The Guardians of the Galaxy land on Earth to repair their ship at the same time ex-Nova Corps member Titus leads the Chitauri into targeting Nova's helmet. Now Spider-Man and Nova must work with the Guardians of the Galaxy to defeat Titus and the Chitauri.

Spider-Man's dream of joining the Avengers becomes a nightmare when Loki switches bodies with the web-slinger, turning his new teammates against him. Spider-Man and his friends team up with the Avengers to stop Loki and Doctor Octopus from destroying New York City with an army of Venomized monsters.

While trying to become a crime fighter, Flash Thompson gets permanently bonded with Venom. It's up to Spider-Man to rescue his one-time school bully from the attentions of Venom, Beetle and Taskmaster. In the end, Nick Fury decides to give Spider-Man his list of teenaged superheroes.

Spider-Man ayuda a una chica llamada Daga quién busca a su compañero llamado Capa, de ser amenazado y controlado por un ser diabólico llamado Dormammu, que capturó no solo a Capa, sino a sus compañeros White Tiger y Puño de Hierro, y también al Dr. Extraño quienes pedían su ayuda y le da a Spider-Man su amuleto ojo místico dándole poderes de él. Al encontrarlos, los liberan del control de Dormammu (Daga les dio una nueva apariencia de los trajes de White Tiger y Puño de Hierro) y al derrotarlo, Spider-Man quiere reclutar a Capa y Daga como nuevos miembros de su equipo de S.H.I.E.L.D., pero ambos están debido a su alineación leal en secreto con el Supervisor.

Mientras que Peter muestra la armadura de la Araña de Hierro hecha en Industrias Stark, a sus compañeros de clase en la feria de ciencias de su escuela para la caridad, un intelectual de 13 años, su rival, Amadeus Cho también está observando el traje y tras una serie de eventos, alcanza y perfectamente opera la armadura Araña de Hierro en hacer a Spider-Man aún más envidia de Cho (teniendo en cuenta que nunca pudo controlar la armadura que así, para empezar).

Una criatura que se hace llamar el Buitre está causando problemas. Spider-Man intenta atraparlo, que una vez fue un sujeto de prueba del Doctor Octopus y se va donde Harry Osborn para obtener información sobre su pasado. Después le impide asesinar a Harry y convenciéndole de que su amigo es inocente de lo que le ocurrió, Spidey trata de ayudar al Buitre de asistir en la recuperación de su memoria mediante la liberación del Doctor Octopus desde su celda en busca de respuestas.

Spider-Man viaja a La Tierra Salvaje de la Antártica con Wolverine para hallar a un nuevo héroe, Ka-Zar. Las cosas se complican a causa del plan de Supervisor y Kraven, que buscan a Ka-Zar y Zabu, su mascota tigre dientes de sable (un hermano para él), que fue capturado por su cuenta. Pero luego, Kraven le inyectó veneno a Spider-Man convirtiéndose en un monstruo arácnido, lo cuál tuvieron que improvisar para curarlo antes de perseguir al Supervisor y Kraven, para salvar a Zabu (Kraven intenta sacrificarlo para un ritual de la inmortalidad).

The cast of "Jessie" gets animated in this special crossover episode that finds the Manhattan nanny in possession of a medieval sword coveted by the infamous Morgan Le Fey. Jessie and Spider-Man team up to save Halloween and the world from Le Fay's evil plans.

Ahora que los otros jóvenes héroes se han reunido, Spider-Man debe conducirlos a la defensa del Tri-Carrier de los Thunderbolts (que consisten en Supervisor, Buitre y Capa y Daga) donde lograron liberar al Duende Verde, el Doctor Octopus, Escarabajo y Escorpión de sus celdas. Pero, después de la batalla, solamente 2 del Supervisor, Capa y Daga se unieron a Spider-Man de haber salvado a uno de ellos y descubrir la verdad. Pero al vencer a los villanos, el Duende Verde escapa, llevándose un objeto mágico (que Dormmamu lo usaba para ir a varios universos, cuando Spider-Man lo obtuvo y dándoselo a S.H.I.E.L.D.).

