少年の名はアレン・ウォーカー。彼はＡＫＵＭＡ(アクマ)を破壊するエクソシストとして正式に認められるため、黒の教団へと挨拶に向かう。その途中、ある廃屋で女性警官のモアに職務質問される。そこでは何人もの旅人が行方不明になる事件が起きていたのだ。アレンは少年ながら白髪であるという外見と、夜に一人でそんな場所にいたことを理由に不審がられる。その時、闇を切り裂く悲鳴が響き渡り…。

エクソシストの総本部、黒の教団の門前にたどりついたアレン。監視カメラでその様子を見ていた黒の教団内部から、門番の身体検査を受けるように言われる。すると、不気味な大きな顔の形をした扉が、アレンをアクマか人間かを判別しはじめた。そしてアレンの左目に呪われた印をみつけると、大声でアクマの仲間だと言われてしまう。その時、宙から日本刀を持った青年が現れ、いきなりアレンに斬りかかってきた！

黒の教団のエクソシストになっての初任務。アレンはケンカの絶えない同じエクソシストの神田ユウと組むことになり前途多難の予感…。室長のコムイ・リーより、南イタリアで発見されたという神の結晶（イノセンス）の回収を命じられ、探索部隊であるトマと３人で出動する。だが、先に現地に向かった探索部隊の者たちと連絡がとれない。アレンたちが急いで向かうと、そこでは探索部隊が３体ものアクマに襲われていた！

アレンはレベル２に進化したアクマに苦戦する。このアクマは鏡のように対象物を写し取り、能力までもコピーする力をもっていた。アレンはうかつにも自分の姿と左腕のイノセンスの能力をコピーされてしまう。一方、神田はイノセンスを持つ老人グゾルと、一緒にいた少女ララをアクマから救出する。グゾルは、自分は人間ではなくイノセンスの力によって生命を得た人形だという。

イノセンスを所有していたのは、グゾルではなくララの方であった。ララがイノセンスの力により生命を得た人形だったのだ。ララはグゾルの死期が近いこと、グゾルの死まで自分は彼の人形としてそばにいさせて欲しいとアレンに言う。それを聞いた神田は、一刻も早くイノセンスを回収すべきだと主張するが、アレンはララの言葉に同調し、イノセンスの回収を拒絶する。だがその時、アレンたちを追ってきたアクマが現われ…。

アレンは回収したイノセンスを黒の教団に持ち帰る途中、街でアクマに襲われそうになっていた少年ジャンを助ける。ジャンはアレンを見て、本物のエクソシストを見たと大興奮。実はジャンの父親は黒の教団の科学班に在籍しており、その父の資料を見てアクマやエクソシストの存在に関心を持ったという。そして自らもアクマを退治しようと意気込んでいた。アレンはそんなジャンに、危険だからアクマに関わるのは止めるように言うが…。

ジャンの親友レオは、すでに千年伯爵によってアクマにされていた。アレンは千年伯爵を前にして、左手のイノセンスを開放し戦闘体制に入る。そこに駆けつけるリナリーとトマ。彼らの前で千年伯爵が叫ぶ。「お前はアレン・ウォーカー！父親をアクマにした、あの時のガキですネ!!」伯爵と対峙するアレンは自分の過去を話はじめる。それを息を呑んで聞くリナリーとジャンとトマ。アレンの左目にまつわる過去が明らかになる…！

黒の教団の科学班は、今日も資料の山に埋もれながら徹夜で作業し疲れきっていた。そこへコムイが万能ロボット「コムリンII」を発明したとやってくる。これで科学班の仕事もぐんと楽になると聞き、喜ぶ科学班たち。だが、リナリーの運んできたコーヒーを「コムリンII」が飲んでしまい、制御不能となり暴走を始めてしまう。教団内は暴れる「コムリンII」で崩壊の危機に…！

コムイより、ある街へイノセンスを探しに向かうように言われるアレンとリナリー。そこでは時間が巻き戻り、同じ日を何度もくり返すという奇怪現象が起きていた。その巻き戻しの街についたアレンたちは、早速イノセンスを探しはじめる。そこで、アクマに襲われていた女性、ミランダ・ロットーを助ける。彼女はこの街の異変に気付いている唯一の街人のようだが…。

