Quando Jin Mikuriya usa o tronco de uma árvore sagrada para esculpir uma estátua para um projeto escolar, ele acidentalmente convoca uma divindade guardiã chamada Nagi.

Quando Jin recebe uma visita surpresa de sua colega de classe e amiga Tsugumi Aoba, Nagi inventa uma história explicando sua vida com Jin. Mais tarde, Nagi foge de casa após uma discussão com Jin e se vê em perigo ao tentar limpar uma impureza sozinha.

Quando Nagi se infiltra secretamente na escola de Jin para procurar uma impureza, ela se depara com uma garota misteriosa.

Nagi está pensando em virar uma idol para ganhar seguidores, já que seus poderes serão reduzidos com o corte da árvore. Jin encontra uma idol famosa que acaba por ser a deusa irmã de Nagi.

Zange tenta seduzir Jin e desafia Tsugumi e Nagi para um concurso de culinária. Enquanto isso, Nagi está se tornando tão popular entre os alunos da escola que os professores descobrem que ela não está matriculada.

Quando a pedido de um amigo Nagi decide conseguir um trabalho de meio período em um café onde Tsugumi também trabalha, ela é surpreendida por Jin e seus colegas do clube de arte.

Quando Nagi se fecha no guarda-roupa de Jin e se recusa a sair, Jin liga para Meguru pedindo ajuda.

Durante uma noite de tempestade, Daitetsu fica na casa de Jin, onde se pergunta sobre os sentimentos de Jin e Nagi um pelo outro.

Quando rumores sobre Daitetsu e Jin serem um casal homossexual começam a se espalhar, Zange decide que a melhor solução para o problema é Jin namorar oficialmente uma garota.

Quando o Clube de Arte, Nagi e Zange estão festejando no karaokê, as complicações do relacionamento de Tsugumi, Jin e Zange rapidamente tornam a sessão extremamente estranha.

Jin exige que Nagi conte a ele mais sobre si mesma, seus motivos para ficar na casa dele e a ocorrência de impurezas na aldeia. Depois que ela se recusa e foge, Jin discute o assunto com Reiri Suzushiro.

Quando Jin chega em casa e descobre que Nagi não está em lugar nenhum, ele continua procurando por ela sem sucesso.

Tsugumi convence Jin a procurar Nagi novamente com a ajuda do blog da escola.

Quando Takako encontra muito dinheiro na rua, ela reúne Nagi, Zange, Tsugumi e o resto do Clube de Arte para fazer um filme independente com ele. No entanto, durante a sessão de filmagem, o grupo é tomado por uma tempestade. Para complicar, um dos filmes que Akiba alugou como material de pesquisa já passou do tempo de devolução.