Do tajnego więzienia w Rumunii trafia niezidentyfikowany mężczyzna, którego jedynym znakiem rozpoznawczym jest tatuaż z rzymską liczbą "XIII" na klatce piersiowej. Bezimienny pamięta tylko, że w przeszłości był agentem, który został zdradzony i pozbawiony tożsamości przez współpracowników. Tajemnicza Irina pomaga mu uciec i oferuje swoją pomoc w zamian za odzyskanie zawartości skrzynki depozytowej, do której tylko on ma dostęp. Tymczasem o jego zniknięciu dowiaduje się CSI. Współpracownik prezydenta Carringtona, Amos, wydaje polecenie odnalezienia zbiega, który może zagrażać bezpieczeństwu kraju. "XIII" w ramach swojej misji poznaje prowadzącą zakład fotograficzny Sam i major Jones, która okazuje się jego byłą partnerką.

Sam i XIII udają się do Green Falls w Colorado, gdzie bezimienny mieszkał w dzieciństwie. Tam udaje im się ustalić, że XIII to tak naprawdę Rayan Flay. Dalsze śledztwo w sprawie losów chłopca i jego rodziny utyka w miejscu, gdy mieszkańcy odmawiają jakiejkolwiek pomocy. Dopiero dziennikarz Hateway zgadza się opowiedzieć o tajemniczej śmierci ojca Flaya. Pułkownik Amos rozkazuje major Jones śledzić XIII. Tymczasem były prezydent Sheridan zleca agentowi Giordino zabicie cierpiącego na amnezję mężczyzny. Wkrótce snajper eliminuje pomagającego parze redaktora.

Jones naprowadza XIII na trop byłego agenta CIA, Shamusa O'Neila, o którym prawdopodobnie wspominał Santos. Bezimienny jedzie do Irlandii, aby go odnaleźć. Trop jednak urywa się, kiedy wychodzi na jaw, że mężczyzna zniknął bez śladu jakiś czas temu. Poszukiwania narażają XIII na konflikt z miejscowymi handlarzami bronią.

Dzięki pomocy Jones XIII trafia do paramilitarnego obozu szkoleniowego, gdzie prawdopodobnie przechodził trening na agenta CIA. Jako Kelly Brian pragnie odkryć tajny charakter misji, do której go przygotowano. Próbując rozwiązać zagadkę naraża się właścicielowi bazy, Thomasowi Rechowi. Wkrótce zostaje uznany za szpiega. Jedyną osobą, która może go uratować jest Jones, ale będzie to ją kosztowało karierę.

Po opuszczeniu ośrodka szkoleniowego XIII i Jones wyruszają do Hiszpanii, gdzie swego czasu wysłano agenta O'Neilla z misją inwigilacji korporacji Renelco. W zgubieniu pościgu pomaga parze zdolny haker, Dillon Masters. Na miejscu XII odkrywa, że wraz z żoną był zaangażowany w walkę przeciwko prezydentowi Ortizowi. Wychodzi też na jaw, że może być odpowiedzialny za śmierć niewinnych ludzi.

Prezydent Carrington przywraca Jones do służby. Giordino próbuje podważyć zaufanie pani major do XIII. Torturowany przez Irinę ojciec Jacinto wyjawia jej informację o trzech zegarkach, w których ukryte są chipy. Bezimienny udaje się do Chicago, do byłego wojskowego Roberta Simonsa, który prawdopodobnie posiada jeden z zegarków. Na miejscu okazuje się, że mężczyzna zginął, a o ukrytym przedmiocie może wiedzieć jego pasierbica, Kelly.

Irina proponuje XIII układ. Jej zleceniodawca chce poznać dane z chipa ukrytego w drugim zegarku. W zamian oferuje informację o tym, kto zastrzelił Sam. Bezimienny jedzie na spotkanie ze Swietłanową. Na miejscu oboje zostają zaatakowani i skuci razem przez uzbrojonych mężczyzn. Udaje im się jednak uciec z transportu. Muszą teraz współpracować, aby poradzić sobie z najemnikami, którzy na nich polują. Zaniepokojona Jones tymczasem nawiązuje współpracę z Amosem, aby odnaleźć XIII.

Prezydent Carrington odwołuje Giordino z funkcji szefa CIA po tym jak na jaw wyszły jego działania przestępcze. Pułkownik Amos i XIII łączą siły, aby go złapać. Wkrótce okazuje się, że poszukiwany mężczyzna planuje pobrać zawartość swojej skrzynki depozytowej w rosyjskim banku. Aby go uprzedzić bezimienny i przedstawiciele służb organizują napad na placówkę.

Giordino poszukuje europejskiego przedsiębiorcy Rainera Gareharta. Aby go odnaleźć jedzie do Kanady, gdzie mieszka wspomagana finansowo przez biznesmena rodzina Hansbych. Zabija rodziców i porywa młodego geniusza, Rogera. Jones, XIII i pułkownik Amos namierzają porywacza w pociągu do Montrealu. Próbują uratować chłopca.

XIII chce porozmawiać z Rogerem. Liczy, że chłopiec usłyszał coś ważnego od Giordino przez jego śmiercią i naprowadzi go na trop trzeciego zegarka. Wkrótce razem z Jones Bezimienny wpada na trop żołnierza Maxa Searle, który uczestniczył z nim w misji w Costa Verde. Postanawia go odszukać. Lokalizuje mężczyznę w opuszczonym bunkrze, który jest teraz labiryntem pełnym pułapek.

XIII prosi o pomoc hakera Dylana Mastersa. Z jego pomocą chce odczytać informacje z chipów. Jednocześnie Bezimienny szuka informacji o akcji w Costa Verde. Przypadkowo wpada na trop mężczyzny, który twierdzi, że jest jego ojcem. Udaje się rozszyfrować zakodowane dane. Okazuje się, że chipach ukryto legendarny program komputerowy, który daje dostęp do wszystkich instytucji na całym świecie.

Rainer Garehart zaczyna atakować Stany Zjednoczone za pomocą programu komputerowego. Wally Sheridan wykorzystuje okazję i wytyka prezydentowi nieudolność. Carrington wzywa go do siebie i informuje, że wie o jego spisku i próbie przejęcia władzy. Pułkownik Amos zleca agentom zabicie XIII. Szybko odwołuje rozkaz, gdy Bezimienny odwiedza go w domu i przypomina o jedynej możliwości unieszkodliwienia programu. Aby to zrobić trzeba wykonać jego kopię.