Sur la côté est des Etats-Unis, un homme est retrouvé dans une forêt, blessé et amnésique. Alors qu'il est poursuivi par un commando qui tente de le tuer, l'individu découvre que non seulement il sait manier les armes, mais qu'il est aussi pourvu de réflexes et d'une force hors du commun. Il apprend bientôt qu'on l'accuse du meurtre de la présidente des Etats-Unis. L'homme se lance alors dans une véritable croisade à la recherche de son identité et cherche à comprendre quel rôle il a pu jouer dans une affaire qui concerne des personnalités aussi haut placées. Pour le moment, il n'a qu'un seul indice en sa possession : le chiffre XIII tatoué sur sa clavicule...

Les services secrets ont capturé XIII. Ils l'interrogent pour le forcer à donner les noms de ses supposés commanditaires. Mais l'Agence nationale de la sécurité l'aide à s'enfuir. Une fois libre, XIII parvient à se débarrasser de la Mangouste, l'homme de main des conspirateurs. Il apprend alors que ceux-ci prévoient de faire exploser un bureau de vote du Maryland pour traumatiser les habitants et faire en sorte que Wally Sheridan, le frère de Sally, perde les élections...

XIII ne renonce pas à saisir le mystère qui entoure son identité. Il se tourne vers l'ancien président Sheridan, qui lui conseille de retrouver la trace d'un dénommé Carlos Santos. Cet ancien instructeur de la CIA pourrait bien être en mesure de lui livrer de précieuses informations à ce sujet. Sans tarder, XIII piste Santos et le localise à Caracas, où il purge une peine de prison. Une fois sur place, XIII se retrouve impliqué dans une affaire de drogue. La police locale s'en mêle et le place sous les verrous. Pour XIII, cette mésaventure constitue en fait une occasion unique de pouvoir prendre contact avec Santos. Cependant, une tragédie inattendue se produit bientôt à Caracas...

C'est maintenant en Irlande que ses recherches mènent XIII. Il n'entend pas abandonner la piste de Seamus O'Neil. Cet ancien membre de la CIA a été explicitement mentionné par Santos comme un maillon important du mystère entourant l'identité de XIII. Loin de la touffeur de Caracas, XIII arrive en Europe du Nord. Mais Seamus a mystérieusement disparu. En enquêtant sur lui, XIII se trouve mêlé à un vaste trafic d'armes. Jones a été envoyée en Irlande afin de le surveiller. Elle décide de l'aider à faire capoter une vente d'armes à un groupuscule nazi. Efficace, elle obtient des informations sur les liens entre Seamus O'Neil et un dénommé Ryan Flay. S'agit-il du vrai nom de XIII ?...

Grâce à l'aide du major Jones, XIII veut tenter de se faire passer pour un agent de la CIA afin d'infiltrer le camp d'entraînement ultrasecret que dirige Tom Rech dans le Montana. Des agents y sont notamment formés aux stratégies et techniques de combat les plus pointues. Une fois arrivé sur place, XIII espère recueillir des informations précieuses qui lui permettront de faire la lumière sur son passé. Sur ses traces, Frank Giordino décide d'envoyer Irina dans le but de court-circuiter ce plan. Rompu aux méthodes de combat les plus sophistiquées, XIII prouve qu'il n'a pas besoin de suivre une quelconque formation. Cette particularité attire bientôt les soupçons de Rech...

Mise à pied par le colonel Amos, Jones accepte d'accompagner XIII au Costa Verde. C'est dans ce pays que se trouverait Seamus. Avant de s'y rendre, il leur faut semer Giordino et ses sbires. Dillon, hacker hors pair, parvient à cracker leur système de sécurité : plus personne n'arrive à localiser XIII. Débarqués au Costa Verde, Jones et XIII rencontrent Maria, la veuve de Seamus. Maria reconnaît en XIII le mari qu'elle croyait mort. Elle accepte de l'aider à retrouver les pièces manquantes du puzzle de son identité...

Dès leur retour du Costa Verde, Jones et XIII sont conduits par les hommes de la NSA auprès du président Carrington qui, aidé de Giordino et du colonel Amos, tente d'en savoir plus sur ce que XIII a pu apprendre sur place. De son côté, Irina questionne un religieux. L'interrogatoire s'avère plutôt musclé. XIII essaie de livrer le moins d'indices possibles. Jones fait de même. XIII veut garder les mains libres pour suivre la piste, à Chicago, de la deuxième montre. Celle-ci appartient à un certain Robert Simons, l'un des comparses de Seamus au Costa Verde. Mais cet individu demeure introuvable. C'est auprès de sa belle-fille, Kelly, que XIII et Jones entreprennent de retrouver sa trace...

XIII et Jones s'intéressent maintenant à la troisième et dernière montre. C'est alors qu'Irina propose à XIII de lui révéler l'identité du commanditaire de l'assassinat de Sam. Que désire-t-elle en échange ? Les informations contenues dans la montre de Simons. XIII et Irina sont capturés par les hommes de Giordino et enchaînés l'un à l'autre. Au prix d'efforts surhumains, ils réussissent à s'échapper et fuient à travers les bois. Les mercenaires de Giordino se lancent à leur poursuite. De son côté, Sheridan essaie d'écarter Giordino, trop envahissant à son goût...

Frank Giordino étant en cavale, le colonel Amos prend le contrôle de ses équipes au siège de la CIA. De leur côté, XIII et Jones retrouvent la trace de Giordino en Russie. Ce dernier cherche à récupérer des papiers classés top secret déposés dans un coffre de la Russian National Bank. XIII et Jones sollicitent l'aide d'un ancien braqueur ainsi que celle de Dillon, redoutable hacker, pour mettre la main sur ces documents avant Giordino

Giordino a réussi à fuir et c'est à Toronto que XIII et Jones retrouvent sa trace. Mais le fugitif les prend de court en kidnappant un jeune garçon surdoué, Roger Hansby, après avoir pris soin d'assassiner ses parents. L'enfant ne serait pas étranger aux documents photographiés à la Russian National Bank, notamment aux résultats des tests sanguins retrouvés dans le coffre-fort

Suivant à présent la piste de la troisième montre, XIII et l'agent Jones débarquent à Baker City où réside un certain Eric Schmidt. À leur arrivée, c'est son cadavre qu'ils découvrent en même temps que les plans d'un complexe militaire où ils décident de se rendre. De son côté, Sheridan offre deux millions de dollars à Irina si elle parvient à mettre la main sur la montre avant XIII. Rainer Gerhardt, lui, révèle à Sheridan qu'il est le père biologique du petit Hansby

XIII et Jones font appel à Dillon pour qu'il les aide à cracker le logiciel contenu dans les trois montres. Mais la tâche s'avère plus difficile que prévu. XIII doit réunir de nouveaux indices. Il retrouve alors la trace d'Elliot Reed, recruteur pour la mission du Costa Verde, qui le met sur la piste de Sean Mullway. L'homme qui n'est autre que le père de XIII réveille chez lui quelques souvenirs, notamment celui d'une bague. Elle contient en effet le mot de passe grâce...