少年の名はアレン・ウォーカー。彼はＡＫＵＭＡ(アクマ)を破壊するエクソシストとして正式に認められるため、黒の教団へと挨拶に向かう。その途中、ある廃屋で女性警官のモアに職務質問される。そこでは何人もの旅人が行方不明になる事件が起きていたのだ。アレンは少年ながら白髪であるという外見と、夜に一人でそんな場所にいたことを理由に不審がられる。その時、闇を切り裂く悲鳴が響き渡り…。

エクソシストの総本部、黒の教団の門前にたどりついたアレン。監視カメラでその様子を見ていた黒の教団内部から、門番の身体検査を受けるように言われる。すると、不気味な大きな顔の形をした扉が、アレンをアクマか人間かを判別しはじめた。そしてアレンの左目に呪われた印をみつけると、大声でアクマの仲間だと言われてしまう。その時、宙から日本刀を持った青年が現れ、いきなりアレンに斬りかかってきた！

黒の教団のエクソシストになっての初任務。アレンはケンカの絶えない同じエクソシストの神田ユウと組むことになり前途多難の予感…。室長のコムイ・リーより、南イタリアで発見されたという神の結晶（イノセンス）の回収を命じられ、探索部隊であるトマと３人で出動する。だが、先に現地に向かった探索部隊の者たちと連絡がとれない。アレンたちが急いで向かうと、そこでは探索部隊が３体ものアクマに襲われていた！

アレンはレベル２に進化したアクマに苦戦する。このアクマは鏡のように対象物を写し取り、能力までもコピーする力をもっていた。アレンはうかつにも自分の姿と左腕のイノセンスの能力をコピーされてしまう。一方、神田はイノセンスを持つ老人グゾルと、一緒にいた少女ララをアクマから救出する。グゾルは、自分は人間ではなくイノセンスの力によって生命を得た人形だという。

イノセンスを所有していたのは、グゾルではなくララの方であった。ララがイノセンスの力により生命を得た人形だったのだ。ララはグゾルの死期が近いこと、グゾルの死まで自分は彼の人形としてそばにいさせて欲しいとアレンに言う。それを聞いた神田は、一刻も早くイノセンスを回収すべきだと主張するが、アレンはララの言葉に同調し、イノセンスの回収を拒絶する。だがその時、アレンたちを追ってきたアクマが現われ…。

アレンは回収したイノセンスを黒の教団に持ち帰る途中、街でアクマに襲われそうになっていた少年ジャンを助ける。ジャンはアレンを見て、本物のエクソシストを見たと大興奮。実はジャンの父親は黒の教団の科学班に在籍しており、その父の資料を見てアクマやエクソシストの存在に関心を持ったという。そして自らもアクマを退治しようと意気込んでいた。アレンはそんなジャンに、危険だからアクマに関わるのは止めるように言うが…。

ジャンの親友レオは、すでに千年伯爵によってアクマにされていた。アレンは千年伯爵を前にして、左手のイノセンスを開放し戦闘体制に入る。そこに駆けつけるリナリーとトマ。彼らの前で千年伯爵が叫ぶ。「お前はアレン・ウォーカー！父親をアクマにした、あの時のガキですネ!!」伯爵と対峙するアレンは自分の過去を話はじめる。それを息を呑んで聞くリナリーとジャンとトマ。アレンの左目にまつわる過去が明らかになる…！

黒の教団の科学班は、今日も資料の山に埋もれながら徹夜で作業し疲れきっていた。そこへコムイが万能ロボット「コムリンII」を発明したとやってくる。これで科学班の仕事もぐんと楽になると聞き、喜ぶ科学班たち。だが、リナリーの運んできたコーヒーを「コムリンII」が飲んでしまい、制御不能となり暴走を始めてしまう。教団内は暴れる「コムリンII」で崩壊の危機に…！

コムイより、ある街へイノセンスを探しに向かうように言われるアレンとリナリー。そこでは時間が巻き戻り、同じ日を何度もくり返すという奇怪現象が起きていた。その巻き戻しの街についたアレンたちは、早速イノセンスを探しはじめる。そこで、アクマに襲われていた女性、ミランダ・ロットーを助ける。彼女はこの街の異変に気付いている唯一の街人のようだが…。

ミランダはイノセンスに接触している可能性のある人物として、アクマから狙われてしまっていた。アレンとリナリーはミランダを守るため、彼女の家を訪れる。内気でドジだと自らのことをいうミランダは、これまで人から「ありがとう」と感謝されたことがないという。そして古時計だけを友達として大切にしていた。驚いたことにその古時計が12時を示すそのとき、街中の空間に異変が起こる・・・！

奇怪が起こる巻き戻しの街で、「ノア一族」と名乗る少女ロード・キャメロットの作る異空間に捕われてしまうアレンとリナリーとミランダ。ロードは千年伯爵やアクマの仲間であるが人間だと語る。アレンはロードの人間離れした能力の攻撃に防戦一方で、反撃をしようにもアクマではないロードには攻撃することができない。そんなアレンを嘲笑うかのように、ロードの放つ攻撃がアレンの体を容赦なく貫いていく…！

