出航後没多久，正当左眼产生反应的亚连在船桅上确认远方上空时，突然有个覆盖天空的黑色团块急速接近！没多久，甲板上立刻就化为战场，驱魔师与船员们陷入苦战。被恶魔抓住脚的亚连，虽然持续应战，却仍被拖进上空的恶魔群中。恶魔群夹带著亚连从海上往山地移动，利娜莉也为了救出他而紧跟在後。此时，在恶魔群降落的村子里，突然有个巨大的白色物体浮现出来。

恶魔的目的似乎就是眼前巨大的白色物体，就在他们接二连三的攻击下，那个巨大物体的胸前开了个洞，洞中有个人的上半身。怀疑洞中人物就是斯曼的利娜莉，由半信半疑转为确信的瞬间，发出了不可置信的尖叫声。究竟在斯曼的身上发生了什麼样的事情……

亚连被困在「降咎」状态下的斯曼体内，并且见到了理应是斯曼本体的存在。虽然亚连拼了命地想说服斯曼停止破坏行动，但斯曼对於驱魔师与神的怨念却深不可解，完全听不进亚连的话。　　此时，「降咎」状态的巨大白色物体逐渐接近邻近的村子，再这样下去，村子就要被毁灭掉了。於是亚连离开斯曼的体内，并且尝试将自己的INNOCENCE解放到最大状态，藉此阻止「降咎」状态的身体接近村子，但……

「降咎」状态下的斯曼无法停止暴走，就连亚连也阻止不了，导致村子遭到破坏，人们悲叹的呐喊四起。此时，斯曼的耳中听到了少年因失去亲人所发出的悲痛叫声而回过神来，但也因此，斯曼的身体开始产生崩坏。在暴走与破坏不断加剧的情况下，亚连却因为INNOCENCE解放到最大限度所带来的副作用，使得左手完全动弹不得。对於自己的无力感到绝望的亚连，又会怎么做呢……

遇上帝奇的亚连，左手臂的INNOCENCE在毫无招架之力的状况下遭到破坏。而且，拥有穿越物体能力的帝奇，伸手贯穿了亚连的身体、食人魔偶「蒂丝」还在亚连的心脏上开了一个洞

即使担心失去左手臂的亚连，拉比等人仍继续前往目的地。在战斗中被破坏的船，藉著前来会合的新驱魔师米兰达的能力而回复原状。一行人再度追著克劳斯元帅朝江户出航。

亚连清醒过来後，发现自已身在黑教团的亚洲分部。侵袭自己的强烈「死亡」感觉，令亚连恐惧落泪。分部长莫告诉沮丧的亚连，他左手的INNOCENCE并未死去，还有复活的可能性存在。

莫表示无法成功发动INNOCENCE的原因在於，亚连未能彻底了解自己的INNOCENCE。於是莫对亚连提议，要他与分部的守护神──芙，认真的进行战斗。赌上复活，拼死的训练开始了。

在前往日本的驱魔师一行人眼前，突然出现不稳当的阴影…。那是等级3的恶魔-画师的身影。在因为上空袭来的攻击而苦战时，利娜莉发动了INNOCENCE，独自面对与画师的战斗。

画师展现出和过往恶魔相比，完全不同水准的强韧。虽然利娜莉一个人努力奋战，却因为画师的能力「重力操作」影响，动作遭到封锁。全身动弹不得的利娜莉，受到画师进一步的追击

看见无法抵抗加诸於全身的重力、逐渐沉入海底的利娜莉，画师发出了恍忽的亢奋狂叫。然而利娜莉即使沉入水中仍不放弃战斗。她随即将INNOCENCE开放至最大限度，再度回归战斗。

虽然勉强惊险地成功击倒画师，不过驱魔师们受到严重的损伤。而且到处都找不到利娜莉踪影，於是一行人展开搜索。这时候，在海上搜索的拉比面前，出现了一个抱著负伤的利娜莉的奇妙恶魔。

克劳斯所改造的恶魔──啾啾助从海底拉上来的利娜莉，受到结晶化INNOCENCE包覆。「INNOCENCE以自己的意志救了适合者」，这史无前例的现象令书人受到冲击。也因此，书人与拉比便开始怀疑起利娜莉的INNOCENCE会不会就是心。

