Un jeune garçon arrive à Londres : il a les cheveux blancs et une étrange cicatrice sur le côté gauche de son visage. Ce garçon, c’est Allen Walker et il se rend au quartier général des Exorcistes.

Allen arrive enfin devant le chateau de l'Ordre de l'Ombre, QG des exorcistes. Mais il se voit refoulé par le Gardien qui décrète qu'il est un Akuma et il se voit contraint d'affronter un autre exorciste du nom de Kanda.

Komui envoie Allen sur sa première mission en compagnie de Kanda. Ils doivent récupérer un fragment d'Innocence dans une ville abandonnée d'Italie, Mater. Mais les Akuma sont déjà sur place.

Allen se trouve en difficulté face à l'Akuma qui a évolué au niveau 2 lui donnant la capacité de prendre l'apparence de n'importe quel autre être humain. Pendant ce temps, Kanda s'occupe de Guzol et du fantôme de la ville qui abrite le fragment d'Innocence.

Kanda et Allen se sont réfugiés dans le sous-sol de la ville avec Lala et Guzol où ils apprennent enfin la vérité. C'est alors que l'Akuma les retrouve et que s'engage la bataille finale pour la possession de l'Innocence.

Sur le chemin du QG, Allen rencontre un jeune garçon, Jean, fils de l'un des scientifiques de l'Ordre qui patrouille à la recherche d'Akuma.

Alors qu'il affronte le Comte, Allen dévoile une partie de son passé.

Komurin II, le robot mis au point par Komui pour aider l'équipe scientifique, devient incontrôlable. C'est à Allen et aux scientifiques de trouver un moyen de le neutraliser avant qu'il ne réduise le QG de l'Ordre en cendre.

Allen, accompagné de Lenalee, est envoyé dans une ville allemande qui revit sans arrêt la même journée ce qui prouverait la présence d'un fragment d'Innocence.

Allen et Lenalee cherchent à comprendre pourquoi seule Miranda Lotto revit la journée et s'en rend compte. Mais les choses se compliquent lorsqu'ils sont tous les trois capturer par une certaine Road Kamelot qui peut commander les Akuma.

Allen découvre que Road est une humaine travaillant pour le Comte Millénaire. Il engage le combat afin de libérer Miranda et Lenalee mais est grièvement blessé...

Miranda a réussi à activer son Innoncence qui permet à Allen et Lenalee de se soigner. Tous deux continuent à se battre contre Road.

Allen est envoyé en mission avec Kanda, Lavi et Bookman pour enquêter sur une ville souffrant de dérèglement climatique provoquant une alternance entre tempêtes de neige et vents chauds.

Allen, Lavi et Kanda découvrent la raison des dérèglements du climat : un fragment d'Innocence dissimulé dans un arbre.

Komui envoie Lenalee et Allen à Rome sur les traces de Kenda qui n'a pas donné signe de vie depuis un certain temps alors qu'il recherchait un fragment d'Innocence.

Allen et Lenalee ont retrouvé Kanda qui affronte un guerrier millénaire qu'il doit absolument battre pour récupérer le fragment d'Innocence.

Apercevoir Lenalee avec Russell et apprendre qu'ils doivent aller en ville ensemble rend Komui fou. Ce dernier décide de saborder la sortie de sa soeur à l'aide d'un nouveau Komurin. L'équipe des scientifiques, Allen et Lavi font leur possible pour éviter le désastre.

Komui envoie Allen, au grand désespoir de celui-ci, en Transylvanie sur les traces de son maître, le Général Cross Marian, porté disparu depuis 3 ans. A peine arrivé sur place, les villageois lui demande de les débarasser du vampire qui habite dans le chateau voisin.

Allen, accompagné de Lavi qui se trouvait sur place, se rend au chateau du Baron Aristar Krory afin d'y débusquer le vampire. Mais au cours de leur exploration des lieux, les deux exorcistes font une troublante découverte concernant les victimes.

Eliade pousse Krory à attaquer Allen et Lavi. Le premier est rapidement mis au de combat. Lavi engage alors le combat tout en tentant d'expliquer à Krory la réalité de sa situation.

Eliade explique à Allen la raison qui la pousse à rester auprès de Krory. Ce dernier affronte toujours Lavi. L'oeil gauche d'Allen semble développer une nouvelle capacité qui affecte les autres exorcistes autour de lui.

Krory affronte Eliade. A l'issu du combat, il doit décider s'il veut accompagner Lavi et Allen pour devenir un exorciste.

Allen et Lavi escortent Krory, qui a décidé de devenir un exorciste, jusqu'au quartier général de l'Ordre.

Komui envoie Allen effectuer une livraison au Général Yeegar.

Allen et lenalee se porte au secours du Général Yeegar attaqué par Road et Tyki qui recherchent pour le Comte Millénium un fragment d'Innocence très particulier appelé le Coeur. Kanda reçoit un message bien partuculier du Comte qu'il transmet aussitôt à Komui.