イノセンスはミランダの大切にしていた古時計で、ミランダはイノセンスの適合者であった。イノセンスはミランダの意識によって発動し、傷ついたアレンとリナリーの時間を吸い出し元どおりにする力をもっていた。アレンはミランダに感謝の言葉をかけると、ふたたびリナリーと共にロードに戦いを挑む！

謎に包まれたノアの一族のロードキャメロットによって深い傷を負ってしまったアレンだが、駆けつけたコムイとブックマンと呼ばれるエクソシストによって治療を施され回復する。しかし集中的に攻撃された左眼は完治せず、左眼の能力によってアクマを探知してきたアレンは、いつ襲ってくるかもしれないアクマの恐怖を始めて味わう。こんな窮状にも容赦なく襲ってくるアクマたち。アレンはこの局面をどう乗り切る！？

出会ったばかりのエクソシスト、ラビと険悪極まりない仲の神田とパーティーを組んで、コムイから通達された任務を遂行することになったアレン。その任務の内容というのはとある地方でもの凄い吹雪になったかと思うと、突然熱風が吹きすさぶという異常気象が発生しており、その現象にイノセンスが関係している可能性があるので確かめるというもの。事件の発生している現場に到着し、豪雪の中を進むアレンたち。その前に遭難しかけた親子が現れる。アレン達が救出するとその親子は深刻な事情を抱えていることが判明する・・・。

イノセンスの匂いをかぎつけて集まってきたアクマたちと一戦交えたアレンたち。しかしエルダとフレイを庇いながらの戦闘は劣勢を極め、小屋へと一時避難する。小屋に身を潜めながら、エルダはフレイが「復活の葉」に執拗にこだわる理由を語る。昔、火事によってフレイにとっては息子、エルダにとっては弟となる男の子を亡くしていた二人。フレイのこだわりはその男の子の命を復活させたい思いからくるものだった。アレンは命の復活を願う心は千年伯爵を呼びつけてしまう…と心配する。しかしそんなアレンをよそにフレイは単身、アクマがうろつく外へと出て行く。ほかでもない「復活の葉」を求めて・・・！

コムイの元にローマでイノセンスが発見されたとの報が入る。しかしそのイノセンスがあるという闘技場の周りには大量のアクマが存在していて中に入れず、しかもその現場にいるはずの神田とは音信不通となってしまっているという。コムイからイノセンスの回収と神田の身の安全の確認を頼まれたアレンはリナリーと共にローマへと急ぐ。しかしアレンたちのこれから向かう土地には千年前から生き続ける不死の剣闘士の伝説が残っていた・・・！

剣闘士伝説の街、神田とアレンを窮地に追い込むビットリオ。身動きのとれない神田にビットリオは止めを刺そうと近づく。しかしアレンがそれを防ごうとビットリオに攻撃を仕掛ける。ビットリオの鉈のような大剣は、アクマの攻撃にも耐えられるはずのアレンの腕に大きな傷をつける。この大剣には、なんとイノセンスが…。共にピンチを迎えるアレンと神田！しかしその時、女性の声が響き渡り、ビットリオの動きを制する。声の主はクラウディア。やがて明かされる剣闘士伝説とは？

黒の教団のアイドルであり、兄コムイにとっては目に入れても痛くないほどの存在、リナリー。そんなリナリーがあるとき街に買い物に行くと言う。驚きなのが一緒に行くのがなんと科学班のラッセルだという。所帯持ちのラッセルとはいえ、何か間違いがないかと気が気ではないコムイは、リナリーとラッセルの後をコムリン２改を連れて尾行する。アレンやラビはコムイが暴走するのを防ぐため、しぶしぶコムイについて行く事に。しかしその時、街ではとんでもないアクマが黒の教団の面々を待ち構えていたのだった・・・！！

コムイから消息不明になっているクロス元帥を探し出してくるように、という指令を受けたアレンとラビは汽車に乗りとある村で途中下車をする。すると村人達が回りに集まってくる。そしてクロウリーという名の古城にすむ吸血鬼を倒して欲しいと懇願される。突然出た吸血鬼の話に半信半疑のアレンとラビ。しかし村人からさらに話をききだすとどうやらこの吸血鬼騒動にはクロスが関わっていることが判明する。アレンたちは仕方なく吸血鬼退治の役割をひきうけることに・・。

「この村にある古城には吸血鬼がいる」と村人から聞かされてはいたものの半身半疑だったアレンとラビだったが、目の前に鋭い牙をむき出しにして村人に襲い掛かる吸血鬼・クロウリーを目の当たりにする。クロウリーを撃退しようとするアレンとラビだがクロウリーは、とても強く、獰猛でアレンとラビのコンビプレーによる攻撃も通用しない。しかもアレンは戦いの最中、クロウリーに血を吸われてしまう。アレンは吸血鬼になってしまうのか！？