藉由啾啾助的帮助，拉比等人终於抵达日本了。但还来不及高兴，眼前就出现了曾经令他们苦战的等级3恶魔，而且还一次三只。拉比等人为了躲避恶魔的追击便躲在阴暗处窥伺恶魔们的行动。没想到，恶魔们却盯上了一只弱小的恶魔，并且分食了他。见到如此凄厉的场景，拉比等人顿时哑口无言。

亚连为了使INNOCENCE重生而在亚洲分部持续进行训练，但INNOCENCE却还是依旧无法实体化。由於迟迟没有进展，在亚洲分部内开始对亚连、甚至是协助他的莫产生疑虑与不信。而这些谣言听在亚连耳里，除了自己的事以外，也对莫被无端牵扯进来而感到痛心。

拉比等人赶往克劳斯所在的江户，却在登陆时遭到三只等级3的恶魔追击。等级3的恶魔实力相当强，即使只有一只也难以对抗。拉比虽为了甩开恶魔们而试著使出各式各样的绝招，却对那些等级3的恶魔起不了半点作用

为了使INNOCENCE复活，亚连在亚洲分部跟莫．张、芙持续修行中。但INNOCENCE依旧还是维持粒子的状态，无法固定成武器，众人的烦躁也与日俱增。就连亚洲分部的职员看到那样的亚连，心中对於INNOCENCE是否真能重生一事产生不信。

帝奇送来的等级3突然现身在亚洲分部当中，亚连受到这个恶魔特有的「物质分解能力」攻击，导致陷入无法战斗的状态。芙心想「再这样下去亚连会被杀掉」，於是使用了拟态能力，变成亚连的样子代替他上阵。

在与入侵亚洲分部的等级3战斗的同时，亚连尝试著使INNOCENCE复活。以莫．张为首，亚洲分部科学班立刻针对亚连的INNOCENCE进行分析。而在分析结束後，亚连终於回到他期盼已久的「战场」上。

在亚连的INNOCENCE复活同时，拉比等人正在江户与千年伯爵及诺亚一族展开激烈战斗。当千年伯爵一声令下，围绕在千年伯爵身旁的恶魔，突然开始合体成一个巨大恶魔。虽然拉比等人使出全力攻击，却无法给与那个巨大恶魔任何伤害。

拉比等人与千年伯爵、诺亚的战斗在江户持续延烧。虽然拉比频频攻击，但却因为帝奇鸦倒性的实力而居於劣势。而同时间与巨大恶魔战斗的柯洛利及书人也是一样陷入穷途末路的窘境。此时，有名带著白刃的男子出现在他们的眼前。

千年伯爵所使出的黑色能源波，猛烈地吞噬了整个江户。拉比等人虽然为了不受到波及而死命逃跑，但利娜莉就快被能源波给吞噬了。而在能源波所引发的爆炸及冲击消退之後，眼前的江户街景，俨然成了一片焦黑的废墟。

利娜莉被千年伯爵抓到了，而救出她的，就是成功使INNOCENCE复活的亚连。久违的重逢，还来不及问候，亚连便立即投身与千年伯爵的战斗。面对亚连的攻势，千年伯爵从咧罗的伞柄取出剑，挥向了亚连。

以再生的INNOCENCE－－神丑一时击退千年伯爵的亚连，与利娜莉等人分享重逢的喜悦。虽然亚连一直对於自己没救到斯曼一事而感到耿耿於怀，却由於利娜莉的一番话而得到解脱。就在此时，地面突然出现了星型的图案，利娜莉就快要被吸进去了。而亚连虽为了救出利娜莉而伸手，却也快跟著被吸进去。

面对阻挡在亚连等人面前的司金，神田打算自己一个人留下，让亚连他们先走。虽然亚连等人尝试阻止神田，却反被神田以「界虫一幻」驱离。　　於是，亚连等人只好先行前进。而在司金与神田的战斗一开始，司金便开始在体内蓄积能量。

神田闪过司金所使出的强大雷电，也以六幻砍了他好几次。但司金依旧没有倒下。就在束手无策之际，开始地震了。　　神田判断自己与司金战斗的这个地方也快要崩毁了，於是使出了以自己的性命作为代价，将力量灌注到刀上的强力招式──「禁忌三幻式」。