ミランダはイノセンスに接触している可能性のある人物として、アクマから狙われてしまっていた。アレンとリナリーはミランダを守るため、彼女の家を訪れる。内気でドジだと自らのことをいうミランダは、これまで人から「ありがとう」と感謝されたことがないという。そして古時計だけを友達として大切にしていた。驚いたことにその古時計が12時を示すそのとき、街中の空間に異変が起こる・・・！

奇怪が起こる巻き戻しの街で、「ノア一族」と名乗る少女ロード・キャメロットの作る異空間に捕われてしまうアレンとリナリーとミランダ。ロードは千年伯爵やアクマの仲間であるが人間だと語る。アレンはロードの人間離れした能力の攻撃に防戦一方で、反撃をしようにもアクマではないロードには攻撃することができない。そんなアレンを嘲笑うかのように、ロードの放つ攻撃がアレンの体を容赦なく貫いていく…！

イノセンスはミランダの大切にしていた古時計で、ミランダはイノセンスの適合者であった。イノセンスはミランダの意識によって発動し、傷ついたアレンとリナリーの時間を吸い出し元どおりにする力をもっていた。アレンはミランダに感謝の言葉をかけると、ふたたびリナリーと共にロードに戦いを挑む！

謎に包まれたノアの一族のロードキャメロットによって深い傷を負ってしまったアレンだが、駆けつけたコムイとブックマンと呼ばれるエクソシストによって治療を施され回復する。しかし集中的に攻撃された左眼は完治せず、左眼の能力によってアクマを探知してきたアレンは、いつ襲ってくるかもしれないアクマの恐怖を始めて味わう。こんな窮状にも容赦なく襲ってくるアクマたち。アレンはこの局面をどう乗り切る！？

出会ったばかりのエクソシスト、ラビと険悪極まりない仲の神田とパーティーを組んで、コムイから通達された任務を遂行することになったアレン。その任務の内容というのはとある地方でもの凄い吹雪になったかと思うと、突然熱風が吹きすさぶという異常気象が発生しており、その現象にイノセンスが関係している可能性があるので確かめるというもの。事件の発生している現場に到着し、豪雪の中を進むアレンたち。その前に遭難しかけた親子が現れる。アレン達が救出するとその親子は深刻な事情を抱えていることが判明する・・・。

イノセンスの匂いをかぎつけて集まってきたアクマたちと一戦交えたアレンたち。しかしエルダとフレイを庇いながらの戦闘は劣勢を極め、小屋へと一時避難する。小屋に身を潜めながら、エルダはフレイが「復活の葉」に執拗にこだわる理由を語る。昔、火事によってフレイにとっては息子、エルダにとっては弟となる男の子を亡くしていた二人。フレイのこだわりはその男の子の命を復活させたい思いからくるものだった。アレンは命の復活を願う心は千年伯爵を呼びつけてしまう…と心配する。しかしそんなアレンをよそにフレイは単身、アクマがうろつく外へと出て行く。ほかでもない「復活の葉」を求めて・・・！

コムイの元にローマでイノセンスが発見されたとの報が入る。しかしそのイノセンスがあるという闘技場の周りには大量のアクマが存在していて中に入れず、しかもその現場にいるはずの神田とは音信不通となってしまっているという。コムイからイノセンスの回収と神田の身の安全の確認を頼まれたアレンはリナリーと共にローマへと急ぐ。しかしアレンたちのこれから向かう土地には千年前から生き続ける不死の剣闘士の伝説が残っていた・・・！

剣闘士伝説の街、神田とアレンを窮地に追い込むビットリオ。身動きのとれない神田にビットリオは止めを刺そうと近づく。しかしアレンがそれを防ごうとビットリオに攻撃を仕掛ける。ビットリオの鉈のような大剣は、アクマの攻撃にも耐えられるはずのアレンの腕に大きな傷をつける。この大剣には、なんとイノセンスが…。共にピンチを迎えるアレンと神田！しかしその時、女性の声が響き渡り、ビットリオの動きを制する。声の主はクラウディア。やがて明かされる剣闘士伝説とは？

