天空に向かって一筋の光が立ち上がった夜。それは、早乙女正美がいなくなった夜でもあった。それからひと月……。中学時代、早乙女に対し淡い恋心を抱いていた少女・殿村望都は、早乙女の失踪とその幽霊が出るという噂を聞き、心を揺らす。早乙女に会いたいと、会って「好きでした」のひと言を伝えたいと。そして、望都の前に姿を現す早乙女。だが、彼は既に人ではない存在となっていた

光の柱の現れた夜を境に、人の胸に虫を見る様になった少年･城之内久志。彼に胸の虫を取り除かれた人は、心の重荷から開放され、過去の遺恨を忘れていった。虫、それは…人の記憶そのものであった。虫をあさり、貪り食らう城之内。その甘美な味に酔いしれ、次第に依存していく城之内。だが、そんな彼に忍び寄る黒い影が……。

同級生たちに「パヌルー」と呼ばれ、慕われる少女･有藤美鈴。彼女は言う「私は世界を受け入れている」と、「あるがままの世界を愛している」と。だが、美鈴の前に早乙女が現れた時、彼女の「世界愛」が歪みはじめる。なぜならば、彼女は本当の「パヌルー」ではないのだから……。

街の一角にある蔦に覆われた不気味な屋敷に横たわっていた老婆の死体。警察の捜査によって、屋敷からは着る者など存在しない女の子用の衣服が発見された……。その頃末真和子は、霧間凪が過去に入院していたという県立総合病院を訪れ、そこで偶然にも宮下藤花と出会う。そして、夜更けの交番。夜勤の警官･森田が同僚の山本に聞かせている話の内容は、世界を監視している組織の噂……。

5年前、連続殺人の犠牲となった娘･静枝。その母、幸子のもとに静枝の友人・里香から彼女との交換日記が届けられる。そこには父親の死後、新たな恋人をつくった母親に対する反発と、それに伴う性に対する拒否反応に悩む静枝の苦悩が綴られていた。日記を読み、悩んでいた娘と、何もしてやれなかった自分に涙する幸子。その頃街では里香の言葉通り「過去が蘇る」現象が頻繁に起こっていた……。

及川鎮はモノを作るのが好きな少年であった。そして、妹の小夜子と２人迷子になったときには、木彫りの人形を作り元気付けた良き兄であった。だが、遊園地建設プロジェクト／ジオシティ計画が崩壊し生きがいを失った父親が廃人同様となるのを見て鎮は変わった。モノを、いらないものを全部分解することに固執する人間へと。そして、天空に光が伸びた夜を境に、彼の望むものが分解し始めた……。

ある日、霧間凪の前に現れた男。フリーライターの岸田と名乗る彼に、凪は懐かしい知人の面影を見る。取材への協力を取り付けるため、凪の後を追う岸田。最近頻発している行方不明事件を調査していた凪の姿を目にした彼は、一人で戦う凪の姿にひかれてゆく。やがて、２人は街で起きている異変の核心へと近づいてゆき……。

親の期待を背負いピアニストを目指していた吉沢早紀は、レッスンを受けに行った音大の教授に諦めるように言われてしまう。失意の早紀に、聞こえるはずのない声が聞こえた。早紀は「おいで、おいでよ」との声に誘われ建設途中で計画の頓挫した遊園地「ペイズリーパーク」に足を踏み入れる。「友達になろう」と現れたプームプームに、赤い風船をもらい子供に戻ったかのように無邪気にはしゃぐ早紀だったが……。

小島茜は何かに誘われるようにペイズリーパークに向かい、そこでハーメルンの笛吹きの衣裳を着た少年に出会う。茜は少年に「プームプーム」と名をつけた。それは茜がかつて書いた童話の主人公の名前だった。プームプームは「ここは、切り捨てられ置き去りにされた者たちの永遠の国なんだ！」とペイズリーパークに「友達」を集めようとする。集まった「友達」とプームプームは楽しげに遊ぶが、霧間凪の到着に敵意を示す。

如月真名花は妊娠5ヶ月で産まれた。母の真弓は出産直後に病気で入院し、真名花は祖母の美代に人目を忍んで育てられた。真名花の成長が異常に早かったからだ。真名花はどんどん成長した。わずか2年で小学校低学年ほどにもなった。美代はカーテンで閉め切られた部屋で真名花を育てつづけた。真名花の誕生より五年、自分の死期を悟った美代は、真名花ひとりを残しては逝けないと、真名花の命を絶とうとするが....。

すべての怪異が終わったかに見えた頃、奇妙な事件が続発していた。原因不明の突然死を遂げるOLたち。死体には傷もなく、まるで生気を吸い取られたかのようだという。しかも事件は出版社の密集するごく狭い地域に限られていた。その頃岸田一朗は、なぞの組織についてのルポを発表しようと出版社を回っていた。それが霧間凪の戦いの役に立つと信じて。そんなある日、彼は再び「死に神」と遭遇する....。