פיטר פארקר הוא נער רגיל שלומד בתיכון בניו יורק. אבל אף אחד לא יודע שהוא גם גיבור על שמסייע ללכוד פושעים מסוכנים. אף אחד מלבד ראש סוכנות המג"ן, ניק פיורי, שרוצה לגייס את פיטר לשורותיו ולעשות ממנו גיבור מקצועי.

פיטר פארקר מתלבט אם להצטרף ולהיות חלק מצוות המג"ן. הוא לא רוצה לקחת אחריות על אנשי הצוות שאין להם ניסיון שטח כמוהו. כשהקוסם, ת'נדרה וקלו מנסים לתפוס אותו, הוא מגלה שלעבודת צוות יש גם יתרונות ומחליט לקחת חלק כמוביל הקבוצה.

ספיידרמן ונובה מתחרים בינהם בכל רגע אפשרי. התחרות הזו עולה להם לראש והם גוררים זה את זה למרדף אחר הפושע מספר אחת ברשימת המבוקשים של המג"ן- דוקטור דום. בחושבו שהצליח ללכוד את דום לפני נובה, מביאו ספיידרמן לספינה המרחפת.

פיטר מנסה לקרב בין הצוות של גיבורי העל ובין הארי. הם נפגשים כולם בדירתו של הארי, אלא שלשם מגיע גם וונום- יצור שפותח במעבדתו של דוקטור אוקטוביוס. וונום מחפש גוף פונדקאי שבו יוכל להתקיים.

ספיידרמן פוגש את הגיבור שלו, איירונמן. איירונמן מפתיע אותו כשהוא נותן לו מתנה- חליפת שריון אישית מאת תעשיות סטארק. ספיידרמן המאושר לוקח אותה לטיסת מבחן בלי לדעת שלייזר מן, פושע מסוכן, השתלט על מערכת השליטה בחליפה.

החברים נבחנים לנבחרת האתלטיקה בידי המאמן החדש של בית הספר, מר יגר. הם אינם יודעים כי הוא בעצם טאסק מאסטר, פושע שיודע לסגל לעצמו כישורים של מי שהוא נלחם בו.

אם-ג'יי לוקחת איתה מצלמה כדי לתעד ריאיון עם ספיידרמן. בדרך הם נקלעים להתקפה של אנרג'י מן על מנהטן. ההאלק מסייע להם במאבק להכניע את המפלץ, ובסופו של דבר בזכות מחשבה מקורית ועבודה משותפת מצליחים ספיידרמן וההאלק לגבור עליו.

גיבור על חדש מופיע ברחובות מנהטן, וגונב את ההצגה מספיידרמן. ספיידרמן שהצטנן, נאלץ ללחום בפשע למרות הקושי, הנזלת והגיבור שעוטה שחור, שהופך להיות אהוב הקהל. רק פיטר יודע שהגיבור החדש הוא הארי, ומנסה להניא אותו מלהמשיך בזה.

מזמרו, בעל יכולות ההפנוט, מהפנט את ספיידרמן ו-וולברין. עכשיו ספיידרמן בגופו של וולברין ו-וולברין הוא ספיידרמן. למרות האיבה שהיתה בינהם עד כה, עתה עליהם לשתף פעולה כדי לגבור על סייברטות' שרודף אחריהם ברחובות מנהטן.

גיבורי העל נאבקים הפעם בלוקי- אחיו של ת'ור, אל הרעם. לוקי רוצה להשתלט על ממלכת וואלהלה ולהרוג את אודין, אביו. לוקי הטיל כישוף על ת'ור והוא הופך לצפרדע. החברים נרתמים לעזור לו למנוע את ההפיכה של לוקי.

וונום השתלט על הארי ופיורי מורה לצוות הגיבורים להשתלט עליו בכל מחיר, לפני שיחריב את העיר. ספיידרמן, ביודעו שוונום הוא הארי, מבקש את עזרתם של חברי הצוות להציל קודם את חברו הכלוא בפנים.

ספיידרמן מגלה שמג"ן התקינו מצלמה קטנה בביתו. זה לא מוצא חן בעיניו והוא מנתק אותה ואת מכשיר הקשר שלו. דוקטור אוקטופס, בהוראותיו של נורמן אוסבורן, לוכד את ספיידרמן ומביאו אל המעבדה התת ימית שלו כדי לבצע עליו ניסויים.

ספיידרמן מגלה כי הוא ויד הברזל הם היחידים שלא נרדמו תחת כישוף של "סיוט". בעזרתו של הקוסם סופרים, דוקטור סטריינג', הם נכנסים לעולמו של "סיוט" ומתתמודדים עם הפחדים שלהם.