黒の教団のアイドルであり、兄コムイにとっては目に入れても痛くないほどの存在、リナリー。そんなリナリーがあるとき街に買い物に行くと言う。驚きなのが一緒に行くのがなんと科学班のラッセルだという。所帯持ちのラッセルとはいえ、何か間違いがないかと気が気ではないコムイは、リナリーとラッセルの後をコムリン２改を連れて尾行する。アレンやラビはコムイが暴走するのを防ぐため、しぶしぶコムイについて行く事に。しかしその時、街ではとんでもないアクマが黒の教団の面々を待ち構えていたのだった・・・！！

コムイから消息不明になっているクロス元帥を探し出してくるように、という指令を受けたアレンとラビは汽車に乗りとある村で途中下車をする。すると村人達が回りに集まってくる。そしてクロウリーという名の古城にすむ吸血鬼を倒して欲しいと懇願される。突然出た吸血鬼の話に半信半疑のアレンとラビ。しかし村人からさらに話をききだすとどうやらこの吸血鬼騒動にはクロスが関わっていることが判明する。アレンたちは仕方なく吸血鬼退治の役割をひきうけることに・・。

「この村にある古城には吸血鬼がいる」と村人から聞かされてはいたものの半身半疑だったアレンとラビだったが、目の前に鋭い牙をむき出しにして村人に襲い掛かる吸血鬼・クロウリーを目の当たりにする。クロウリーを撃退しようとするアレンとラビだがクロウリーは、とても強く、獰猛でアレンとラビのコンビプレーによる攻撃も通用しない。しかもアレンは戦いの最中、クロウリーに血を吸われてしまう。アレンは吸血鬼になってしまうのか！？

村人達から吸血鬼と恐れられるクロウリーと戦うアレン。しかしその戦いの中でアレンとラビはクロウリーに対してある疑問を覚える。クロウリーが襲った村人達すべてにその人物がアクマである証拠である「ペンタクル」の文様が浮かんでいたのだ。しかしアレンがそのことに気をとられているとクロウリーに強烈な一撃を喰らってしまい、城の中へと吹き飛ばされてしまうことに。アレンはその城の中から抜け出そうとすると、ふとした拍子から隠し部屋へと入り込んでしまう。するとその部屋からは謎の女性のうめき声が響いていた・・・！

アレンは左眼の能力をとりもどしたアレンはエリアーデがアクマだと見抜く。それを機にアレンとエリアーデの戦闘が始まる。一方ラビはクロウリーとの戦いが続いていた。ラビは巨大な槌を振るうも、クロウリーに軽々とうけとめられてしまう。さらに地面にたたきつけられて絶体絶命のピンチに。クロウリーの強烈な一撃を覚悟したラビだがクロウリーは突然、胸を押さえ、苦しみの咆哮をあげる。そしてエリアーデの血を求めはじめる。勝機と思ったラビはイノセンスを第二解放し、クロウリーに攻撃をしかける。果たしてこの闘いの決着は！？そしてアレンとエリアーデの戦いの行方は・・・！？

自分がエクソシストであり、長年一緒に連れ添ったエリアーデがアクマと知ったクロウリーはエリアーデに襲いかかる。エリアーデは口から触れたものの水分を蒸発させる泡を出してクロウリーに対抗する。そのころアレンとラビは食人花につかまり、悪戦苦闘していてクロウリーを援護できずにいた。戦いながらもクロウリーはエリアーデを愛する気持ちを捨てきれずにいた。しかしエリアーデはクロウリーに泡をぶつけ体中の水分を奪い取ってしまう。吸血鬼の疑いをかけられた男と美しきアクマの悲しい愛の物語ここに完結！

イノセンスの適合者としてアレンやラビと黒の教団へ向かうことになったクロウリーだが、長年自分の住まいであるお城に引きこもっていた彼は見るもの、さわるものすべてが初体験！　なれない世界に面をくらったクロウリーは、大暴走してそこかしこで騒動を起こす！アレンとラビはその後始末にてんてこまい。果たしてアレン、ラビ、クロウリーは果たして無事黒のｌ教団までたどり着くことができるのか！？

コムイの命令により、元帥の内の１人イエーガーのもとに荷物を届けることになったアレン。しかし待ち合わせに指定された場所オランダにはイエーガーはおらず、情報によると新しく発見されたイノセンスを追ってベルギーにいるという。アレンもイエーガーを追ってベルギーに向かうが、たどり着いた街にはなんとアクマが・・・！