村人達から吸血鬼と恐れられるクロウリーと戦うアレン。しかしその戦いの中でアレンとラビはクロウリーに対してある疑問を覚える。クロウリーが襲った村人達すべてにその人物がアクマである証拠である「ペンタクル」の文様が浮かんでいたのだ。しかしアレンがそのことに気をとられているとクロウリーに強烈な一撃を喰らってしまい、城の中へと吹き飛ばされてしまうことに。アレンはその城の中から抜け出そうとすると、ふとした拍子から隠し部屋へと入り込んでしまう。するとその部屋からは謎の女性のうめき声が響いていた・・・！

アレンは左眼の能力をとりもどしたアレンはエリアーデがアクマだと見抜く。それを機にアレンとエリアーデの戦闘が始まる。一方ラビはクロウリーとの戦いが続いていた。ラビは巨大な槌を振るうも、クロウリーに軽々とうけとめられてしまう。さらに地面にたたきつけられて絶体絶命のピンチに。クロウリーの強烈な一撃を覚悟したラビだがクロウリーは突然、胸を押さえ、苦しみの咆哮をあげる。そしてエリアーデの血を求めはじめる。勝機と思ったラビはイノセンスを第二解放し、クロウリーに攻撃をしかける。果たしてこの闘いの決着は！？そしてアレンとエリアーデの戦いの行方は・・・！？

自分がエクソシストであり、長年一緒に連れ添ったエリアーデがアクマと知ったクロウリーはエリアーデに襲いかかる。エリアーデは口から触れたものの水分を蒸発させる泡を出してクロウリーに対抗する。そのころアレンとラビは食人花につかまり、悪戦苦闘していてクロウリーを援護できずにいた。戦いながらもクロウリーはエリアーデを愛する気持ちを捨てきれずにいた。しかしエリアーデはクロウリーに泡をぶつけ体中の水分を奪い取ってしまう。吸血鬼の疑いをかけられた男と美しきアクマの悲しい愛の物語ここに完結！

イノセンスの適合者としてアレンやラビと黒の教団へ向かうことになったクロウリーだが、長年自分の住まいであるお城に引きこもっていた彼は見るもの、さわるものすべてが初体験！　なれない世界に面をくらったクロウリーは、大暴走してそこかしこで騒動を起こす！アレンとラビはその後始末にてんてこまい。果たしてアレン、ラビ、クロウリーは果たして無事黒のｌ教団までたどり着くことができるのか！？

コムイの命令により、元帥の内の１人イエーガーのもとに荷物を届けることになったアレン。しかし待ち合わせに指定された場所オランダにはイエーガーはおらず、情報によると新しく発見されたイノセンスを追ってベルギーにいるという。アレンもイエーガーを追ってベルギーに向かうが、たどり着いた街にはなんとアクマが・・・！

イェーガー元帥と友好を深めたアレンは清しい気持ちで黒の教団への帰途につくが、その途中でイェーガーがアクマたちに襲撃されたという報が入る。

イエーガー元帥が襲撃されるという事件を経て、クロス元帥を探し出し、護衛に当たるという任務についたアレンとリナリー。二人はクロスゆかりの土地リバプール方面へと急ぐ。しかしアレンは今回の任務に対して気が乗らない。修行中散々な目に合わされたからだ。アレンの頭の中にかつての苦い思い出が次々と甦ってきて・・・！

エクソシストになってはじめての任務に向かうクロウリー。付き添いのラビ、ブックマン、トマと共に、住人が姿を消すという事件が起きている村へと向かう。手がかりを求め村を捜査するクロウリー一行。すると子供達から、「この村にはいい怪物がいる」との情報が。駆けつけてみるとそこにはレベル２のアクマの姿が。しかも本当に誠実で優しく、人を殺したりするような感じではない。このようなアクマの存在に戸惑う一同。果たしてこのアクマの存在とは一体？

リバプール方面へと向かうアレンとリナリー。目的は修行時代にクロスとともにお世話になったマザーという人物を訪ね、彼女にクロスの行方を聞くためだった。しかしマザーの住む街に入るとアクマの群に襲われるアレンとリナリー。群を撃退するも、いやな予感は消えない。そして無事マザーと再会するが、マザーもクロスの行方については知らないという。落胆するふたりだが、この街ではこの半年間にアクマが大量に発生していると聞き調査に乗り出す。

街で大量発生するアクマの原因として病院が怪しいとあたりをつけたリナリーは病院に潜入する。一方アレンは、恋人をなくしたリーザという女性に付き添い、リーザが悲しみのあまり亡くなった恋人をアクマとして復活させないように見張っていた。アレンは己の過去の話をしてリーザの悲しみを癒してゆく。そのとき、リナリーは探偵よろしく病院内で怪しい人物について調べていた。一体、この事件の犯人とは・・・！？

エクソシストになると決めて、故郷の町から出たのはいいもののお付のファインダーとはぐれてしまい、迷っていまだに黒の教団にたどり着けないミランダ。財布もすられてしまい途方にくれていると、親切な旅芸人、ゲイリーとイザベラたちに出会う。彼らとしばらく行動を共にすることに決めたミランダは色々お手伝いをしようとするが相変わらず失敗ばかりして裏目裏目の結果ばかり。しかしゲイリーたちはミランダを決して怒らず優しい。それどころか仲間にならないかと誘ってくれる。エクソシストになると決めていたミランダの心が揺れ始める・・・！