Spider-Man se entera de que el Duende Verde está planeando viajar a través del Spider-Verse, usando el Sitio Peligroso que le robó a S.H.I.E.L.D. y con la energía de Electro para recoger el ADN de otros Spider-Men. Spider-Man sigue a su enemigo en el mundo futurista de Marvel 2099 (que se dibuja en CGI) y ayuda a aumentar la confianza del Spider-Man 2099. Luego viaja a un universo intercambiado en el género y se une a Spider-Girl para derrotar a su versión femenina del Duende Verde.

Mientras que persigue al Duende Verde en todo el multiverso, Spider-Man llega en el universo Marvel Noir donde conoce a Spider-Man Noir que lo ayuda a renovar su amistad con Mary Jane. Entonces Spider-Man se dirige a un mundo de dibujos animados habitado por animales antropomorfos donde anima a Peter Porker de no dejar de ser un superhéroe y lo ayuda a recuperar su voluntad de convertirse en Spider-Ham.

Como Spider-Man sigue persiguiendo al Duende Verde en todo el Multiverso, aterriza en un mundo medieval, con base en donde ayuda a Spider-Knight de acabar con el Alquimista (la versión medieval del Doctor Octopus) y su creación Kraken para salvar York. Entonces, su última parada antes de volver a casa va a una versión alternativa del Universo Ultimate donde ayuda a Miles Morales como el nuevo Spider-Man de superar la culpa de no poder salvar al Peter Parker de su mundo, en su muerte y lucha contra el Ultimate Duende Verde. Pero luego, el Duende Verde también descubrirá la verdad de Spider-Man.

Después de que Spider-Man finalmente termina en su propio universo, se encuentra con el Duende Verde (que descubrió la identidad de Spider-Man) que se ha inyectado a sí mismo con el ADN de los Spider-Men de todos los universos para convertirse en el Duende Araña. Pero con la ayuda de Electro en el Sitio Peligroso, convoca a todos los Spider-Men de sus universos para ayudar a Spider-Man, formando la Red de Guerreros para luchar contra el Duende Araña, incluso cuando Electro planea destruirlo. Después de volverlo a la normalidad, Electro sale libre convirtiendo el antiguo Helicarrier en un gigantesco robot estando adentro para destruir la ciudad de Nueva York, lo cuál, la Red de Guerreros también deberán detenerlo.

La Academia S.H.I.E.L.D. se ha abierto en el Triskelion por Nick Fury, como Spider-Man y todo su equipo consiguen su educación del señor Robert Frank y otros profesores invitados como el Capitán América y Hawkeye. A mitad de camino en su educación, Spider-Man y Araña de Hierro, sin saberlo, reactivan a un viejo villano de la Segunda Guerra Mundial llamado Arnim Zola.

Cuando Rhino se entera de que su archienemigo Flash se ha convertido en un héroe, comienza un alboroto amarga a través de Nueva York. Ahora Spider-Man y el Agente Venom son la última línea de defensa, junto a Hulk para que los ayude. Sin embargo, Hulk y Rhino se enfrentan en batalla, y solo Spider-Man y el Agente Venom los deben detener ahora, para que no causen alborotos. Pero al estar herido, el Agente Venom, Spider-Man usa una nueva armadura, Iron Spider Hulkbuster, creada por el Dr. Connors. Al detenerlos, Spider-Man razona con Rhino para que no se sienta mal de su abuso como les paso a otros (revelándole su identidad) y que use su fuerza para el bien, y deciden reformarlo en la academia S.H.I.E.L.D., ¿será cierto?

Nick Fury ha sido infectado por versiones nanites del Doctor Octopus como Octo-bots de búsqueda. Mientras que los otros se enfrentan contra el Doctor Octopus, Spider-Man y Power Man trabajan con Ant-Man para entrar en el cuerpo de Nick Fury y detener a los Octo-bots en su búsqueda, con la ayuda de Araña de Hierro crea un submarino especial (y le da también un nuevo traje a Luke).

