科学特搜队的早田进队员在驾驶巡逻机工作时，突然发现一个红色球体正追逐着蓝色球体。红色球体无意中撞上早田进的飞机，早田由此牺牲。随后，早田进被吸入到红色球体内，遇到了来自M78星云的宇宙英雄·奥特曼。并得知其为追击宇宙怪兽·百慕拉而来到地球。奥特曼为补偿早田遂决定与其合体与百慕拉一战，并将自己的生命赋予了早田。最终，科学特搜队用S16潜水艇攻击使百慕拉浮出水面，早田变身为奥特曼后与百慕拉展开肉搏战，最终大获全胜。

20亿3000万巴尔坦星人在宇宙间旅行时，飞船的重力平衡出了问题，于是来到地球修理，因为地球有其修理重力平衡所需要的晶体二极管。但来到地球的巴尔坦星人被地球迷住，巴尔坦星人企图对地球展开侵略。不过最终，巴尔坦星人的野心还是被奥特曼所粉碎。

为了调查伊豆的古井传来令人毛骨悚然的声音，富士明子队员和少年星野来到了当地。同时，在井附近的水力发电站和输电站，发生了袭击事件。不见身影的袭击者的真面目竟然是透明怪兽内隆嘎。吃电的内隆嘎下一次袭击的地方是？

入队以来第一次休假的富士队员去了湘南。但是，那里却出现了海底原人拉贡。拉贡受了太平洋上爆炸的木星开发用原子弹的放射能的影响变得巨大，而且身体上挂着安全装置脱落的原子弹。科特队为了让拉贡老实下来，给他听音乐……

发生了奥伊利斯岛调查组的人们窒息死亡这一奇怪事件。被害者之一的山田博士，因为岛上带回的植物的放射线而成为怪兽绿蒙斯，袭击了喝了奥伊利斯岛上水的人们。调查组中唯一幸存的女性很危险！

星野和少年们在横滨港的可可豆仓库被正在通缉的宝石走私犯抓住了。同时，喝了东京港的污水而突然变异的怪兽格斯拉，为了寻找可可豆而出现在横滨港，接近仓库。奥特曼能赶上少年们的危机吗？

在中近东的沙漠中，相继有陨石落下。各国的科特队为了调查而前往现场，但不知为何却失去了消息。那里到底发生了什么？我们科特队日本支部也终于要去调查了。但是，威托号在当地附近遭到了彩虹色磁力线的袭击。一连串的事件，是怪兽安东拉干的！

由于火山活动而变成无人岛的多多良岛，重新开始了定点观测。但是，由于无法与观测员取得联系，科特队前往调查。他们在多良岛看到的是一群跋扈岛屿的怪兽。在为搜索生存者而苦战的科特队面前，出现了友好珍兽皮古蒙。

台风13号给各地带来了巨大的损失。宇浪里町的修复工作也在继续，但那里出现了怪兽加勃拉。如果现在闹起来的话，城市会变得很糟糕。科特队想用加勃拉喜欢的铀胶囊，让它远离城镇，但加勃拉的凶猛却无休无止。

在北山湖，鱼异常繁殖。为了找出原因，科特队前往调查。看来，原因是鱼们吃了巨大生物吃剩下的食物。巨大生物的真面目是二阶堂教授15年前从尼斯湖带回的恐龙吉拉斯。因为北山湖的环境与尼斯湖相似，所以吉拉斯不断地成长着……

从宇宙落到地球上的不可思议的石头。那是一块拥有将形状变成主人脑海中浮现的东西的能力的石头。偷了这块石头的男子，用石头恶作剧了一番，结果把石头变成了巨大怪兽阳戈。奥特曼迎战，但怎么也打不倒阳戈。原因是……

七千年前的木乃伊被发掘出来了。但是，在那夜晚，木乃伊在被安置的实验室里复活，杀害警卫员后逃走了。岩本博士希望将木乃伊活捉，但为了不扩大受害范围，科特队只好将木乃伊射杀。与此同时，怪兽咚咚的出现，突然发狂起来！

中近东各国相继发生了原因不明的油田火灾和航行中的油轮爆炸起火事件。就在这时，东京港湾地区发生了油罐车被神秘怪物炸毁的事件。对于漂洋过海来到日本的怪兽佩斯塔，科特队在东京湾外实施了消灭作战，但事态发展到了最坏的地步！