クロスを捜して旅を続けるアレン。途中、港について海を渡ろうとすると定期船が海賊船に沈められてしまい、今日中には渡れないという。しょうがなく一泊しようと宿に泊まると、その宿の一人息子アーチにティムキャンピーが捕まってしまう。アーチはアレンにテイムを返して欲しければ自分がリーダーをしている海賊団に入れと要求してくる。しぶしぶ子供たちに付き合うことになったアレン。しかしその時、海には不気味な影がうごめいていた・・・！

神田は仲間のエクソシストからドイツ北部ダンケルン村の先にある街に元帥がいるという情報を受け、街へと急行する。しかしその途上には「帰らずの森」と呼ばれる、入ったら二度と戻ることが出来ないとの言い伝えの残る森が広がっていた。躊躇せず、その森の中へと入っていく神田。すると神田の前に、ゴズと呼ばれる教団のファインダーがあらわれる。彼によるとこの森でイノセンスを探索しているとき、突如アクマの攻撃を受け、命からがら逃げてきたという。やがて、ゴズを追ってきたアクマが神田の前に現れる！

アクマを倒し「帰らずの森」の奥、ダンケルン村に辿り着いた神田とゴズ。村はずれの池のほとり、しばしの休息の折に出会ったソフィアという名の少女を通じて、村へと入るふたり。やがてソフィアとその父を通じて、この村に伝わる忌まわしい魔女伝説を知ることに・・・。そして、その魔女伝説の背後には、ふたりの想像を絶する悲劇が潜んでいた…。神田による「魔女の棲む村」、ここに完結！

リナリーは、再びアレンと合流するために、スペインへと向かうことになった。そのためには、シュバルツバルトという森を抜けなければならない。「黒い森」と名付けられたそこは狼による犠牲者が後を絶たないことで知られていた。ゴズと共に森を抜けようとするリナリー。やがて、ふたりの前に狼の群れを逃れてきた一団の姿が…。折りしも少女ジェシカが行方不明だという。すると間もなく、少女の悲鳴が森の奥から聞こえてくる！救出に動き出すリナリーだが、とても間に合いそうにない。と、そのとき一陣の風が狼の群れを蹴散らす。やがて、姿を現した男は…スーマン・ダーク、黒の教団エクソシストだった。

元帥を捜してスペインへ向かう列車に乗り合わせるアレンとリナリー。しかしその列車が大量のアクマに襲われることに…。列車を離れアクマとの死闘におよぶ二人。闘いに勝利こそしたものの、待っていたのは広大なオリーブ畑のなかで迎える空腹な夜！途方にくれるのも束の間、二人はデボン率いる移動中のファインダー部隊に出くわすことになった。予期せぬ出会いに親交を深める一行だが、やがて彼らの前に現れるのは…。

ティエドール元帥を捜してバルセロナへと向かう神田とデイシャ。途中、辿り着いたのは見晴らしの良い高台。そこから見えるのは、広がる青い海と空。デイシャはやがて、故郷である海辺の街での日々を思い出す。少年時代、デイシャは、平穏でのんびりとした何もない毎日に苛立っていた。そんな時、街に突然見たこともないような怪物が現れる。その怪物の出現がデイシャの運命を大きく変えたのだった…。エクソシスト・デイシャの誕生ストーリー！

バルセロナ。ティエドール元帥がいるとされる街は、未曾有の危機を迎えていた。元帥を狙ってアクマたちが大挙して襲いかかってきたのだ。バルセロナの街に詰めていたファインダーたちは、結界装置を用いてアクマたちの侵攻を食い止めようとするが、アクマの数、強さ共に圧倒的で街への侵入を阻止できない。総力戦になり、ファインダーたちは次々に命を落としていく。このままでは全滅も間近・・・その時、白刃をふるう、頼れるあの男が戦場と化したバルセロナに降り立った！

「バルセロナがアクマたちに襲われた」という報を受け、やっとの思いで街にたどり着いたアレンとリナリー。しかし彼らを出迎えたのはおびただしいほどの棺・・・仲間であるファインダーたちの死体だった。愕然とするアレン、泣き叫ぶリナリー。捜していたティエドール元帥は無事見つかり、多少ほっとしたものの、アレンとリナリーに衝撃的な事実が告げられる。それは、あるエクソシストの死だった・・・！

バルセロナでの大戦闘から数日後、アレンとリナリーはローズドリナという街に辿り着き、ラビとクロウリーと合流する。ローズドリナの街はちょうどバラ祭りと呼ばれる祭典の期間で、活気に満ちていた。しかしアレンたちはそんな街の雰囲気になじめない。多くの仲間が犠牲になった先の戦闘がどうしても頭から離れないのだ。自分の無力さを痛感し落ち込むアレンたち。しかしそんな彼らの前に再びアクマが現れる。