イェーガー元帥と友好を深めたアレンは清しい気持ちで黒の教団への帰途につくが、その途中でイェーガーがアクマたちに襲撃されたという報が入る。

イエーガー元帥が襲撃されるという事件を経て、クロス元帥を探し出し、護衛に当たるという任務についたアレンとリナリー。二人はクロスゆかりの土地リバプール方面へと急ぐ。しかしアレンは今回の任務に対して気が乗らない。修行中散々な目に合わされたからだ。アレンの頭の中にかつての苦い思い出が次々と甦ってきて・・・！

エクソシストになってはじめての任務に向かうクロウリー。付き添いのラビ、ブックマン、トマと共に、住人が姿を消すという事件が起きている村へと向かう。手がかりを求め村を捜査するクロウリー一行。すると子供達から、「この村にはいい怪物がいる」との情報が。駆けつけてみるとそこにはレベル２のアクマの姿が。しかも本当に誠実で優しく、人を殺したりするような感じではない。このようなアクマの存在に戸惑う一同。果たしてこのアクマの存在とは一体？

リバプール方面へと向かうアレンとリナリー。目的は修行時代にクロスとともにお世話になったマザーという人物を訪ね、彼女にクロスの行方を聞くためだった。しかしマザーの住む街に入るとアクマの群に襲われるアレンとリナリー。群を撃退するも、いやな予感は消えない。そして無事マザーと再会するが、マザーもクロスの行方については知らないという。落胆するふたりだが、この街ではこの半年間にアクマが大量に発生していると聞き調査に乗り出す。

街で大量発生するアクマの原因として病院が怪しいとあたりをつけたリナリーは病院に潜入する。一方アレンは、恋人をなくしたリーザという女性に付き添い、リーザが悲しみのあまり亡くなった恋人をアクマとして復活させないように見張っていた。アレンは己の過去の話をしてリーザの悲しみを癒してゆく。そのとき、リナリーは探偵よろしく病院内で怪しい人物について調べていた。一体、この事件の犯人とは・・・！？

エクソシストになると決めて、故郷の町から出たのはいいもののお付のファインダーとはぐれてしまい、迷っていまだに黒の教団にたどり着けないミランダ。財布もすられてしまい途方にくれていると、親切な旅芸人、ゲイリーとイザベラたちに出会う。彼らとしばらく行動を共にすることに決めたミランダは色々お手伝いをしようとするが相変わらず失敗ばかりして裏目裏目の結果ばかり。しかしゲイリーたちはミランダを決して怒らず優しい。それどころか仲間にならないかと誘ってくれる。エクソシストになると決めていたミランダの心が揺れ始める・・・！

クロスを捜して旅を続けるアレン。途中、港について海を渡ろうとすると定期船が海賊船に沈められてしまい、今日中には渡れないという。しょうがなく一泊しようと宿に泊まると、その宿の一人息子アーチにティムキャンピーが捕まってしまう。アーチはアレンにテイムを返して欲しければ自分がリーダーをしている海賊団に入れと要求してくる。しぶしぶ子供たちに付き合うことになったアレン。しかしその時、海には不気味な影がうごめいていた・・・！

神田は仲間のエクソシストからドイツ北部ダンケルン村の先にある街に元帥がいるという情報を受け、街へと急行する。しかしその途上には「帰らずの森」と呼ばれる、入ったら二度と戻ることが出来ないとの言い伝えの残る森が広がっていた。躊躇せず、その森の中へと入っていく神田。すると神田の前に、ゴズと呼ばれる教団のファインダーがあらわれる。彼によるとこの森でイノセンスを探索しているとき、突如アクマの攻撃を受け、命からがら逃げてきたという。やがて、ゴズを追ってきたアクマが神田の前に現れる！

アクマを倒し「帰らずの森」の奥、ダンケルン村に辿り着いた神田とゴズ。村はずれの池のほとり、しばしの休息の折に出会ったソフィアという名の少女を通じて、村へと入るふたり。やがてソフィアとその父を通じて、この村に伝わる忌まわしい魔女伝説を知ることに・・・。そして、その魔女伝説の背後には、ふたりの想像を絶する悲劇が潜んでいた…。神田による「魔女の棲む村」、ここに完結！