Alors que Komui les a envoyés à la recherche du Général Cross, Allen raconte à Lenalee son apprentissage aux côtés de son maître.

Krory effectue sa première mission en tant qu'exorciste en compagnie de Lavi et de Bookman.

A la recherche d'une piste sur le Général Cross, Allen et Lenalee se rendent à Liverpool pour rencontrer Mother, une femme chez qui Allen et son Maître ont habité, dans l'espoir qu'elle ait des informations sur ce dernier.

Allen tente de réconforter Liza afin qu'elle ne sombre pas dans le désespoir. De son côté, Lenalee enquête pour découvrir pourquoi tant d'Akuma apparaissent dans la ville.

Lenalee part à la recherche de Miranda Lotto qui ne s'est toujours pas présentée au QG de l'Ordre.

Alors qu'il est sur le chemin du retour pour l'Ordre, Allen se retrouve coincé dans un port faute de bateaux. Il rencontre un groupe de jeunes garçons qui prétend que la baie abrite des pirates qui coulent les navires entrant.

Kanda, à la recherche du Général qu'il doit protéger, tombe sur un Finder qui attend un exorciste. . Alors qu'ils doivent traverser la forêt sans retour, ils sont attaqués par des Akuma. Kanda finit dans un village soit-disant habité par une sorcière.

Alors qu'ils mènent leur enquête dans le village, Gozu et Kanda rencontrent Sophia qui leur raconte l'histoire de la sorcière.

Gozu qui doit rejoindre un autre exorciste demande à Lenalee de l'escorter après avoir entendu des rumeurs de loups attaquant des hommes dans la forêt. Ils retrouvent Suman Dark, l'exorciste que le finder doit accompagner alors qu'ils interviennent pour sauver un groupe de réfugiés.

Toujours à la recherche du Général Cross, Allen et Lenalee doivent affronter un nombre sans cesse croissant d'Akuma qui agissent en groupe massif. Le Comte confie à chaque membre du groupe Noah la charge d'éliminer un exorciste.

Daisiya Barry se remémore sa rencontre avec le Général Froi Tiedoll et comment ce dernier l'a recruté pour faire de lui un exorciste.

Kanda et Daisya retrouvent Marie, un autre exorciste, alors qu'ils se rendent à Barcelone pour y retrouver le Général Tiedoll. Sur place, les Finders préparent la défense de la ville contre l'attaque imminente de la horde d'Akuma.

Allen et Lenalee sont en route pour Barcelone tandis que Daisya engage le combat avec Tiky Mikk du clan Noah.

Lenalee et Allen retrouvent Krowy et Lavi qui doivent les rejoindre et les aider à retrouver le Général Cross.

Allen, Lenalee, Lavi et Krowy se retrouvent coincés dans une ville portuaire en raison d'une grosse tempête. Alors qu'ils cherchent un abri pour la nuit, ils croisent un nouveau membre du clan Noah chargé de les éliminer.

Le groupe a finalement réussi a traversé le détroit et se retrouve en Orient. Lulubell est toujours sur leur trace et cherche un moyen de les séparer afin de les éliminer un par un.

Krowy et Allen cherchent un moyen de rejoindre Lenalee et Lavi, le groupe ayant été séparé par Lulubell. Ils arrivent dans un village où une statue ancienne se serait mise à se déplacer toute seule.

Lavi tente de rejoindre Bookman pour qu'il soigne Lenalee, gravement malade suite à l'attaque de Lulubell qui les a séparée d'Allen et Krowy. En chemin, il secoure une servante attaquée par un Akuma sans savoir qui se cache réellement derrière ce déguisement.

Kanda, Mary et le général Tiedoll tombent dans un piège tendu par des Akumas dans un étrange manoir.

Allen et Krory doivent traverser l'Himalaya afin de rejoindre Lavi, Lenalee et Bookman qui se trouvent à Lhasa au Tibet. Mais ils tombent dans un piège tendu par Lulubell et Mimi.

Lenalee, Allen, Krory, Lavi et Bookman continuent leur voyage sur les traces du Général Cross. En chemin, ils arrivent dans un village dont la source d'eau s'est mystérieusement asséchée...

Le groupe découvre que Mei-Ling est l'hôte d'une innocence qui lui permet de prévoir l'avenir. Ils doivent à tout prix la protéger des Akumas pour la ramener au QG de l'Ordre.

Mimi prend des risques inconsidérés afin récupérer l'innocence de Mei-Ling et affronte les exorcistes.

Lenalee, Lavi, Allen, Krory et Bookman se sont mis en route afin de conduire au plus vite Mei-Ling au QG asiatique de l'Ordre. Mais ils sont harcelés par les Akumas dirigés par Lulubell qui a reçu l'ordre du Comte de récupérer et détruire l'innoncence.

Le groupe arrive en Chine. Après avoir enquêté, ils trouvent une piste afin de localiser le Général Cross qui les mène tout droit à une sympathisante de l'Ordre qui a été sa petite amie pendant un temps.