地区展に出品する木彫りの精霊像を作り終えた美術部員の御厨仁。すると、その精霊像が割れ、中から女の子が現れた！ 彼女は、仁が彫った精霊像を依代として顕現した、産土神だと言う。仁が彼女に依代となったご神木の事情を説明していると、彼女はケガレと呼ばれるその土地の不浄物に襲われてしまう。人には触れられぬケガレに成す術のない神様。だが、仁はそのケガレをたやすく払いのけてしまう。そのことに落ち込む神様だったが、ふとしたことをきっかけにその解決策を見出す。そして、なんとかケガレにリベンジを果たした彼女は、仁に向かってこう告げる。「わらわはナギ、この神樹と同じ名じゃ」と。

仁の家で暮らすことになったナギ。横柄な態度とあまり神様っぽくないナギに、ついに仁も反論をする。ナギと言い争いしていると、そこに幼なじみのつぐみが家にやってきて……。

美術部部長の木村貴子に倉庫整理を命じられた仁。仁は同じ学年の響大鉄、秋葉巡、そしてつぐみと共に倉庫整理に向かうのだが、その倉庫はオバケが出るという噂の場所だった……。

仁は街で美術道具を買った帰り道、近道するために入った路地裏で、チンピラにカラまれている少女を助ける。彼女の名はざんげちゃん。その正体は一回百円で人々の懺悔を聞く、巷で話題のアイドルだった……。

御厨家の食事事情につぐみがショックを受けていると、そこにざんげちゃんがお弁当を持ってやってくる。仁と二人で暮らそうと迫るざんげちゃんに、ナギとつぐみは猛反発！ 三人は料理勝負をすることに……。

買い物に慣れないナギは、つぐみに買い物を手伝ってもらうことに。服、下着、靴、鞄などを買いたいと言うナギ。予算をいくらかとたずねるつぐみに対し、ナギは得意げに一万円札を見せるのだった……。

傷つきながらも最強の敵「ライフアフター」を倒したキューティーに安寧の時が訪れようとしていたその矢先、更なる最強の敵「ニセキューティー」が現れた！ 瞬く間にひつまぶしに覆われていく世界！ キューティーの運命やいかに……!?

雨の降る夕方、仁は家の窓から外を眺め、天気の悪さを嘆いていると、家のチャイムが鳴る。玄関に行きドアを開けると、そこにはまっすぐ家に帰ったはずの大鉄がズブ濡れで立っているのだった……。

大鉄が仁の家に泊まった翌日、様子のおかしい二人。そして、部室で言い争うナギと大鉄。二人の関係を誤解したつぐみの放った一言により、仁と大鉄に災難が降りかかるのだった……。

親睦を深めようという貴子の提案で、カラオケBOXにやってきた、仁たち美術部のメンバーとナギ、つぐみ、ざんげちゃん。ざんげちゃんとつぐみは、ここでも仁を巡って攻防を繰り広げるのだった……。

ナギと出会って以来、詳しいことを知らされぬまま手伝ってきた仁だったが、ケガレやナギの行動について曖昧にしてきたことが多過ぎると、彼女に真意を問いただすのだった……。

ナギのことで釈然としない仁は、ナギの正体を調べるため、神薙神社の管理人とざんげちゃんを訪ねる。遅くなってから家に帰ると、仁に思いもよらない事態が待ち受けていた……。

昨夜のことで困惑する仁は、心配して声をかけてくれたつぐみにも冷たくあたってしまう。しかし、それでもめげないつぐみの激励のおかげで、仁は自分のすべきことを見出すのだった……。