หนึ่งปีหลังจากที่ปีเตอร์ พาร์คเกอร์เด็กวัยรุ่นคนหนึ่งได้กลายเป็นสไปเดอร์-แมน หน่วยชีลด์ได้เข้ามาติดต่อให้เขาไปฝึกซ้อมด้วย

สไปเดอร์-แมนเข้าร่วมกับหน่วยชีลด์และได้รับมอบหมายให้อยู่ทีมซูเปอร์ฮีโร่วัยรุ่น

เมื่อการฝึกกับทีมเริ่มมีการแข่งขันสูงขึ้น พวกเขาจึงตัดสินใจออกตามล่าจอมวายร้าย ดร.ดูม

สไปเดอร์-แมนและทีมต้องสู้กับสิ่งประดิษฐ์ของดร.อ็อคโตปุสที่ชื่อเวน่อม ซึ่งไม่ได้สู้ง่ายเหมือนปากพูดหรอกนะ

สไปเดอร์-แมนได้พบกับไอรอนแมนหนึ่งในฮีโร่ที่เขาชื่นชอบ ไอรอนแมนจึงมอบชุดเกราะให้เขาหนึ่งชุด

เมื่อจอมวายร้ายอย่างทาสก์มาสเตอร์ปลอมเป็นครูพละเพื่อล่าตัวสไปเดอร์-แมน โรงยิมจึงกลายเป็นสมรภูมิรบ

สไปเดอร์-แมนตกลงให้ถ่ายวิดีโอสัมภาษณ์กับแมรี่ เจน แต่เธอกลับได้มากกว่าที่ขอ

เวน่อมกลับมาแล้ว สไปดี้พยายามหยุดยั้งวายร้ายผู้น่าสะพรึงคนนี้ตามลำพังเพื่อช่วยเพื่อนสนิทของเขา

การทัศนศึกษาธรรมดาๆ ทำให้สไปเดอร์-แมนและทีมของเขาได้ออกผจญภัยสุดอันตรายในแบบฉบับแอสการ์ด

สไปเดอร์-แมนและวูล์ฟเวอรีนไม่ลงรอยกันในหลายๆ เรื่อง แต่ทั้งสองต้องร่วมมือกันเพื่อต่อสู้กับจอมวายร้าย

เรื่องต่างๆ เริ่มใกล้ตัวมากขึ้น เมื่อแฮร์รี่เพื่อนสนิทของสไปดี้กับพ่อของเขาต้องต่อสู้กับเวน่อม

สไปเดอร์-แมนยืนกรานจะขอวันหยุดจากหน่วยชีลด์ แต่ก่อนที่เขาจะได้ผ่อนคลาย ดร.อ็อคโตปุสก็บุกโจมตี

เมื่อทุกคนในนิวยอร์กตกอยู่ในภวังค์ สไปดี้จึงไปขอความช่วยเหลือจากด็อกเตอร์ สเตรนจ์

ปีเตอร์และลุกรวมหัวกันสร้างผลงานสำหรับนิทรรศการวิทยาศาสตร์ แต่มันกลับส่งผลร้ายและกลายเป็นภัยคุกคามแทน

เมื่อยานเฮลิแคริเออร์ของหน่วยชีลด์โดนกองทัพชั่วร้ายยึดไป สไปดี้จึงต้องสู้กับเหล่าร้ายตามลำพัง

สไปเดอร์-แมนไม่อยากจะเชื่อเมื่อเขาต้องปกป้องนักวิจารณ์ที่ปากร้ายกับเขาที่สุดจากมือสังหารสุดล้ำยุค

สไปเดอร์-แมนและทีมของเขากำลังพักผ่อนที่เกาะแห่งหนึ่งจนกระทั่งแซนด์แมนลงมือเพื่อไม่ให้พวกเขาได้กลับออกไปจากเกาะ

ทีมสไปเดอร์-แมนสร้างความเสียหายเยอะเกินไปแล้ว พวกเขาจึงต้องทำงานกับหน่วยทำความสะอาดขั้นเทพเพื่อจัดการเรื่องยุ่งเหยิงที่ตัวเองก่อไว้

ฮัลค์ขอความช่วยเหลือและหาที่พักพิงจากสไปเดอร์-แมนเมื่อเขาเกิดล้มป่วยจากการติดเชื้อต่างดาว

โลกิแก้แค้นสไปเดอร์-แมนด้วยการสาปให้เขากลายเป็นหมู หรือที่เป็นที่รู้จักกันในชื่อไอ้แมงหมู

ปีเตอร์ตกใจเมื่อได้ยินว่าโรงเรียนของเขากำลังจะจัดละครเพลงสไปเดอร์-แมนที่แสดงนำโดยแฟลช ธอมป์สัน

เมื่อ ดร.อ็อคโตปุสแย่งชุดเกราะของไอรอนแมนไป สไปเดอร์-แมนและทีมของเขาจึงต้องก้าวขึ้นมาปกป้องหน่วยชีลด์

เมื่อสไปเดอร์-แมนทำโล่ของกัปตันอเมริกาหาย เขาจึงต้องสู้เพื่อแย่งมันคืนมาจาก ดร.ดูมให้ได้

ปีเตอร์ต้องขนลุกเมื่อป้าเมย์ดันไปคบกับผู้ดูแลของเขาและคนคุมหน่วยชีลด์ ฟิล โคลสัน

สไปดี้ได้เห็นว่าแผนของ ดร.อ็อคโตปุสและแผนของออสบอร์นโคจรมาบรรจบกัน และผลลัพธ์ของมันคือหายนะ

สไปเดอร์-แมนนำทีมเข้าห้ำหั่นในศึกอันยิ่งใหญ่เพื่อปกป้องแฮร์รี่ ออสบอร์นจากกรีนก็อบลินและเวน่อม