クロス元帥を追いボスポラス海峡までやってきたアレンたち。しかし天候が乱れ、海峡を前に足止め状態。仕方なく宿を求めるが、街の宿は同じ境遇の旅人たちで埋まっていた。長旅の疲れと空腹、さらに雨に濡れて冷えた体のアレンたちは倒れこむ寸前…。それでも何とか泊まれる場所を探そうと街を移動していると、目の前に一匹の猫が現れる。その猫の後に続いていくと、一軒の宿が！しかも空室有り!?さっそく泊まることにするアレンたちだが、その宿はなにやら怪しい雰囲気に満ちていた・・・。

海峡を渡りアジアへと入ったアレンたちは、ヨーロッパとは違った雰囲気を堪能する。しかしそんなアレンたちを狙うものがいた。ノアの一族の一人、ルル＝ベルとその部下でレベル２のアクマ、ミミの二人だ。ルル＝ベルは「変身」という特殊能力を使ってリナリーに化けるとクロウリーをアレンたちと引き離し、郊外へと連れ出す。だまされているのも知らないクロウリー。一方、アレンたちもクロウリーの危機を知りようがない・・・果たしてクロウリーの運命は！?

ノアの一族の一人、ルル＝ベルの策略によってアレンとクロウリーは、ラビ、リナリーの二人と離れ離れになっていた。リナリーたちと再び合流するために旅路を急ぐふたりだが、通りがかった村で若い男(セリム)が村人たちから叱責されているところに遭遇する。見過ごすことも出来ず、仲裁に入るふたり。するとセリムを囲んでいた村人の数名がアクマへと変身し、アレンや他の村人達を襲い始める！ふたりはアクマを撃退し、セリムに事情を聞いてみると、村のシンボルである石像が無くなり、犯人の疑いをかけられていたという。アクマにしても、セリムの話にしても、不吉な何かを感じるアレン…。

ルル＝ベルの策略によって引き離されてしまったもう一方のふたり、リナリーとラビ。折りしも、リナリーはアクマとの戦いで毒らしきものを体に浴び、その影響で体力を奪われ、憔悴しきっていた。ラビはそんなリナリーを気遣いながらアレンたちとの合流地点を目指す。

新たなエクソシスト、そしてまたイノセンスを捜して旅を続けるティエドール元帥、神田、マリ。三人はチェコの或る地方へと来ていた。そこで一行は建築家志望の青年クラウスに出会う。クラウスの話によると近くに「ヤーンの屋敷」と呼ばれる不思議な家があるという。芸術をこよなく愛するティエドールはクラウスの話に興味を覚え、屋敷に立ち寄ることに…。

コムイを通じて、離れ離れになったままのラビとリナリーがブックマンと共に中国に向かっていることを知るアレンとクロウリー。合流するためはヒマラヤ山脈を越えなければならない。シェルパの村で、山越えのための案内人を探すふたりだが、天候を危惧して誰もが「待つべきだ」と忠告する。そんななか、アミールという名の美しい青年が案内役を引き受ける。

遂に合流したアレン、クロウリー、リナリー、ラビ、ブックマンの五人は中国、麗江の街に辿り着く。しかし、その街は奇怪現象とも呼べるような水不足に襲われていた。街での情報収集にはアレンとリナリーが、いっぽう水源の調査にはラビ、クロウリーそしてブックマンが、それぞれに原因究明に乗り出すことに…。すると、水不足が深刻になった時期と時を同じくして店を閉めてしまったという占い師の話が、リナリーにもたらされる。水晶玉によって未来を占うという娘メイリンとその祖父によって営まれていたという店に足を運ぶリナリーとアレン、だが、そんなふたりを見逃さないアクマの姿が…。

アレンとリナリーはレベル２のアクマに連れ去られてしまったメイリンを捜すことに...。一方、ブックマンはメイリンの祖父からメイリンについての話を聞き出していた。祖父によれば、メイリンには水晶玉を使って未来を占う能力があり、そのためか時々悪夢に襲われてきた...と。特に最近はその悪夢を見る頻度が高くなり、内容も深刻なものだったという。そして、そんな娘を哀れに思った祖父はある行動に...。メイリンと街の水源である湖水の謎が、いよいよ明らかになる！

メイリンがイノセンスの適合者であり、まだ未完成ではあるものの「厄介な力を持っている」という報告を受けた千年伯爵は、ルル＝ベルにメイリンの持つイノセンスについて、詳しく調べるように命令する。

その命令を聞いたミミは、ルル＝ベルの負担を少しでも減らすことが出来るのならば...と、自らメイリンの能力を探る任務を買って出ることに...。しかし、執拗な使命感に駆られるミミに対して、ルル＝ベルは...。

メイリンが持つイノセンスの能力を探るための作戦に乗り出したミミだが、ルル＝ベルに認められたいという気持ちが事態を空回りさせ、アレンたちからの猛攻を受けてしまう。結局ルル＝ベルによって助けられるミミだが、「メイリンのイノセンスを破壊する」という次の作戦を前に、ルル＝ベルはミミの作戦参加を認めない。ルル＝ベルを助けることが「生きることの意味」と結びついて自らを支えてきたミミは激しく傷つき、そして…。

