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スペースデブリの直撃を受け、大気圏へと落下を始めた第7オービタルステーション。中には取り残された作業員がいたが、急遽、千鶴とアネットが救出に向かい作業員は無事脱出。美風・香鈴・彩雲・静羽の4人は、地球に向けて落下するオービタルステーションを空中で破壊するため、TSR.2MSで発進するが……。

Stratos 4 Recap episode - For everything which happened before Stratos 4 Advance started.

明日にも2個の巨大な彗星が同時に地球を襲うという緊急事態が発覚した。衛星軌道上の全オービタルステーションと各国の迎撃基地が総力を挙げて迎撃体制をとりつつある中、静羽はランと共にレイを天体危機管理機構つくば研究所から連れ出すことに成功する。一方、つくば研究所の治療室に収容された美風は…。

3個の巨大彗星が同時に地球を襲うことが判明。太陽風を背にして来るため進路予測が困難で、質量はいずれもナイジェル87クラスだった。その上、通常の作戦では地表の2/3に破片が降り注ぐことに。千鶴たちコメットブラスターは、美風たちメテオスイーパーに最後の望みを託しつつ、危険な作戦に挑戦する。