Lydia, enfermée à Eichen House, tente de s'échapper mais est ramenée à l'intérieur par des gardiens. Sous forme de flash-backs, elle se souvient de ce qui s'est passé cette année-là. Elle croit raconter ses souvenirs à Aiden mais ce n'est pas lui...

Tracy, une jeune fille de terminale, raconte ses "rêves" (genre de terreurs nocturnes) à la psychologue du collège qui n'est autre que la mère de Lydia, quand elle vomit un liquide noir avec des plumes de corbeaux. Cette dernière est alors vite mise au courant et demande à Parrish de venir chez Tracy pour savoir si ce n'était qu'un rêve, ou si c'était bien réel. Parrish découvre sur le toit des corbeaux morts mais ne dit rien à Tracy pour ne pas l'inquiéter. Mais il décide toute fois de monter la garde le soir devant sa maison avec Lydia. Pendant ce temps, Stiles, qui n'a pas confiance en Théo, décide de faire des recherches. Il découvre alors que la signature du père de Théo a changé et il décide de mettre Théo sur le fait. Il décide de le suivre un soir accompagné de Liam, mais se rend compte qu'il venait simplement déposer des fleurs pour sa sœur, morte il y a 8 ans dans un accident de voiture. Ils font alors demi-tour mais Théo les surprend en train de l'observer. Stiles lui explique alors l'objet de ses suspicion. Plus tard Liam est obligé de se transformer devant son ami Mason (qui avait des soupçons aux sujet de certaines créatures surnaturelles) pour faire fuir un loup qui n'est autre que Théo, Pendant ce temps là, Parrish et Lydia surveillent la maison de Tracy mais rien ne bouge. Pourtant on découvre que Tracy qui sortie sans que Parrish s'en rende compte,se trouve chez les Docteurs et se transforme en loup-garou et Lydia se rend compte que Tracy est obligée de tuer. Théo lui, parle à ses faux parents du problème avec les signatures et casse le bras de celui qui joue le rôle de son père pour que celui-ci donne une explication à ce changement de signature, ils sont contraints de jouer ce rôle de parent par Théo.

Donovan va être conduit en prison mais le conducteur fait une crise cardiaque. Le père de Tracy essaye de freiner et il y arrive. Tracy apparaît à côté de la voiture et tue de sang-froid le conducteur. Donovan s'enfuit de peur et les deux officiers se font tuer. Le père de Tracy sort de la voiture et sa fille le tue. Donovan tombe et rencontre les Docteurs qui lui introduisent une perceuse dans l'oreille : Donovan a une substence blanche qui recouvre ses yeux. Stiles a trouvé une photo de ce qu'a fait le loup du désert grâce a Braeden. Pendant ce temps, Lydia et Kira apprennent à Malia à conduire mais ses souvenirs de l'accident la hante et refont surface, ce qui fait perdre le contrôle de Malia quand elle roule mais celle-ci se ressaisit vite. Elles se rendent au lycée car Stiles leur a demandé, mais Lydia laisse la banshee parler et retrouve le massacre de Tracy. Stiles et Scott se rendent sur les lieux : Stiles pense que Donovan a tué son avocat et les officiers. Le shérif demande a Scott d'essayer de retrouver Donovan. Scott le retrouve complètement paniqué en répétant un nom, Tracy et Lydia dit Tracy Stewart. Stiles montre la photo à Malia. Scott, en cours, voit Liam qui lui dit que Tracy est en cours d'histoire au lycée. Tracy croit voir les docteurs : elle sert le bras d'une fille et Tracy tombe par terre et de la matière grise sort de sa bouche. Scott l'emmène chez Deaton et Stiles croit savoir ce qu'elle est, quand soudain une queue sort de son dos et elle les touche tous, ce qui les paralyse. Il s'avère que Tracy est un Kanima. Liam, Mason et Brett recherchent le trou où Tracy était enfermée mais, à la place de cela, ils découvrent un autre trou. Tracy tue tous ceux qui ont voulu l'aider et Lydia croit que la prochaine cible est sa mère. Tracy blesse gravement Lydia, et Kira révèle son apparence de renard et coupe la queue de Tracy. Celle-ci poursuit la mère de Lydia. Malia hésite à tuer Tracy mais ne le fait pas, cette dernière se fait alors tuer par les Docteurs.