コムイからメイリンが無事、故郷に帰った事を聞き、またクロス元帥が無事である事を知った一行はいよいよ広州へやって来る。そして、クロス元帥の足取りを辿り「天青楼」にたどり着くと店主のアニタ、マホジャに出会う。サポーターでもあるアニタはクロス元帥がすでに船で旅立ち、敵に撃沈されたと告げる。しかし「僕の師匠は、そんな事では沈みませんよ」というアレンの一言に船を出す決心をするアニタ。一行はついに東へ向かう準備を始める。

出港して間もなくだった。左目の反応したアレンがマストに上がり遠方を確かめると、空を覆う黒い塊が猛烈な勢いで接近してくる！それは今までに出会ったことのないアクマの大群だった。またたく間に戦場と化していく甲板、苦戦を強いられるエクソシストと船員たち。アクマに足を捕まれたアレンは、応戦しながらも上空の大群のなかへ呑み込まれてしまう。そしてアレン救出に向かうリナリー。海上から山間部の上空へと移動するアクマの大群からかろうじて離れた二人だが、降り立った村には、白い巨大な物体が浮かんでいた・・・。

アクマの大群はそれが目的であったかのように白い巨大な物体に次々と攻撃を仕掛けた。やがて、物体の胸の部分に穴が開き、そこには人間の上半身が覗かれた。「スーマン…？」半信半疑のうちにつぶやいたリナリーは、やがて、叫び声を上げて取り乱す。驚くアレンを前にリナリーの絞り出すような声が続いた。「咎落ち…使徒の…なり…そこない」イノセンス不適合者が無理にシンクロしようとすることによって起こる事態が何故スーマンを襲ったのか…！

「咎落ち」の状態にあるスーマンの内部に取り込まれたアレンは、そこでスーマンの実体というべき存在と遭遇する。アレンは破壊行動をやめるように説得するが、スーマンはエクソシストと神に対する怨念の塊のようになっており、まるで聞く耳をもたない。

　その時「咎落ち」状態の白き巨大な体は人里近くまで接近していた。このままでは村は破壊されてしまう。アレンはスーマンの体の内部から脱出し、己のイノセンスの力を最大で解放し「咎落ち」状態の体を村に近かずかないように試みるが・・・。

「咎落ち」状態になったスーマンの暴走は止まらなかった。アレンも力及ばず、村は破壊され、人々は悲嘆の叫びを上げて逃げ惑う。その時スーマンの耳に、親の死を悲しむ少年の悲痛な叫びが聞こえた。ふと我に返るスーマン。しかし、それを機にスーマンの体の崩壊が始まる。暴走と破壊の増幅のなか、アレンは最大限まで解放したイノセンスの反動か、左腕が動かない状況に陥った。己の無力さに絶望し、打ちひしがれていくアレン…。

アレンの目の前で、突然絶命してしまうスーマン。呆然とするアレンの前に蝶々の群れと共に謎の男(ティキ)が現れる。アレンはその男がノアの一族であることを認め、猛然と殴りかかる。しかし攻撃が軽くかわされるだけでなく、胸へと腕を突き刺されてしまう。不思議なことにアレンから血は一滴も出ないし痛みもなかった。ティキは「自分が触れたいと思うもの意外はなんでも通り抜けられることが出来る」という特殊な能力の持ち主だったのだ。そしてティキはアレンの心臓へと手を伸ばす・・・。

消息を絶ったアレンを懸命に捜すリナリーとラビ。と、アクマの群れに追われるテイムキャンピーに遭遇する。ふたりはティムキャンピーを保護すると、アレンの手がかりを捜すためにティムの内部に記憶されている映像を確かめる。するとそこにはノアの一族ティキによってイノセンスを破壊され、絶命の危機に瀕したアレンの姿が映っていた。ラビとリナリーはあまりの出来事にショックをうけ、映像が物語る場所へと急いだ。しかし、その場所にたどり着いた二人を待っていたのは…。

見覚えのない部屋で目を覚ましたアレン。「立ち止まるな、歩き続けろ」というマナとの誓いに促されて、アクマ達が待つ戦場へと戻ろうとする。しかし、イノセンスは破壊され、ボロボロの体だ。そんなアレンにアジア支部長バク・チャンと名乗る男が声をかける。「エクソシストではなくても、教団に貢献する方法はある。サポートする側にならないか？」と。アレンは「自分にはエクソシスト以外の道はない」とその誘いをはねつけるが・・・。

イノセンスを復活させようとするアレンだが、粒子化したイノセンスは実体化する前に霧散してしまう。そこでアレンはバク・チャンの考えた方法を試みることに...。その方法とは、アジア支部の守り神である「フォー」との実戦を通じて危機感をあおりイノセンスの変化を待つというものだった。アジア支部を挙げてのアレンのイノセンス復活作戦が始まる！！

