der sie in das Spiel einführt. Aus welchen Gründen auch immer glaubt er, dass Misaki das Potential hat, zu den besten Spielern aller Zeiten zu gehören...

「鈴原みさき」は中学1年生。東京の中学校「エリオル学園中等部」に通うために、叔母であるニュースキャスターの「浅見祥子」を頼って上京する。上京の際、偶然東京駅で見たのは、「天使（エンジェル）」と呼ばれる人形たちが、テレビ画面の中で華麗に戦いあう擬似格闘ゲーム「エンジェリックレイヤー」。そのゲームの虜となった「みさき」は「天使の卵（エンジェルエッグ）」を購入。白衣を着たあやしいオジさん、「いっちゃん」（実は、「エンジェリックレイヤー」の創作者、三原チーフ）に教えてもらいながら、自分だけの天使「ヒカル」を作り出した。「いっちゃん」の協力のもと練習を積んだ「みさき」は、町内主催の「エンジェリックレイヤー」大会に出場し、見事勝利する。これを機に、「みさき」はいよいよ「エンジェリック レイヤー」公式トーナメントへ挑むこととなった。次々と現れる強豪対戦者達を相手に、はたして「みさき」は「ヒカル」とともに勝利を手に入れることができるだろうか…!?

중학교 입학을 계기로 상경한 스즈하라 미사키는 전광판에서 엔젤릭 레이어의 시합을 보고 거기에 빠져든다.

그 뒤 공식대회에 출전하면서 다양한 강자들과 만나게 되는데⋯.

No futuro, a tecnologia alcançou um patamar elevadíssimo, e a indústria de brinquedos aproveitou-se disso para criar a maior febre mundial até então lançada, o Angelic Layer. O jogo é o mais popular brinquedo da atualidade, arrebatando milhares de fãs e usuários. Nele, bonecos desenvolvidos com tecnologias extremamente avançadas, os Angels, são controlados por seus operadores, denominados Deuses, em um campo especial que permite sua movimentação, o Angelic Layer. Movendo seus anjos com os pensamentos, os Deuses travam acirradas batalhas, algumas apenas por diversão, outras em torneios oficiais que reúnem os combatentes no topo do ranking. Tais torneios são verdadeiros eventos, com ampla cobertura da mídia, e os grandes competidores chegam a ser mais famosos que muitos artistas. O mangá conta a história de uma garotinha chamada Misaki Suzuhara, que morava no interior do Japão quando foi deixada pela mãe, que se mudou para Tóquio com o pretexto de ir trabalhar, deixando a filha com os avós. Misaki cresce e vai estudar em Tóquio, lá ela encontra o jogo que vai mudar a sua vida. Misaki fica sob a influência do misterioso Icchan e resolve montar sua própria boneca para tornar-se uma controladora, ou Deusa, e assim nasce Hikaru, seu anjo.

Мир развивается день за днем. В основном прогресс касается электронных технологий, и, конечно же, электронных игр! Теперь дети могут покупать маленьких электронных кукол - "Ангелов" и, снаряжая их в зависимости от своего воображения, устраивать зрелищные бои между ними на специальных аренах Angelic Layer.