在以伊势志摩为中心的地区，发生了养殖珍珠几乎全军覆没的情况。珍珠业者让幸存下来的珍珠到日本海一侧避难，这时怪兽加玛库基拉出现了。令人惊讶的是，怪兽开始用它的长舌头吃珍珠。科特队的攻击也不起作用，怪兽向着有珍珠的大城市前进！

小学生小蛀牙画了一幅类似《白蝌蚪》的怪兽加巴顿的画，引起同学们的大笑。小蛀牙觉得画够大的话，看起来应该会不错，就在资材放置场的土管上画了只很大的加巴顿。第二天早上，竟然出现了巨大的加巴顿！特殊的宇宙线和太阳光线融合，让小蛀牙的画实体化了！

人类的首个金星探险火箭尾鸟，由其发明者毛利博士亲自驾驶发射。神秘的浮游物体接近并入侵了在宇宙顺利航行的尾鸟。本应全军覆没的巴尔坦星人利用毛利博士，重新策划侵略地球。针对障碍的科特队和奥特曼的佯攻作战出来了！

世界级探险家从巴隆沙漠带回的两块陨石。其实是对各种刺激产生反应而引起四次元现象的生物。两颗陨石因成对保管而发生核聚变，变成了巨大的四次元怪兽布鲁顿。奥特曼迎战，不过，布鲁顿接连发动的四次元现象，让奥特曼被各种捉弄！

突然，夜晚的东京出现了放射能雾。从那其中出现的，是自称为地球人类兄弟的扎拉布星人。显示出过度友好的扎拉布星人其真正目的是侵略地球。发现扎拉布真面目的早田被捉住了。紧接着，奥特曼出现，开始破坏街道！

从东京的大楼施工现场发现了奇怪的胶囊和金属板。在调查开始的时候，从不为人知的另一个胶囊中出现了红色怪兽巴尼拉。金属板上记载着古代人封存了“恶魔怪兽”。不久，在调查中的胶囊里，蓝色怪兽阿勃拉斯复活了。超越了遥远时间的因缘的对决，现在……

伊豆·大室山发生怪现象的第二天，科特队本部出现了一个少年。他告诉富士队员大室山公园的高原龙希多拉会胡闹，然后就离开了。科特队调查大室山附近的同时，少年的身份被查明了，不过，令人吃惊的是少年半年前在交通事故中就已经死亡了。随后就如少年的警告一般，希多拉出现了！

大武山的野鸟和动物大量地死亡，还收到了徒步旅行的女性在山顶目击了类似怪兽的联络，富士队员与少年星野一起前往现场。但是，在调查中遇到了亚硫酸气体，并出现了怪兽凯姆拉。井手队员根据少年星野的建议，加紧开发能击退凯姆拉的新兵器！

被命令执行特别任务的早田，与从巴黎本部派遣来的安娜队员一起乘坐威托号出发了。在那之后，东京的大范围内发生了通信网络混乱的事件，早田等人失踪了。早田在企图进攻地面的地底人们的基地醒来。地底人策划着利用奥特曼作为自己的尖兵！

载有国际和平会议出席者的客机和船只相继发生爆炸事件。为了攻击身份不明的敌人，科特队开发了光谱光线，成功击落了看不见的敌人火箭。科特队巴黎本部的阿兰队员看到了从火焰中站起来的怪兽，开始说怪兽贾米拉是人类，听到这句话的井手非常动摇。

为开发海底资源而建造的海底中心，出席其试运行仪式的科学公团的吉村总裁和特别客人少女珍妮由科特队负责护送。但是，作为生命线的管道被损伤，而且中心的船坞进水，他们被困住了。这是栖息在深海的怪兽古维拉干的！

飞向地球的彗星兹乙风。轨道计算的结果表示，与地球的冲撞用纸一层能回避，不过，由于彗星的宇宙线的影响，氢弹引起自然爆炸的危险浮现了。在搜索日本阿尔卑斯山消失的氢弹的科特队面前，出现了齐卡斯和多拉考。并且咽下了氢弹的雷德王也觉醒，雪原的大格斗开始了！

以生物学家中谷教授为中心的学术调查队，在约翰逊岛活捉古代怪兽哥莫拉，通过科特队的“怪兽空运作战”运到大阪。但是，在到达前麻醉中断，哥莫拉醒来，为了避免危险，吊线被切断，哥莫拉落地了。奥特曼随之迎战，不过，哥莫拉的力量很可怕！