ספיידרמן ואיש הכוח מצוותים יחד לתחרות המדע השנתית. ספיידרמן הזניח ולא הכין דבר, ובהחלטה פזיזה הוא לוקח חפץ משונה מהמעבדה של מג"ן. איש הכוח מתגייס ואיתו שאר אנשי הצוות, והם שוב מוכיחים לספיידרמן כי הם חברים שמגבים אותו.

ספיידרמן מתקשה לכבד את הסמכות של ניק פיורי. כשהם נקלעים להשתלטות עוינת של צבא הזודיאק וסקורפיו. בכוחות משותפים של ניק וספיידר מן הם מצליחים להביס את כולם ולגרום לחשיפת זהותו של סקופריו. אלא שהחשיפה הזו אינה משמחת אף אחד.

החיפושית מתקיף את בניין הדיילי ביוגל, כדי לחסל את ג'יימסון שקרא עליו תיגר. אם-ג'יי מגיעה אל ג'יימסון לראיון, בניסיון להתקבל להתמחות בעיתון הביוגל. ספיידרמן וחברי הצוות רוצים להציל את אם ג'יי מפני התקפת החיפושית.

השלג שירד ביטל את לימודי בית הספר. הצוות מחליט להבריז מאימוני חורף, וטס לאי טרופי מבודד. הם מגלים שהם לא באמת לבד כשסנדמן מתגלה לפניהם מתוך הדיונות כאיש החול.

חברי הצוות משובצים לעבוד בפינוי וניקיון הריסות, לאחר מפגש לא מוצלח עם פושעי העל, ההורס, בולדוזר ומעמיס כדור הרעם. ספיידרמן מנסה לשכנע את חבריו כי הפעולה שנכשלה היתה בעצם מסווה לשוד בנק, אך אף אחד לא שומע לו.

ספיידרמן מארח בביתו את ההאלק לאחר שזה לקה בוירוס טכנולוגי ואינו במיטבו. חייזרי מתכת אספו מההאלק רקמות כדי שיוכלו להינות מכוחו העצום בשכפול גנטי. ספיידרמן חושף בפניו את זהותו כפיטר פארקר, ומגלה את זהותו האמיתית- ברוס באנר.

לוקי במסע נקמה בספיידרמן. הוא הופך אותו לחזיר ושולח בעקבותיו את ציידי וואלהלה. המרדף אחרי ספייד-חזיר מערב את כל תלמידי בית הספר, את כל חברי הצוות וסוכני מגן, כולל קולסון ופיורי ואפילו אל הרעם ת'ור.

קולסון, מנהל תיכון מידטאון, מחליט להעלות מחזה שאם-ג'יי כתבה על ספיידרמן. הוא נותן לפלאש תומפסון לגלם את ספיידי. ברגע האחרון פלאש נתקף חרדה ומטיל על פיטר לעלות על הבמה במקומו.

דוקטור אוקטביוס יוצא למסע נקמה בנורמן אוסבורן. הוא חוטף את הארי ואביו ומתכנן להשיב לנורמן על שנים של סבל ודיכוי. ספיידרמן נחלץ לעזרתם, אך חשדו מתעורר לגבי נורמן אוסוברן וכנותו.

קפטן אמריקה מגיע לספינה ומאמן את הצוות. כשהוא נכנס לישיבה הוא משאיר את המגן שלו למשמרת. ספיידרמן מתלהב ומשליח אותו אל פאוורמן. המגן עף מהחלון, ונוחת בטעות בשגרירות הלטבריאנית- מקום משכנו של דוקטור דום.

פיטר עוקב אחר הסוכן קולסון כשהוא יוצא לדייט עם דודה מיי. הם יושבים יחד במסעדה כשלפתע מתפרץ לשם אויבו הוותיק של קולסון, החיפושית. החרק חוטף את דודה מיי איתו ומאלץ את ספיידרמן וקלסון לשתף פעולה למרות המבוכה ביניהם.

ספיידרמן וצוותו נקראים לטפל במתקפת אוקטו-בוטים. האירוע מתגלה כמלכודת ללכידת ספיידרמן. דוקטור אוקטופוס חוטף אותו כדי להשיג דגימת דם שלו. הוא מערים על נורמן אוסבורן ומזריק לו את דמו של ספיידרמן המעורב עם דמו של וונום.

נורמן אוסבורן, הלוא הוא הגובלין הירוק, רוצה לעורר בבנו הארי את וונום הרדום בו, ויחד לשתף פעולה נגד העולם. חברי מג"ן מנסים לחלץ את הארי, וספיידרמן שרואה עצמו כאחראי לכל המצב, מתעקש להיאבק בגובלין לבדו.