XIII ha estado injustamente encerrado en un campo de rendición por el Director de la Agencia Nacional de Seguridad. Tras dos años de cautiverio, XIII emprende una audaz fuga ayudado por dos misteriosos aliados.

Estos aliados resultan ser el Ex-presidente Sheridan y una psicótica asesina, Irina Svetlanova.

XIII y Sam siguen una pista de Sheridan hacia Green Falls, un pequeño pueblo donde XIII podría haber pasado su infancia. XIII empieza a hacer preguntas sobre sí mismo y sobre su padre y poco a poco destapa viejos secretos. Al final, acaba descubriendo su nombre de niño, pero también debe resolver el asesinato del padre al que nunca conoció.

Siguiendo otra pista de Sheridan, XIII va a una violenta cárcel venezolana en busca de un prisionero que podría haber trabajado con él. El problema es llegar hasta él, ya que es una persona muy carismática que llevó al resto de encarcelados a luchar por sus derechos, fue declarado mentalmente enfermo y encerrado en un área de alta seguridad.

XIII sigue una pista que le dio Sanchez en la cárcel en Venezuela. Ésta le lleva hasta Irlanda, dónde tendrá que encontrar a Seamus O'Neal, un ex-miembro del IRA que entró en la CIA al mismo tiempo que él.

XIII sigue el rastro de su identidad hasta un campo de entrenamiento paramilitar en el Pacífico llamado Bitterroot. Al parecer él entrenó allí y ahora intenta descubrir cuál era la misión secreta para la que estaba siendo entrenado.

Después de enterarse de que su entrenamiento en Bitterroot era para una misión en Costa Verde, XIII y Jones deciden ir hasta allí. Mientras profundizan en las posibles implicaciones de XIII allí, hacen algunos descubrimientos inesperados.

XIII y Jones viajan a Chicago en busca de Robert Simons, otro de los agentes enviados a Costa Verde. XIII está desesperado por descubrir lo que realmente pasó allí, y más aún cuando se entera de que Simons desapareció misteriosamente hace dos años.

After reluctantly going to Irina's, XIII and Irina are captured by a rogue team, and after escaping they are hunted by the commandos. Meanwhile Jones and Amos are becoming suspicious of CIA Director Frank Giordino.

XIII is hot on the trail of now-exposed CIA director Giordino and tracks him to a safe deposit box in Moscow where Giordino has secreted money, documents and blackmail materials in case of an emergency.

Following Giordino as he makes use of the mysterious information from his burn box, XIII and Jones find themselves looking for a young boy whose parents Giordino has brutally murdered.

XIII and Jones infiltrate a bunker to reach Max Serle, with Irina and her team in hot pursuit.

XIII and Dillon work frantically to break the password from an encrypted file.