江戸に向けて船を進めるラビやリナリー達。夜になり辺りを闇が覆う。昼間の喧騒は遠のき、皆それぞれ自分の思いに沈み込む。しかし突然、船の甲板が何者かの手によって破壊され、ミランダのイノセンスの能力「時間回復(リカバリー)」が作動し始める。皆が甲板へと駆けつけるとそこでは閃光がはじけ爆発が起き、帆やマストが吹き飛ばされていた。そして爆風が止み、煙が引いていくとそこに一匹の今までに見たことのないアクマが立っていた。

船にあらわれたアクマは己のことを「エシ」と名乗り、攻撃を仕掛けてきたブックマンを軽くいなしてしまう。その強さを目の当たりにしたラビは「エシ」がレベル３まで達したアクマであることを見抜く。にもかかわらず、ラビとブックマンの救援に駆けつけたリナリーは一人でこのレベル３のアクマと戦うと宣言し、ラビたちに船を守るために戻るように言う。ラビはリナリーを心配するが船が絶体絶命のピンチを迎えていると聞き、仕方なく戻ることに。船へと戻ったラビたちはアクマの発する夥しい数の光線が甲板中に降り注いでいる光景を目の当たりにする。

エシの持つダークマター「重力操作」の能力によって海中深くへと引きずり込まれてしまったリナリーは、その苦しさの中で妄想とも現実ともつかない不思議なイメージに包まれる。イメージの中でリナリーはアレンと会話をし「自分にとって一番大切なもの」は何なのかを思い出す。そしてその大切なもののために危険を顧みず、イノセンスを最大限に開放する。

リナリーがエシと戦っている頃、ラビやクロウリーそしてブックマンは雲の中に隠れて光線を船の上へと落としてくる姿なきアクマ達に手を焼いていた。しかしブックマンが対抗する方法を思いつく。ラビはブックマンの指示通り、自然物を操作する技「木判」を繰り出してアクマ達が隠れていた雲をなぎ払う。するとそこには三匹のアクマが。ラビはクロウリーを鎚にのせてアクマ達のいる空へと飛ばす。

クロスに改造されたというアクマ、ちょめ助によって海底からひき上がられたリナリーは結晶化したイノセンスによって覆われていた。ブックマンは「イノセンスが己の意志を持って適合者を救った」という過去に全く前例のない現象に衝撃を受ける。今回の件でブックマンはじめラビはリナリーのイノセンスこそがハートなのではないかと考える。

ちょめ助の押すボートにのって航海を進めるラビたちは、とうとう日本へとたどり着く。しかし喜びもつかの間、たった一匹にも関わらず苦戦を強いられたレベル３のアクマがなんと３体も現れる。ラビたちはやり過ごすため物陰に隠れ、アクマ達の行動を窺っていると、アクマ達は一匹の弱いアクマを狙って共食いをし始める。目の前の凄惨な光景に一同は言葉を失う。

アジア支部でイノセンスを復活させるための訓練を続けるアレン。しかしイノセンスは相変わらず実体化せずに粒子の状態へと戻ってしまう。あまりにも進展しない状況からか？アジア支部内にはアレン、そして彼を支援するバクに対する不信と疑惑が広がっていく。その噂を耳にしたアレンは自分のことだけでなくバクまで巻き込んでしまったことに心を痛める。

クロスがいるという江戸へと旅路を急ぐラビたち。しかし、一行の後を日本に上陸したときに遭遇したレベル３のアクマ３体が追いかけてくる。レベル３のアクマは非常に強く、一体でも太刀打ちできない。ラビたちは様々な技を繰り出してなんとか逃げ出そうとするが、レベル３のアクマ達には通用しなかった。

イノセンスを復活させるためにアジア支部にてバク・チャンやフォーと修行を続けるアレン。しかしイノセンスは相変わらず粒子のままで固定化せず、苛立ちと焦りだけが募っていく。そんなアレンの様子を見てアジア支部の職員たちも「本当にイノセンスは再生するのか？」と不信の念を持ち始める。

アジア支部の中に突然現れたティキから送り込まれたレベル３のアクマ。アレンはこのアクマの「物質分解能力」を用いた攻撃を喰らってしまい、戦闘不能の状態になってしまう。「このままではアレンが殺される」と考えたフォーは擬態の能力を使い、アレンに化けて身代わりになろうとする。

フォーが自分の身代わりとなってレベル３のアクマと戦っていることを知らされたアレンは、バク・チャンの制止を振り切って戦いの場へと戻る。するとそこにはボロボロになってしまったフォーの姿が。怒りに震えるアレンは、イノセンスが復活していないにも関わらずアクマへと戦いを挑む。

アジア支部内に侵入してきたレベル３のアクマとの戦いの中で、アレンのイノセンスは復活を遂げる。バク・チャンをはじめとするアジア支部科学班は早速、そのイノセンスの解析へと取り掛かる。そしてその解析が済むとアレンは待ち望んだ「戦場」へと戻っていく。