Parrish se souvient d'une de ses conversations avec Lydia : il lui parle d'un rêve qu'il fait depuis six mois dans lequel il porte un corps pour le déposer sur un arbre gigantesque. Lydia lui révèle que l'arbre existe réellement: c'est le Néméton, et que c'est ce même arbre qui l'a attiré ici. Cependant, Parrish ne révèle pas à Lydia la fin du rêve dans lequel il dépose le corps tandis que du feu apparaît sur la majeure partie de son corps. Il y a alors une dizaine de cadavres près du Néméton.

Donovan agresse Stiles, qui finit par s'enfuir dans le lycée. Un combat va les fait s'affronter dans la bibliothèque, et Donovan se fait transpercer. Il meurt sur le coup. Stiles, sous le choc, essaye de joindre la police, et quand ces derniers arrivent, Stiles attend dehors, en cachette. Il apprend que les policiers n'ont pas trouvé de corps, et il décide alors de retourner à l'intérieur, où, en effet, le corps de Donovan a disparu. Pendant ce temps, Scott et Kira dorment, quand Scott entend Kira prononcer des paroles japonaises. Il reçoit alors l'alerte de la clinique, et il y va, accompagné de Kira. Stiles rentre chez lui et reçoit un appel de Scott lui avouant que quelqu'un vole les corps. Il ne dira rien à propos de Donovan. Il s'agit en fait de Parrish, qui vole les corps (Tracy dans la clinique, Donovan dans l'école) pour les brûler sur le Néméton. Le lendemain, Scott et Kira photocopient le livre des redoutables docteurs pour pouvoir le lire, et lorsque Scott sort de la bibliothèque, il sent une odeur de sang, vite estompée. Scott donne un exemplaire à Théo qui va découvrir sur la page des renseignements le nom du docteur Valack. Scott avoue le connaître, Théo quand à lui se retrouve avec les docteurs, leur affirmant que le livre a fonctionné tout en leur signalant que Scott, Kira et Lydia vont aller a Eichen House le voir. Lydia va voir Stiles et lui interdit de venir avec eux, mais il n'en fera qu'à sa tête. Malgré cela, la douleur sur l'épaule que Donovan lui avait faîte s’amplifie. Kira va demander à Scott de la regarder avec ses yeux de loup, et il verra le Kitsune autour d'elle. Devant Eichen House, Scott et Stiles vont parler, et Scott va dire à son meilleur ami ce qu'il pense à propos de Kira. Le portail va s'ouvrir, et ils vont entrer. Après avoir passé l'accueil, un gardien va les mener jusqu'au docteur Valack. Mais Scott et KIra ne pourront pas aller plus loin, du sorbier ayant été glissé dans les fondations du bâtiment. Entre temps, dans une cellule, Stiles verra Donovan à travers le Sluagh, une créature montrant les âmes perdues. Lydia et Stiles vont parler au docteur qui leur affirme que cette histoire s'est déjà produite. Il leur conseille de lire le livre pour se souvenir des docteurs, mais le docteur Valack demande à Lydia quelque chose en échange : son cri de Banshee. Lydia lui remet l'enregistreur, et demande comment ils pourraient les vaincre. De son côté, Kira s'effondre après avoir reçu plusieurs éclairs mais quand Scott la touche, il se retrouve foudroyé. À l'accueil, les docteurs arrivent et tuent toutes les personnes présentes sur leur route. Scott les voit et attrape Kira, malgré les brûlures qui apparaîtront durant sa sortie d'Eichen House. Lydia et Stiles se cachent pendant que les docteurs arrachent le troisième oeil du docteur Valack. Ils finissent par partir tout en laissant Valack vivant, celui-ci profitera de l'enregistrement de Lydia pour casser la vitre qui le retenait prisonnier. Pendant tout ce temps, Malia s'est rapprochée de Théo, qui va l'aider à conduire. Mais Malia, étant la seule à avoir lu le livre, va revoir son accident et comprendra qu'une personne leur avait tiré dessus : la louve du Désert, c'est-à-dire la mère de Malia.

