XIII ist aus einem geheimen Gefängniscamp entflohen. Als seine Retter offenbaren sich Ex-Präsident Sheridan und die Killerin Irina Svetlanova. Sie bieten ihm einen Deal an: Wenn XIII den Inhalt eines Safes aushändigt, wird Sheridan ihm Informationen über sein bisheriges Leben geben. Da tauchen plötzlich Killer auf, und XIII muss fliehen.

Nach einem Hinweis von Sheridan fahren XIII und Sam nach Green Falls, wo XIII angeblich aufwuchs. XIII stößt auf seinen echten Namen und erfährt, dass sein Vater Zeitungsreporter war, der einen Skandal aufdecken wollte und ermordet wurde. Schließlich erfährt XIII auch, dass er am College zu einer CIA Ausbildung eingezogen wurde.

Chasing another lead from Sheridan, XIII gets himself thrown into a brutal Venezuelan prison in search of a prisoner who might have worked with XIII when he was a CIA operative.

Der gedächtnislose Agent XIII folgt der Spur, auf die er von Häftling Sanchez in dem venezulanischen Gefängnis gestoßen wurde. Sie führt ihn nach Irland: Hier muss XIII Seamus O’Neil finden, einen Ex-IRA-Kämpfer, der zur selben Zeit bei der CIA anheuerte wie XIII.

Agent XIII versucht nach dem Verlust seiner Erinnerung immer noch dem Geheimnis seiner Identität auf die Spur zu kommen: Er folgt den Spuren bis zu einem paramilitärischen Trainingscamp im Nordwest-Pazifik namens „Bitterroot“. Für welche geheime Mission wurde er hier ausgebildet? Bei seinen Nachforschungen legt er sich mit Camp-Leiter Rech an. Um sein Ziel zu erreichen, muss XIII das Trainingsprogramm überleben und darf nicht als Spion auffliegen. Doch dafür muss er einen tödlichen Preis zahlen.

Agent XIII kommt dem Geheimnis seiner vergessenen Identität langsam auf die Spur: Anscheinend wurde er im paramilitärischen Camp „Bitterroot“ für eine Wirtschaftsspionage-Mission in Costa Verde ausgebildet. Dort machen XIII und Special Agent Lauren Jones erstaunliche Entdeckungen: XIII stand nicht nur in Verbindung mit einer Kraftwerks-Explosion, die hunderte Arbeiter tötete, sondern auch mit einer revolutionären Bewegung – und deren charismatischer Anführerin

Agent XIII und Special Agent Lauren Jones machen sich auf den Weg nach Chicago. Dort suchen sie Robert Simons, einen der anderen Agenten, die in das Kraftwerk in Costa Verde eindringen sollten. Doch Simons ist bereits seit zwei Jahren vom Erdboden verschwunden. Und schlimmer noch: Durch seine Suche bringt XIII die russische Killerin Irina auf seine Spur.

Agent XIII lässt es keine Ruhe, dass er nicht weiß, wer seine Freundin Sam getötet hat. Da macht ihm die Russin Irina einen Vorschlag: Sie ist bereit, ihm den Namen zu nennen, wenn er ihr im Gegenzug eine Uhr überlässt, in der sich ein Computerchip mit briasanten Informationen befindet.

Der gedächtnislose Agent XIII verfolgt eine Spur des ehemaligen CIA-Directors Giordino nach Moskau. Die führt zu einem Banksafe, in dem Giordino hochbrisante Dokumente aufbewahrt. XIII und Special Agent Lauren Jones versuchen, an das geheime Material zu kommen.

Durch die geheimen Unterlagen des ehemaligen CIA-Directors Giordino kommen XIII und Special Agent Jones auf die Spur eines kleinen Jungen, dessen Eltern von Giordino ermordet wurden. Als sie Giordino zu einem geheimen Treffpunkt verfolgen, finden sie die Wahrheit heraus, wer dieser Junge wirklich ist.

XIII and Jones begeben sich nach Montana zu einer stillgelegten Sprengkammer, die voller tödlicher Fallen steckt. Und wo sich anscheinend Max Serle versteckt hält, einer der Verschwörer der Costa-Verde-Mission. XIII und Jones kämpfen sich durch den Bunker, um Max zu erreichen, bevor Killerin Irina ihn findet.

Nachdem XIII die letzte noch fehlende Uhr von Max Serle erhalten hat, versucht der Ex-Agent, die einzelnen Teile der verschlüsselten Dateien zusammenzusetzen. Dazu ist allerdings ein Passwort nötig. XIII versucht verzweifelt, den Zugang zu knacken, bevor Amos und seine Leute ihm die Informationen entreißen können.