Aunque oficialmente su tío, el cardenal Rodrigo Borgia, reúne a sus tres hijos, la falta de control de Juan y de Cesare amenazan el trabajo de su vida.

Una pelea comienza entre los cardenales, y viejas cuentas están siendo saldadas. Mientras, Cesare ofrece a su hijo como un sacrificio a Dios, abandonando el recién nacido.

Rodrigo promete fincas y oficinas para los que voten a su favor, y cuando el humo blanco se levanta, deja el cónclave como Papa Alejandro VI .

La boda de Lucrecia con Giovanni Sforza es para sellar la unión entre las familias de los Borgia y los Sforza, pero el matrimonio no se consumó.

Como la paz sigue siendo frágil, Rodrigo reconoce públicamente su paternidad de Juan, César, Lucrecia y Goffredo para fortalecer los lazos familiares.

En lugar de mantener la paz, Rodrigo cede a la insistencia de Giulia y manda a sus hombres tomar las armas, pero bajo el mando de Juan la campaña falla.

Con el avance de sus enemigos y sus tropas abandonando el mando de Juan, Rodrigo tiene que tomar una decisión difícil que pone la vida de César en juego.

Rodrigo se encuentra entre la espada y la pared gracias a que las tropas francesas ocupan la ciudad eterna, pero gracias a su hijo César, una frágil paz puede ser negociada.

Por la intervención de España, Francia se ve obligada a retirarse, pero Isabel de España exige una purga de los Judios de la Ciudad Eterna.

Para demostrar que es digno de la corona de Nápoles, Juan propone convertir a los Judios en un bautizo de masas, pero accidentalmente revela un oscuro secreto.

Cesare comanda una comisión de investigación sobre la muerte de Juan, pero no puede encontrar al culpable y pronto teme que él mismo matara a su hermano.