神田被司金所操纵的锁链限制了行动，还被灌进了强大的电流。但在他使出浑身解数的一击後，成功斩杀了司金。　　於是司金的身体受到INNOCENCE侵蚀，逐渐失去性命。就在此时，司金想起了自己从人类转变成诺亚一族时的过去。

亚连等人虽然担心一个人独自留下来与司金．波立克战斗的神田安危，但始终坚信著神田一定能平安无事新而继续前进。但接下来在前方等著他们的，却是许多的陷阱。

亚连等人因为摸不清大卫及贾丝黛洛所使出的真正能力而陷入苦战。大卫跟贾丝黛洛对克劳斯有著相当的愤怒，并且迁怒到身为徒弟的亚连身上。而其愤怒的真正原因是……

由於大卫跟贾丝黛洛所施加的「骗人眼镜」，亚连等人失去了正常的视觉。亚连等人的视线里充满了无数的钥匙。而大卫则将出口的钥匙丢进了钥匙山里。

受到大卫及贾丝黛洛合体而成的贾丝大卫攻击，柯洛利受到相当大的创伤。贾丝大卫拥有惊人的力量，即使亚连跟拉比使尽全力也完全无法抗衡。就在众人对贾丝大卫感到束手无策时，房间开始崩毁了。

受到贾丝大卫所祭出的「铁处女」所夹，柯洛利在逐渐失去的意识中，回想起过去与亚连等人成为同伴时候的事情。

即使在意著殿後的神田及柯洛利，亚连等人还是选择相信他们会追上来而继续前进。就在此时，他们终於抵达位於塔的最上层的房间。而在那房里等著他们的是……

被帝奇压倒性的攻势所压制的亚连等人，两者间的实力差距一目瞭然。但亚连并不绝望，反而是挺身面对。另一方面，拉比正在萝特所创造出来的梦空间中，为精神上的攻击所苦。

面对前所未见的危机，亚连的INNOCENCE终於变化成剑。而亚连便以这把剑对帝奇展开攻击

拉比被关进萝特所创造出来的异空间，并受到黑教团同伴们幻影的攻击。拉比一边告诉自己，这全是萝特所创造出来的幻影，并置之不理。但幻影却不断地攻击拉比、使他感到痛苦。而当这痛苦到达了顶点，拉比失声大叫了。於是，周遭的景色变成了拉比小时候的场景。

对自己用了火判的拉比，其火燄正准备毫不留情地吞噬他的身体。而看到这样，亚连使出了最大的力气，以剑将席卷而来的火燄给扫开，企图救出拉比。而利娜莉则是在一旁唤著拉比的名字。但是，火燄已经完全包围了拉比了。

受到亚连退魔剑的攻击，曾一度无法战斗的帝奇．米克，突然从背後长出了触手，并且化成了全身包覆著漆黑铠甲的异形再度复活。复活後的帝奇，实力远胜於从前，使得亚连等人完全无法招架。

变身後的帝奇，其实力压倒性地强，使得亚连等人连怎麼反击都毫无对策。但是，亚连跟拉比仍旧不死[心地面对帝奇。但始终无法弥补两者间的实力差距。此时，突然出现了一名令亚连等人十分错愕的意外人物。

方舟内部又开始剧烈崩毁了。受到崩毁的牵连，拉比跟乔治两人下落不明！於是，後悔自己救不到拉比跟乔治的亚连，气急败坏地将怒火发洩在千年伯爵身上，被憎恨冲昏了头。就在此时，亚连的身体突然不知受到谁的控制而自己动了起来。

亚连来到「14号的秘密房间」，一站到眼前的钢琴面前，脑中就突然浮现了旋律，手也开始自己弹了起来。正当亚连对此震惊不已时，克劳斯告诉他：「操纵方舟！怀抱著你的希望去弹！」亚连非但不理解这个指示，甚至还摸不著头绪。但他仍旧相信奇迹，怀著仅存的希望开始弹琴了。

