Alors qu'elles visitent tranquillement la Tour de Tokyo avec leurs écoles respectives, Shidô Hikaru, Ryûzaki Umi et Hôôji Fû sont invoquées par la princesse Émeraude pour devenir des Magic Knights et sauver le monde de Céphiro. Téléportées sur ce dernier qui sombre dans le chaos depuis que son pilier, la princesse Émeraude, a été enlevée par le grand prêtre Zagato, nos trois héroïnes rencontrent le mage Clef qui leur explique en partie la situation.

Pour sauver le monde, Hikaru, Umi et Fû deviennent des Magic Knights. Mais sur leur chemin, de redoutables ennemis à la solde de Zagato les attendent, fermement résolus à les éliminer…

Lucy, Anais y Marina, tres chicas de diferentes escuelas se transportan al mundo de Cefiro asi como su misión de convertirse en Guerreras Mágicas para rescatar a la Princesa Esmeralda que esta capturada.