Anno 2020, i computer sono diventati parte integrante della vita della maggior parte della popolazione. Tuttavia, l'adolescente Yui Kasuga è una delle poche persone assolutamente incapaci di usare un PC, nonostante il padre sia un famoso programmatore. Improvvisamente, il malvagio supercomputer Giganet si ribella all'uomo e decide di prendere il controllo di ComNet, la rete internet. I Virtuali, speciali programmi sviluppati per fermarlo, reclutano Yui, che viene letteralmente risucchiata a ComNet. Qui la ragazzina incontra un Virtuale di nome I.R., che le fornisce armi e gadget "downloadabili" che le permettono di diventare Virtual Yui (Corrector Yui), l'unica in grado di sconfiggere i virus di Giganet (Grosser).