リナリーは、再びアレンと合流するために、スペインへと向かうことになった。そのためには、シュバルツバルトという森を抜けなければならない。「黒い森」と名付けられたそこは狼による犠牲者が後を絶たないことで知られていた。ゴズと共に森を抜けようとするリナリー。やがて、ふたりの前に狼の群れを逃れてきた一団の姿が…。折りしも少女ジェシカが行方不明だという。すると間もなく、少女の悲鳴が森の奥から聞こえてくる！救出に動き出すリナリーだが、とても間に合いそうにない。と、そのとき一陣の風が狼の群れを蹴散らす。やがて、姿を現した男は…スーマン・ダーク、黒の教団エクソシストだった。

元帥を捜してスペインへ向かう列車に乗り合わせるアレンとリナリー。しかしその列車が大量のアクマに襲われることに…。列車を離れアクマとの死闘におよぶ二人。闘いに勝利こそしたものの、待っていたのは広大なオリーブ畑のなかで迎える空腹な夜！途方にくれるのも束の間、二人はデボン率いる移動中のファインダー部隊に出くわすことになった。予期せぬ出会いに親交を深める一行だが、やがて彼らの前に現れるのは…。

ティエドール元帥を捜してバルセロナへと向かう神田とデイシャ。途中、辿り着いたのは見晴らしの良い高台。そこから見えるのは、広がる青い海と空。デイシャはやがて、故郷である海辺の街での日々を思い出す。少年時代、デイシャは、平穏でのんびりとした何もない毎日に苛立っていた。そんな時、街に突然見たこともないような怪物が現れる。その怪物の出現がデイシャの運命を大きく変えたのだった…。エクソシスト・デイシャの誕生ストーリー！

「バルセロナがアクマたちに襲われた」という報を受け、やっとの思いで街にたどり着いたアレンとリナリー。しかし彼らを出迎えたのはおびただしいほどの棺・・・仲間であるファインダーたちの死体だった。愕然とするアレン、泣き叫ぶリナリー。捜していたティエドール元帥は無事見つかり、多少ほっとしたものの、アレンとリナリーに衝撃的な事実が告げられる。それは、あるエクソシストの死だった・・・！

バルセロナでの大戦闘から数日後、アレンとリナリーはローズドリナという街に辿り着き、ラビとクロウリーと合流する。ローズドリナの街はちょうどバラ祭りと呼ばれる祭典の期間で、活気に満ちていた。しかしアレンたちはそんな街の雰囲気になじめない。多くの仲間が犠牲になった先の戦闘がどうしても頭から離れないのだ。自分の無力さを痛感し落ち込むアレンたち。しかしそんな彼らの前に再びアクマが現れる。

クロス元帥を追いボスポラス海峡までやってきたアレンたち。しかし天候が乱れ、海峡を前に足止め状態。仕方なく宿を求めるが、街の宿は同じ境遇の旅人たちで埋まっていた。長旅の疲れと空腹、さらに雨に濡れて冷えた体のアレンたちは倒れこむ寸前…。それでも何とか泊まれる場所を探そうと街を移動していると、目の前に一匹の猫が現れる。その猫の後に続いていくと、一軒の宿が！しかも空室有り!?さっそく泊まることにするアレンたちだが、その宿はなにやら怪しい雰囲気に満ちていた・・・。

海峡を渡りアジアへと入ったアレンたちは、ヨーロッパとは違った雰囲気を堪能する。しかしそんなアレンたちを狙うものがいた。ノアの一族の一人、ルル＝ベルとその部下でレベル２のアクマ、ミミの二人だ。ルル＝ベルは「変身」という特殊能力を使ってリナリーに化けるとクロウリーをアレンたちと引き離し、郊外へと連れ出す。だまされているのも知らないクロウリー。一方、アレンたちもクロウリーの危機を知りようがない・・・果たしてクロウリーの運命は！?

