Ein neues Rudel richtet Chaos in Scotts Leben an. Unterdessen versuchen Derek und Isaac, Erica und Boyd zu finden.

Scott zieht in den Kampf gegen das neue Alpha-Rudel, während Allison und Lydia einen möglichen Hinweis für den Verbleib von Boyd und Erica finden. Einer von Stiles' Freunden aus Jugendtagen wird vermisst und das Alpha-Rudel sucht Rat bei Peter. Nachdem das Alpha-Rudel einen Werwolfjäger getötet hat, beginnen diese mit der Anwerbung neuer Rekruten.

Boyd und Cora müssen mit den Auswirkungen des Vollmonds zurechtkommen, während Scott und Derek die Hilfe eines unwahrscheinlichen Freundes erbitten.

Scott versucht Isaac davon abzuhalten, die Zwillinge auf dem Schulgelände zu konfrontieren. Stiles will derweil unbedingt beweisen, dass seine Theorie über die Morde richtig ist.

Derek beschließt, sich mit dem Alpha Pack anzulegen, doch dafür will er Scotts Hilfe.

Scott und der Rest stranden nachts in einem Motel, weil das geplante Treffen verlegt wurde. Dabei machen sie überaus seltsame Erfahrungen, die sie glauben lassen, Mitglieder ihrer eigenen Gruppe könnten die neuesten Ziele eines mysteriösen Mörders sein.

Die Gefahr für Scott wird immer größer, als sein vertrauter Mentor und Vorgesetzter bedroht wird. Daraufhin machen sich Deaton, Kali und die Zwillinge Aidan und Ethan auf die Suche nach Derek.

Auf der Suche nach Antworten lauschen Scott, Allison und Stiles den Geschichten zweier unerwarteter Erzähler. Dabei wird ihnen das Geheimnis um die Augenfarbe der Werwölfe offenbart.

Allison beginnt, jemanden ihr nahestendes der Morde zu verdächtigen, als Scott und Stiles beschließen, Lydia wegen ihrer gesteigerten Fähigkeiten in die Lösung der Mordfälle einzubeziehen.

Scott und Derek sind von einem gewaltigen Sturm in einem evakuierten Krankenhaus in Beacon Hills eingeschlossen. Dabei müssen sie sich gegen die Alphas verteidigen und gleichzeitig herausfinden, wie sie Coras Leben retten können.

Die Bedrohung wird immer größer und persönlicher und die Zeit für die voraussichtlichen Opfer immer kürzer. Scott sieht sich also gezwungen, eine schwierige Entscheidung zu treffen, um sowohl Freunde als auch Familie zu retten. Gleichzeitig versuchen Derek und Peter weiterhin, Coras Leben zu retten.

Deatons Ratschlag folgend setzen Scott und seine Freunde ein altes und sehr gefährliches Ritual ein, um die Leben ihrer Nächsten zu retten und Deucalion von der Erfüllung seines grausamen Plans abzuhalten.

Scott, Stiles und Allison haben mit den Nebenwirkungen des Opferrituals zu kämpfen, während Sheriff Stilinski sich durch einen Haufen alter Akten wühlt.

Als ein verurteilter Mörder kurz vor einer Operation entfliehen kann, versuchen Scott und seine Freunde der Zielperson des Flüchtlings bei der Suche nach dem Sträfling behilflich zu sein.

Während in Beacon Hills aufgrund eines Stomausfalls Ausgangssperre herrscht, veranstalten die Jugendlichen eine Halloween-Party. Scott versucht derweil Kiras Vertrauen zu gewinnen.

Scotts Freunde versprechen ihm, dass sie ihn vor dem immer gefährlicher werdenden Feind beschützen werden, während Argent, Isaac und Allison auf der Suche nach Antworten sind und dafür einen alten Widersacher der Yakuza befragen. Derweil bittet Stiles Melissa um deren Hilfe, um herauszufinden, was mit ihm nicht stimmt.

Stiles wird vermisst, also machen sich Scott und der Rest auf die Suche nach ihm. Lydia versucht derweil, mit ihren neuen Fähigkeiten zurechtzukommen.

Scott und die anderen versuchen, eine Katastrophe zu verhindern. Lydia und Allison suchen unterdessen die Hilfe eines ungewöhnlichen Lehrers.

Scott und seine Freunde suchen nach einem wichtigen japanischen Artefakt, während Stiles einer schwierigen Entscheidung entgegensieht.

Kira findet heraus, dass auch sie über übernatürliche Kräfte verfügt.

Scott und Lydia machen gemeinsame Sache, während Stilinski sich den harten Fragen eines Untersuchungsausschusses stellen muss.

Kira muss sich mit einem unerwarteten Gegenspieler auseinandersetzen.

Im Staffelfinale verbünden sich Scott, Derek und ihre sonstigen Alliierten ein letztes Mal gegen die Mächte des Bösen.