Ansiosos por la comida mexicana después de un entrenamiento de todo el día con Hawkeye, Spider-Man, Power Man y Chica Ardilla van a escabullirse del Triskelion después de unas horas por burritos nocturnos. En el camino, tienen que lidiar con la trampa de Mesmero de utilizar la red celular para lavar el cerebro a todos como lo hizo con Batroc El Saltador, Boomerang, Grizzly y Shocker.

Después de la pelea de Spider-Man con Molten Man, los Inhumanos han declarado la guerra a Manhattan como Nick Fury culpa al estudiante de intercambio, Tritón. Spider-Man y Tritón descubren que Maximus ha lavado el cerebro al resto de la Familia Real de Inhumanos (que consta de Black Bolt, Medusa, Gorgon, Lockjaw y Karnak) y los planes para chocar Attilan en Manhattan.

Arnim Zola regresa y ha sustituido a los compañeros héroes de Spider-Man y al personal de S.H.I.E.L.D. en el Triskelion con versiones sintezoides de ellos. ¿Quién puede confiar en Spider-Man para ayudar a salvar la Academia?

Con la mayoría de sus compañeros de estudios reemplazados por sintezoides, Spider-Man debe trabajar con el Agente Venom y Rhino para rescatar a sus compañeros de clase y derrotar a Arnim Zola.

Spider-Man, los Vengadores y los Agentes de S.M.A.S.H. luchan contra sus mayores enemigos por el destino del planeta. Al encontrar la gente de Nueva York que desapareció y un campo de fuerza alrededor de la ciudad, Spider-Man es atacado por Abominación, Escarabajo y Skurge, hasta que es salvado por un avión no tripulado familiar. Spider-Man descubre que ha sido elegido para ser el jefe de pieza de juego del Coleccionista (requiriendo su ayuda) contra su hermano, el Gran Maestro que trata de someter la Tierra y una vez más humillar a su hermano.

En el segundo juego en la ciudad, Spider-Man se une con el Capitán América, Hulk Rojo y Puño de Hierro en un juego de capturar la bandera contra el Hombre de Arena, Blastaar e Ymir. Para el tercer juego, Spider-Man se une también con Power Man, Black Widow y Skaar contra el Doctor Octopus, Hombre Absorbente y Zzzax en un juego del último equipo en pie, pero las cosas se convierten en un problema cuando el Gran Maestro empieza a cambiar el ambiente del juego, como inundar la ciudad y llenarla con tiburones.

Para el cuarto juego, Spider-Man se une al Agente Venom, Araña de Hierro y Thor contra Annihilus, Terrax y Attuma en una pelea por el metro. Furtivamente lejos de la batalla, Spider-Man obtiene algunos modelos robots LMD de S.H.I.E.L.D. y los utiliza para distraer al Gran Maestro para que él, Araña de Hierro y el Agente Venom puedan subir a la nave del Gran Maestro para salvar a los rehenes civiles. Mientras el Coleccionista convoca a A-Bomb, Hawkeye y She-Hulk a la batalla, Spider-Man, Araña de Hierro y el Agente Venom obtienen la ayuda poco probable de El Líder y M.O.D.O.K. para salvar a los rehenes civiles hasta su tía May (quién descubre la identidad secreta de Peter como Spider-Man. Flash (Agente Venom) y Amadeus (Araña de Hierro) también son conscientes de este hecho), pero ¿puede que su plan tenga éxito?

El Gran Maestro ha ganado el Concurso de Campeones y reivindica a Manhattan a los malos. Como Spider-Man libera cada superhéroe mientras que el Coleccionista se mantiene firme contra el Doctor Octopus, Skurge y el Hombre Absorbente, desafía al Gran Maestro que el ganador se lleve todo en combate, ¿puede ganar Spider-Man?