击退奥特曼的哥莫拉潜入了地底。大阪府一带发布了紧急避难命令。哥莫拉在市区肆虐后，现身大阪城，并将其破坏。早田在之前的战斗中丢失了贝塔胶囊，但被称为怪兽殿下的少年给送来了。奥特曼和哥莫拉的第二回合开始了！

正在调查奥多摩山口连续发生的巴士坠落事故的村松和井手，虽然遭遇了同样的事故，但包括2人在内，乘客全部生还。村松追赶着作为乘客之一的中央宇宙研究所的女性技术官。目的地是山顶的宇宙线研究所，那里被策划捕获标本用人类的宇宙生物达达占据。村松他们很危险！

拥有日本第一埋藏量的大田山金矿，出现了全身金黄色的怪兽哥尔顿。为了击退在地上和地底自由往来的哥尔顿，村松和井手用试制阶段的地底坦克贝尔西达向地底挑战，成功地消灭了哥尔顿，但在战斗中贝尔西达发生了故障。这时，又出现了一只哥尔顿！

即使是在夏天也被雪包围的饭田山，被称为神秘区域。那里有传说中的怪兽乌的目击报告，科特队前往当地。被称为“雪子”的少女小雪因为和乌联系而被当地居民讨厌，甚至面临生命危机。就像在保护小雪一样的乌出现在山脚下的滑雪场。

时隔20年回国的科特队玻利维亚支部后藤队员被邀请到日本支部，但对于行动可疑点很多的后藤，大家疑虑越来越深。这时，街道上出现了奇怪的植物。植物学家二宫博士确信那是生活在亚马逊的吸血植物凯洛尼亚。实现了异常进化的凯洛尼亚计划着侵略人类社会！

在进行土地开发工程的镰仓周边，相继发生了原因不明的山火。受工程的影响被赶出安居之地的怪兽赞勃拉，其身体发出的高烧引起了山火，坦克队的攻击都无效。从印度支部休假来日本的巴迪队员和科特队拼命地持续应战。科特队能战胜怪兽吗？

在航空表演中，富士队员的弟弟小悟目击了大型油轮飞行并爆炸了，听到了用心灵感应说话的神秘声音。那是来侵略地球的美菲拉斯星人。他选择小悟作为地球人的代表，让他说出“我把地球给你”……

一天夜里，从空中降落了一只超重量级怪兽到了东京晴海填海地。科特队虽然想运用各种各样的作战来讨伐被命名为斯凯顿的怪兽，但都不顺利，连奥特曼都很棘手。几经周折终于成功地让一直在睡觉的斯凯顿飞向了宇宙，被认为是平安解决了……

在宇宙的超级空间巡逻中的井手和岚发现了怪兽墓场。在为至今为止战斗过的怪兽们举行追悼会的时候，日本首个月球火箭挂着漂浮在怪兽墓地的怪兽辛勃落到了地上。为了让辛勃回到怪兽墓场，科特队计划让其乘坐火箭发射。

儿童会馆附近出现了发出六千万烛光的神秘怪兽扎拉加斯。科特队发动了攻击，但扎拉加斯是受到过一次的攻击，就能根据体质变化提升抵抗力的不死怪兽。在下达停止攻击命令的情况下，为了保护孩子们不受扎拉加斯的伤害，岚用新武器QX枪射击了！

有一天，皮古蒙出现在银座的百货公司，让人们大吃一惊。受到科特队保护的皮古蒙，拼命地想要传达什么。据解析后的皮古蒙所言，怪兽酋长杰罗尼蒙将复活60多只怪兽，向科特队和奥特曼复仇。立刻出动迎击的科特队，不过，井手的样子很奇怪？

Q星无人探测器探测计划。在作业途中，作为中继基地的宇宙空间站V2的联络中断，科特队乘坐宇宙船·白鸟出动。为了回收修理V2故障部位所需的保险丝，科特队前往Q星，但Q星是宇宙怪兽奇拉和萨伊哥飞扬跋扈的危险地带。

从大宇宙的彼方飞来的圆盘群，为了消灭科特队日本支部以及奥特曼从而以日本为目标。队员们都出动了，变得薄弱的日本支部被神秘的宇宙人从内部破坏了。并且宇宙人的王牌宇宙恐龙杰顿出现。早田变身奥特曼！以科特队基地为舞台，壮烈的战斗开始了！