亚连所弹奏的旋律带来奇迹，使得方舟再生了。而亚连等人也平安与分散各处的神田、柯洛利重逢，心中充满了喜悦。可是，高兴的不是只有亚连他们而已，在远方祈祷大家平安的亚洲分部跟总部的同伴们也十分开心。

黑教团总部因亚连等人平安归来而欢欣鼓舞。但这种气氛，却被中央厅派来的特别监察－－玛耳歌姆．C．鲁贝里亚给浇了盆冷水。鲁贝里亚来到此处召开克劳斯的质询会议，会上提出了许多克劳斯至金所犯下的恶行，但克劳斯却始终不放在眼里。

中央已经开始了对库洛斯与亚连的监视，教团里的人们对于亚连的事情都开始议论纷纷，而亚连对于自己与“第十四人”的关联也十分困惑。黑布拉斯卡对于李娜莉神之结晶的检查有了结论，和AKUMA一样神之结晶也有了进化的迹象，科学班的成员正在加紧对于“卵”的调查，而露露贝尔带领着数目众多的AKUMA已经侵入了教团。

露露贝尔混入第五研究室内，她的目的是拿回千年伯爵重要的“卵”。露露贝尔身后蜂拥而出的AKUMA们瞬间将没有战斗力的研究人员制服，受到重伤的研究人员们被整齐的排列开来，守化缕们要将优秀的人类改造成为保护“卵”的人偶。感受到AKUMA的亚连和bookman一起通过方舟来到了研究室内，而拉比等人的神之结晶还没有修复。

即便亚连与bookman赶到了研究室内，但数量众多的AKUMA还是让两人陷入了苦战，“卵”也即将进入敌方的方舟内。李娜莉等人还不能运用神之结晶战斗，这场战争所能依靠的力量只剩下米兰达、马里和众位元帅。在米兰达刻盘的能力下暂时把“卵”拖出了方舟，而众位元帅的到场让战局有了逆转，元帅们以压倒性的实力让AKUMA全体都停止了活动。

为了防止“卵”再次落入千年伯爵的手中克姆伊做出了将其破坏的决定，在米兰达停止刻盘发动的瞬间三位元帅要聚集全部的力量进行攻击，而在那之前“色”之诺亚露露贝尔打断了他们的计划。三位元帅因为顾虑被掳走的米兰达无法发挥全力，而眼前紧急的局势让他们做出了残酷的决定，在三位元帅使出全力进行攻击时亚连赶了过来。

想要前去救出被变为守化缕同伴的众人促使了AKUMA的再度进化，婉如胸前合掌的孕妇孕育出了LEVEL4的AKUMA，这恐怕是人类第一次与LEVEL4的AKUMA接触，身为机械兵器的AKUMA竟然进化到如此类似人类的姿态。看到LEVEL4扭曲的灵魂亚连不觉失声痛哭起来，决定尽快破坏眼前AKUMA的亚连却在攻击中感到了绝望。

LEVEL4的AKUMA已经突破第五研究室，身在科学班大楼的克姆伊成为了被攻击的目标，没有能力与AKUMA战斗的众人只能将其先行困住。听到黑布拉斯卡牺牲自己的计划后，克姆伊艰难的做出决定，在他下达撤离命令后鲁贝利耶依然找到了李娜莉。神之结晶植入李娜莉体内的做法被AKUMA打断，无力的李娜莉从未像现在一样渴望神之结晶的力量。

亚连用神之道化强行控制着早已不能动弹的身体，在他与LEVEL4的AKUMA战斗时李娜莉将液化的神之结晶喝了下去。李娜莉脚腕的大出血让克姆伊手足无措，而感受到李娜莉觉悟的神之结晶仅凭这些血液自行武器化，成功发动神之结晶的李娜莉拥有了与LEVEL4抗衡的力量，她与亚连联手终于制服了眼前这个强大的敌人。

被亚连和李娜莉压制住的AKUMA并没有被破坏，及时赶到的库洛斯元帅与他们一起彻底停止了AKUMA的活动，第五研究室内还有幸存下来的人们，漫长的清晨终于结束。惨烈的遭遇过后人们整理着被破坏的家和悲痛的思绪，李娜莉进化了的神之结晶让众人坚定了继续战斗的决心。诺亚一族的众人聚集一堂，骇人的计划正在实行。