Derek e Isaac buscam Erica e Boyd.

allison e Lydia localizam uma possível pista para encontrar Boyd e Erica. Enquanto isso, um dos amigos de infância de Stiles desaparece.

Boyd e Cora estão sob a influência da lua cheia. Ao mesmo tempo, Scott e Derek buscam a ajuda de um aliado inesperado.

Enquanto Scott tenta evitar que Isaac se envolva em um confronto mortal contra os gêmeos na escola, Stiles quer provar sua teoria de que as mortes nada têm a ver com os lobisomens.

Durante uma viagem ao interior, Scott e seus amigos relembram em flashback os eventos trazidos por um ataque contra os Alphas, o qual deixou vários feridos e possivelmente um ou mais mortos.

Presos em um hotel durante a noite por causa da reunião adiada, Scott e os outros sofrem com estranhas experiências que fazem com que eles acreditem que membros do próprio grupo possam ser os novos alvos do assassino misterioso.

O perigo se aproxima de Scott, algo que ameaça seu mentor e chefe. Ao mesmo tempo, Deaton, Kali e os gêmeos vão atrás de Derek.

Allison começa a suspeitar que alguém próximo a ela pode estar envolvido nos assassinatos. Enquanto isso, Scott e Stiles concluem que os talentos recém-descobertos de Lydia podem ser a melhor aposta para resolver o caso.

Presos dentro do hospital Beacon Hills por causa de uma poderosa tempestade, Scott e Derek precisam se defender dos Alphas, ao mesmo tempo em que tentam encontrar uma forma de salvar a vida de Cora.

Com a ameaça se tornando cada vez mais pessoal e o tempo se esgotando para vidas inocentes, Scott é forçado a tomar uma difícil decisão na tentativa de salvar tanto os amigos quanto a família. Ao mesmo tempo, Derek e Peter tentam encontrar uma forma de salvar a vida de Cora.

Através de um conselho de Deaton, Scott e seus amigos usam um ritual antigo e extremamente perigoso para salvar tanto as vidas das pessoas que amam quanto para parar Deucalion de atingir seu objetivo sinistro.

Scott, Stiles e Allison sofrem os efeitos colaterais do ritual de sacrifício. Enquanto isso, o xerife Stilinski vasculha casos antigos.

Scott e seus amigos correm contra o tempo para descobrir como capturar o werecoyote antes que ele seja abatido. Enquanto isso, Derek e Peter são libertados do cativeiro por um aliado inesperado.

Quando um assassino condenado escapa antes de uma cirurgia, Scott e seus amigos tentam ajudar o seu alvo.

Beacon Hills está sob o toque de recolher com o apagão. Os adolescentes tentam fazer uma festa de Halloween com luz negra. Scott tenta ganhar a confiança de Kira.

Os amigos de Scott protegem o alfa de um inimigo hostil.

Stiles desaparece. Scott e os outros saem em uma busca dele. Lydia tenta dominar suas novas habilidades.

Scott e os outros tentam prevenir um desastre. Lydia e Allison procuram um professor que ninguém pensaria que elas procurariam.

Scott e os outros procuram um importante artefato. Enquanto isso, Stiles deve tomar uma decisão sobre a Eichen House.

Uma pista importante é revelada na história de um campo de internamento militar da Segunda Guerra Mundial. O papel de Kira se torna ainda mais crucial, ao mesmo tempo em que ela descobre habilidades diferentes.

Scott e Lydia combinam suas habilidades na tentativa de ganharem vantagem. O futuro de Stillinski será decidido por um comitê de revisão.

Kira enfrenta um inimigo inesperado.

Neste fim de temporada, Scott e Derek chamam seus amigos e aliados para uma última resistência.