Le shérif Stilinski découvre huit grands trous sur le terrain de crosse, ce qui suggère que les Dread Doctors ont créé huit nouvelles chimères. Parrish commence à enseigner à Lydia la façon de se battre. Liam tente de faire des choses à Hayden...

Les plans de Scott pour protéger de nouvelles victimes échouent lorsque les docteurs s'en mêlent. Les docteurs enlèvent Liam et Hayden. Melissa retrouve une chimère morte dans sa maison...

Scott et Malia tentent de secourir leurs amis tenus captifs. Deaton fait une horrible découverte concernant les docteurs. Kira décide de quitter Beacon Hills...

Scott se tourne vers Theo qui lui fait des révélations sur Stiles. Stiles et Lydia essayent de couvrir Parrish et de le protéger...

Scott et sa bande doivent affronter leur plus grand ennemi. Theo révèle sa vraie nature et déchaine sa violence. Hayden est très faible mais Melissa tente de la soigner. Stiles est face à un dilemme...

Scott et sa bande doivent faire face à l'arrivée de nouveaux ennemis. Chris Argent, le père d'Allison, revient à Beacon Hills pour leur prêter main forte.

Hayden et Liam sont attaqués par une créature d'ombre massive, qu'identifie Scott plus tard comme la dernière chimère des "Docteurs". Scott et Stiles parviennent à se réconcilier et commencent à enquêter sur la créature, tandis que Theo entraîne sa nouvelle meute de chimères. Malia et Braeden découvrent que la Louve du Désert est en chemin pour Beacon Hills, et qu'elle a Deaton en otage avec elle. Lydia fait un rêve dans lequel Meredith apparaît, et lui promet de lui apprendre à contrôler ses pouvoirs de banshee. Scott et Stiles sont confrontés à Theo et sa meute lors de leur recherche de la dernière chimère. Scott domine facilement Tracy, Josh et Corey, mais Theo les rappellent alors et raconte à Scott qu'ils doivent être du même côté pour vaincre la dernière chimère. Scott et Stiles en déduisent que le monstre est une ancienne créature surnaturelle qui a été recréée par les Docteurs, et décident qu'ils ont besoin de réunir leur propre meute, en commençant par Kira. Chris rend visite à Gérard, le guérit et l'interroge à propos de la dernière chimère. Gérard révèle que la créature est la Bête du Gévaudan. Kira et sa mère sont dans un désert, et sont confrontés à un trio de Changeurs de Peau.

Theo et Tracy sont confrontés aux « Docteurs » et à la Bête, après que Theo a révélé que les Docteurs tentent d'aider la Bête à se souvenir de son passé afin de libérer toute sa puissance. Pendant ce temps, les Skinwalkers informent Kira et Noshiko qu'ils ont l'intention de tester Kira pour voir si elle peut apprendre à se contrôler. Sinon, ils menacent de la transformer en Skinwalker.

Scott et Stiles partent à la recherche de Kira et ils se réconcilient peu à peu le long du chemin. Au cours de leur discussion, Scott comprend que Malia a l'intention de tuer sa mère, la Louve du Désert. À Eichen House, Meredith continue d'enseigner à Lydia comment utiliser ses pouvoirs de Banshee.

Le test de Kira commence, quand les Skinwalkers convoque un Oni pour qu'elle l'affronte. Toutefois, le renard intérieur de Kira prend le contrôle et détruit l'Oni. Ayant échoué le test, les Skinwalkers tentent de forcer Kira à rester, mais Scott et Stiles arrivent à temps pour qu'elle et Noshiko soit secourues. Scott et Kira se remettent ensemble alors qu'ils retournent à Beacon Hills. Liam et Mason disent alors à Scott qu'ils ont appris que Theo essaie de trouver un Alpha aveugle et Scott se rend compte que Theo est à la recherche de Deucalion.