ノアの一族の一人、ルル＝ベルの策略によってアレンとクロウリーは、ラビ、リナリーの二人と離れ離れになっていた。リナリーたちと再び合流するために旅路を急ぐふたりだが、通りがかった村で若い男(セリム)が村人たちから叱責されているところに遭遇する。見過ごすことも出来ず、仲裁に入るふたり。するとセリムを囲んでいた村人の数名がアクマへと変身し、アレンや他の村人達を襲い始める！ふたりはアクマを撃退し、セリムに事情を聞いてみると、村のシンボルである石像が無くなり、犯人の疑いをかけられていたという。アクマにしても、セリムの話にしても、不吉な何かを感じるアレン…。

ルル＝ベルの策略によって引き離されてしまったもう一方のふたり、リナリーとラビ。折りしも、リナリーはアクマとの戦いで毒らしきものを体に浴び、その影響で体力を奪われ、憔悴しきっていた。ラビはそんなリナリーを気遣いながらアレンたちとの合流地点を目指す。

新たなエクソシスト、そしてまたイノセンスを捜して旅を続けるティエドール元帥、神田、マリ。三人はチェコの或る地方へと来ていた。そこで一行は建築家志望の青年クラウスに出会う。クラウスの話によると近くに「ヤーンの屋敷」と呼ばれる不思議な家があるという。芸術をこよなく愛するティエドールはクラウスの話に興味を覚え、屋敷に立ち寄ることに…。

コムイを通じて、離れ離れになったままのラビとリナリーがブックマンと共に中国に向かっていることを知るアレンとクロウリー。合流するためはヒマラヤ山脈を越えなければならない。シェルパの村で、山越えのための案内人を探すふたりだが、天候を危惧して誰もが「待つべきだ」と忠告する。そんななか、アミールという名の美しい青年が案内役を引き受ける。

遂に合流したアレン、クロウリー、リナリー、ラビ、ブックマンの五人は中国、麗江の街に辿り着く。しかし、その街は奇怪現象とも呼べるような水不足に襲われていた。街での情報収集にはアレンとリナリーが、いっぽう水源の調査にはラビ、クロウリーそしてブックマンが、それぞれに原因究明に乗り出すことに…。すると、水不足が深刻になった時期と時を同じくして店を閉めてしまったという占い師の話が、リナリーにもたらされる。水晶玉によって未来を占うという娘メイリンとその祖父によって営まれていたという店に足を運ぶリナリーとアレン、だが、そんなふたりを見逃さないアクマの姿が…。

アレンとリナリーはレベル２のアクマに連れ去られてしまったメイリンを捜すことに...。一方、ブックマンはメイリンの祖父からメイリンについての話を聞き出していた。祖父によれば、メイリンには水晶玉を使って未来を占う能力があり、そのためか時々悪夢に襲われてきた...と。特に最近はその悪夢を見る頻度が高くなり、内容も深刻なものだったという。そして、そんな娘を哀れに思った祖父はある行動に...。メイリンと街の水源である湖水の謎が、いよいよ明らかになる！

メイリンがイノセンスの適合者であり、まだ未完成ではあるものの「厄介な力を持っている」という報告を受けた千年伯爵は、ルル＝ベルにメイリンの持つイノセンスについて、詳しく調べるように命令する。

その命令を聞いたミミは、ルル＝ベルの負担を少しでも減らすことが出来るのならば...と、自らメイリンの能力を探る任務を買って出ることに...。しかし、執拗な使命感に駆られるミミに対して、ルル＝ベルは...。

メイリンが持つイノセンスの能力を探るための作戦に乗り出したミミだが、ルル＝ベルに認められたいという気持ちが事態を空回りさせ、アレンたちからの猛攻を受けてしまう。結局ルル＝ベルによって助けられるミミだが、「メイリンのイノセンスを破壊する」という次の作戦を前に、ルル＝ベルはミミの作戦参加を認めない。ルル＝ベルを助けることが「生きることの意味」と結びついて自らを支えてきたミミは激しく傷つき、そして…。

コムイからメイリンが無事、故郷に帰った事を聞き、またクロス元帥が無事である事を知った一行はいよいよ広州へやって来る。そして、クロス元帥の足取りを辿り「天青楼」にたどり着くと店主のアニタ、マホジャに出会う。サポーターでもあるアニタはクロス元帥がすでに船で旅立ち、敵に撃沈されたと告げる。しかし「僕の師匠は、そんな事では沈みませんよ」というアレンの一言に船を出す決心をするアニタ。一行はついに東へ向かう準備を始める。