Jackson è stato morso e potrebbe essere stato Derek. Il padre di Allison le proibisce di stare con Scott ma i due si vedono in segreto. All'ospedale Lydia, finalmente sveglia, scompare dopo una terribile allucinazione nella doccia. Scott e Stiles cercano di rintracciarla usando il suo odore. Isaac, un teenager che subisce degli abusi da parte di suo padre, viene attaccato mentre sta lavorando nel cimitero di suo padre e Derek lo salva. Jackson comincia a sanguinare del liquido di colore nero e Derek è sorpreso nello scoprire che il suo corpo sta resistendo al morso. Scott viene attaccato da un altro lupo, mentre Lydia viene ritrovata. Derek costringe Scott ad assistere all'uccisione del lupo da parte di Gerard, nonostante il lupo protesti che non ha fatto del male a nessuno. Chris ricorda a suo padre del codice, ma Gerard risponde che il codice è stato infranto quando l'ultimo Alfa ha ucciso Kate.

Una tragedia colpisce il gruppo quando il padre di Isaac viene assegnato proprio la notte prima della luna piena.

Lo shape-shifter continua a compiere i suoi omicidi mentre Scott cerca di convincere Allison a recuperare un libro raro nella collezione di Gerard.

Derek è convinto che Lydia sia lo shape-shifter responsabile degli omicidi e chiede aiuto a Scott per provare la sua teoria.

Scott e Stiles scoprono nuove prove in merito allo shape-shifter. Nel frattempo Allison riceve un compito dalla sua famiglia.

Il mutaforme attacca una coppia nei boschi uccidendo l'uomo, ma la donna rimane in vita dopo che il Kanima si accorge che è incinta. Allison cerca di avere delle risposte da Jackson sui suoi genitori naturail, ma lui le risponde minacciandola. Scott e Jackson litigano e vengono fermati da Erica e Stiles. Erica informa Scott e Stiles che i genitori di Jackson sono stati uccisi in un incidente d'auto il 14 giugno. Stiles svela che Jackson è nato il 15, fatto nascere dal corpo senza vita di sua madre. Jackson si trasforma, ferendo Matt e Erica e lascia un avvertimento dal suo Maestro. Erica ha una convulsione per via del veleno del mutaforme e Scott e Stiles corrono da Derek. Scott decide di entrare nel branco di Derek per catturare Jackson e il suo Maestro. Lydia incontra uno strano ragazzo che si svela essere una versione più giovane di Peter Hale e si rende conto che Peter ha comunicato con lei attraverso le allucinazioni. La donna incinta partorisce all'ospedale ma viene presto uccisa da un uomo incappucciato.

Stiles e lo sceriffo Stilinski si rendono conto che c'è un disegno negli omicidi, tutte le vittime sono state nella classe del 2006 con il signor Harris. Allison svela a Chris che Jackson è il mutafore e i cacciatori si preparano ad ucciderlo. Lo sceriffo viene licenziato per via delle azioni di Stiles. Scott, Isaac e Erica cercano di fermare Jackson che si è infiltrato in un rave per trovare la sua prossima vittima. Stiles sta spargendo della cenere particolare che fà da barriera agli elementi sovrannaturali. Derek e Boyd si confrontano con i cacciatori per evitare che interferiscano con il loro piano. Scott viene attaccato da Victoria, Isaac e Erica drogano Jackson e i due si uniscono a Stiles per interrogare il suo Maestro che parla attraverso Jackson. Derek percepisce che Scott è in grave pericolo e corre in suo aiuto: ingaggia una lotta con la madre di Allison e la morde.

Gerard ammonisce suo figlio circa il destino che attende sua moglie: è stata morsa da un Alpha e quindi, per la famiglia, è come se fosse già morta. Occorre perciò prendere l'unica decisione possibile. I lupi di Derek si stanno intanto preparando alla loro prima trasformazione con la luna piena e Derek li tiene sotto chiave per osservarli e tenerli al sicuro. La relazione tra Scott e Allison non va bene a causa del fatto che devono mantenerla segreta. Intanto inizia la festa di compleanno di Lydia, alla quale partecipano tutti i ragazzi. Durante la festa accade qualcosa di strano a chi beve il cocktail preparato da Lydia, la quale poi raggiunge Derek e gli prepara una "sorpresa" non proprio carina....

Matt è testimone della trasformazione di Jackson: poi scopriremo che è proprio Matt il "burattinaio" della Creatura, la quale non fa che uccidere le persone che Matt vuole morte. Gli Argent, intanto, guidati ora da Allison, decidono di uccidere Derek per vendicare la morte di Victoria. Sarà una lotta sanguinosa, durante cui la madre di Scott scoprirà la natura del figlio, e che avrà un finale davvero sorprendente.

Siamo alle battute finali nello scontro tra Gerard, che vuole Derek e possiede il controllo del Kanima "vendicatore", e Scott, che si trova ricattato da lui: o consegnerà Derek a Gerard, o le persone che ama moriranno. Sede dello scontro è la partita di lacrosse, mentre anche Allison fa la sua parte con ferocia inaspettata e la partita, grazie ad un sorprendente Stiles, sarà un successo. Non così, purtroppo, il finale...

Il tempo scorre in fretta e Scott cerca di scoprire il piano di Gerard e del suo Maestro. Intanto una tragica morte colpisce il campus.