Chris et Gérard trouvent de nombreux cadavres dans les égouts, tous des victimes de la Bête. Scott et Liam découvrent le repaire souterrain des Docteurs, où ils se retrouvent avec Chris et Gerard et découvrent une peinture dans l'antre des Docteurs qui dépeint une bataille entre la Bête et un Hellhound. Gérard et Chris aident Parrish à découvrir sa vraie nature. Malia, Braeden et Theo traquent La Louve du Désert et trouvent Deaton, mais Theo trahi Malia pour La Louve du Désert en échange des griffes de Belasko. La Louve du Désert révèle qu'elle veut tuer Malia parce qu'elle a perdu une partie de sa puissance quand elle lui a donné naissance et qu'elle a l'intention de résorber son pouvoir en prenant le sien. Cependant, la Bête apparaît et les attaques, Malia, Braeden et Deaton parviennent à s'échapper. Lydia prend le contrôle de ses pouvoirs de Banshee et tente de s'échapper d'Eichen House, mais elle n'y parvient pas.

Theo et sa meute ont capturé Deucalion, qui a perdu la vue à nouveau, il en déduit que Theo veut son aide pour voler les pouvoirs de la Bête et exige les yeux de Scott en échange. Scott et ses amis réunissent la meute et commencent à planifier un plan pour sortir Lydia d'Eichen House.

Alors que la Bête se déchaîne à travers Beacon Hills, Parrish tente de l'arrêter en utilisant son pouvoir de Hellhound, mais il est facilement défait. Deaton avertit Scott et Stiles que si le Dr Valack a foré un trou dans le crâne de Lydia pour amplifier ses pouvoirs, la réaction en chaîne risquerait de la tuer et de déclencher un cri suralimenté appelé « cri de mort » qui tue tout le monde autour d'elle. Pour éviter cela, Scott et sa meute élabore un plan pour faire sortir Lydia d'Eichen House. Scott, Stiles et Liam infiltrent Eichen House avec l'aide de Parrish, tandis que Malia et Kira entrent dans la salle électrique afin de baisser temporairement le pouvoir de l'immeuble. Deucalion informe Hayden que Theo a l'intention d'utiliser les griffes de Belasko pour absorber la puissance de la Bête, mais il l'avertit que si Theo attache les griffes de Belasko sur lui, cela le tuera.

À Eichen House, Scott et Liam parviennent à faire entrer Stiles dans l'aile fermée, où les créatures surnaturelles ne peuvent pas entrer en raison d'une barrière de sorbier. Stiles retrouve Lydia, mais découvre que Valack a déjà effectué l'opération sur elle et est obligé de se cacher quand ce dernier arrive pour l'interroger. Cependant, Theo et sa meute arrivent également dans l'aile fermée où il compte utiliser Lydia pour trouver le Hellhound. Parrish, qui s'est transformé en Hellhound, confronte la meute de Theo, quand Eichen House se verrouille, piégeant tout le monde à l'intérieur.

Parrish sort la nuit et est suivi par Scott, Stiles et Liam car ils veulent tous (ainsi que Parrish) savoir ce qu'il fait quand il quitte son lit inconscient. Ils le suivent jusqu'au lycée où ils découvrent que la Bête a encore massacré des gens mais aussi qu'elle devient plus intelligente car elle essaie de leur tendre un piège. Mais Parrish arrive et s'enfuie en pourchassant la Bête.

Alors que Parrish décide de quitter Beacon Hills, se considérant comme trop dangereux. Chris et Gérard raconte à Lydia l'histoire de Marie-Jeanne Valet, le premier chasseur de loup-garou, mais également la femme qui a tué la première Bête du Gévaudan.

Avec l'aide de ses alliés, y compris un homme nommé Henri Argent, elle a traqué et tué la Bête, qui s'est révélé être son frère Sébastien. Marie-Jeanne épousa plus tard Henri et pris son nom de famille. Gerard suggère alors que Lydia pourrait être en mesure de vaincre la Bête, mais cette dernière insiste sur le fait qu'ils ont besoin de Parrish et elle part donc pour le retrouver. Pendant ce temps, Scott s'attaque à la Bête au lycée, tandis que Stiles et Hayden parviennent à guérir Liam de ses blessures. Scott combat la Bête dans la bibliothèque de l'école, après s'être transformé devant de nombreux étudiants, et perd jusqu'à ce que Liam, Malia et Braeden viennent l'aider. À eux quatre, ils parviennent à conduire la Bête hors de l'école, et Scott suit son odeur jusqu'à une voiture où ils trouvent une paire de baskets ensanglanté. Mason se manifeste alors et révèle que cette voiture est la sienne, et Scott et Liam se rendent compte que Mason est la forme humaine de la Bête. Mais avant que l'un d'eux puissent faire quoi que ce soit, Corey apparaît et fait disparaître Mason.

Mason est enlevé par les "Docteurs". Lydia et le Shérif Stilinski persuadent tout les deux Parrish de rester à Beacon Hills et de lutter contre la Bête. Deucalion révèle qu'il aurait pu s'échapper à tout moment, et conseille Theo sur ce qu'il faut faire pour absorber le pouvoir de la Bête. Theo tue alors Josh et absorbe son pouvoir, lui permettant ainsi de porter le casque afin de discerner l'identité de la bête, cependant, il ne voit pas Mason, mais quelqu'un d'autre.

Scott, Liam et Theo doivent faire équipe afin de retrouver Mason qui se trouve dans le repaire des "Docteurs", mais ils sont acculés par ces derniers. Malia et Braeden sont confrontés à La Louve du Désert dans la maison de Scott, Cette dernière parvient à passer la barrière de sorbier, mais Braeden recrée la barrière et piège La Louve du Désert dans la maison avec Malia. Kira retourne dans le désert et demande l'aide des Skinwalkers. Les "Docteurs" accablent facilement Scott, Liam et Theo, mais Mason se transforme alors naturellement en Bête. La Bête tue alors les "Docteurs", juste avant que Parrish, Chris et Gérard n'arrivent et se joignent à la lutte. La Bête retrouve sa forme humaine, mais se transforme en Sebastien à la place de Mason.

Sebastien se lance à la recherche de la canne des Docteurs, que Gérard révèle comme étant la lance que Marie-Jeanne a utilisé pour tuer la première Bête. Il est par ailleurs révélé que l'un des Docteurs était en fait Marcel, le vieil ami de Sebastien. Ce dernier meurt alors après avoir révélé à Sebastien que les Argent détenaient la lance. Theo, blessé par la Bête, tue Tracy et prend son pouvoir. Sebastien se rend au bureau du shérif, menace le shérif dans le but de trouver les Argent et blesse Lydia et Hayden qui se trouvaient là. Deaton révèle qu'une partie de Mason est toujours à l'intérieur de Sebastien, et que Lydia est la réponse pour le sauver.

Alors que Theo tente de prendre le pouvoir de Sebastien, il est rapidement défait et Deucalion se révèle alors être un agent double qui travaille avec Scott depuis le début dans le but d'empêcher Theo de tuer la Bête et par conséquent, Mason. Malia utilise les serres de Belasko amené par Stiles pour enlever ce qui reste de la puissance de la Louve du Désert afin de la vaincre définitivement. Parrish, Chris, Scott et Liam se battent contre Sebastien mais perdent, jusqu'à ce que Kira revienne et amène Lydia jusqu'à la Bête. Lydia crie le nom de Mason, le séparant de la Bête. Parrish parvient à attraper la Bête et Scott l'empale avec la canne, ce qui la détruit définitivement. Mais Theo, furieux, attaque la meute. Kira parvient alors à utiliser les pouvoirs des Skinwalkers et ouvre la terre afin d'appeler la défunte sœur de Theo, qui l'entraîne dans le trou avant qu'il ne disparaisse.

Plus tard, Scott transforme Hayden en un véritable loup-garou. Stiles décide de devenir un policier comme son père afin d'aider les gens et Kira reste avec les Skinwalkers afin d'apprendre à contrôler son esprit de renard. Toutefois, ils découvrent ensuite que le dernier sujet de test des Docteurs, un loup-garou alpha nazi, s'est échappé du laboratoire...