アレンのイノセンスが復活を果たしていたころ、江戸ではラビ達が千年伯爵とノアの一族と激闘を繰り広げていた。途中、千年伯爵が辺りに散らばる大量のアクマたちに命令を下すと、そのアクマ達は合体・融合を繰り返し一匹の大きなアクマになる。ラビ達はその巨大アクマに攻撃を仕掛けるがダメージを与えることが出来ない。

江戸ではラビ達と千年伯爵とノアの一族との戦いが続いていた。ラビはティキ相手に攻撃を仕掛けるが、ティキの力は圧倒的で劣勢を強いられる。また巨大アクマと対決していたクロウリーとブックマンも同様に窮地に立たされていた。そんな絶体絶命のピンチに陥ったラビ達の前に白刃を携えた男が現れる。

千年伯爵が繰りだした黒いエネルギー波は、猛烈な勢いで江戸の街を飲み込んでいく。ラビ達は巻き込まぬよう必死に逃れるが、リナリーだけがエネルギー波に飲み込まれてしまう。唖然とするラビ！やがてエネルギーが引き起こした爆発・衝撃が引いていくと、江戸の街があった場所には真っ黒な海のようなものが広がっていた。

千年伯爵に捕らえられたリナリーを救いだしたのは、新たなイノセンスをまとったアレンだった。久しぶりの再会を果たすも、アレンは即座に千年伯爵と戦い始める。勢いよく突っ込んでくるアレンに対し千年伯爵は、レロの柄から剣を取り出し、アレンに切りかかる。

再生したイノセンス、クラウン・クラウンを用いて千年伯爵を退かせたアレンは、リナリー達と再会の喜びを分かち合う。アレンの胸のうちにはまだスーマンを救えなかったことに対する後悔が重くのしかかっていたが、リナリーの言葉によって救われる。しかし突然、地面に星型の紋章が浮き出て間もなく、リナリーが吸い込まれてしまう。アレンはリナリーを救い出そうと必死に手を伸ばすが、自分まで引きずり込まれそうになる。

アレンたちの目の前に立ちはだかるスキンに対し、神田はアレンたちを先に行かせ自分一人で対決を挑もうとする。アレンたちが止めようとすると神田は味方であるアレンたちに「六幻」を振るい、「界蟲一幻」まで繰り出す。アレンたちは仕方なしに神田を残して先を急ぐことにするが...。そして始まる神田とスキンの戦い。スキンは戦いが始まるやいなや体中に巨大なエネルギーを蓄え始める。

神田はスキンの繰り出す凄まじい威力の雷をかわし、幾度も六幻で切りつける。しかしスキンはなかなか倒れない。そうして手をこまねいているうちに地震が起き始める。スキンと戦うこの場所も崩壊間近と判断した神田は、己の命を代償に刀に力を与えるという「禁忌三幻式」という強力な技を繰り出す。

スキンの操る鎖によって体の自由を奪われ、強力な電流を何度も流し込まれてしまう神田。しかし渾身の一撃でもって、スキンを切りつける。スキンはイノセンスによって体を蝕まれ、徐々に命を失っていく。その時、スキンは自分がただの人間からノアの一族へと変貌を遂げたときの記憶を思い浮べていた。

スキン・ボリックと戦う為に一人残った神田のことが心配になるアレンたち。しかし神田は必ず無事だと信じて前へと進む。

デビットとジャスデロの繰り出す能力の正体がわからずに苦戦するアレンたち。デビットとジャスデロはクロスに激しい怒りを抱いており、その怒りを弟子であるアレンにぶつけてくる。その怒りの原因とは...。

デビットとジャスデロによって付けられた「騙しメガネ」によって正常な視覚を奪われてしまったアレンたち。アレンたちの視界は凄い数の鍵によって埋め尽くされてしまっていた。デビットはその鍵の山にアレンから奪った鍵を放り込んでしまう。

デビットとジャスデロが合体して誕生したジャスデビの攻撃によって、大きなダメージを負ってしまったクロウリー。ジャスデビは凄まじい力を持っており、アレンやラビも全く太刀打ちできない。そうしてジャスデビに手を焼いていると...。

ジャスデビによって作り出された「鋼鉄の処女」に挟まれ、串刺しとなってしまったクロウリー。クロウリーは薄れゆく意識の中で、アレンたちと仲間になった時のことを思い出す。

残してきた神田・クロウリーのことが気にかかるも、必ず追いついてくると信じて先を急ぐアレンたち。そしてとうとう塔の一番高い場所にある部屋へと到達する。するとその部屋には...。

ティキの圧倒的な攻撃の前に打ちのめされるままのアレン。力の差は歴然であったが、アレンは絶望することなく立ち向かっていく。一方、ラビはロードの作り出した夢の空間の中で、ロードの仕掛ける精神的な攻撃に苦しめられていた。

未曾有の危機を前にして、剣へと変化を遂げたアレンのイノセンス。アレンはその剣でティキに攻撃を仕掛ける。

ロードの作り出した異空間へと閉じ込められてしまったラビは、そこで幻による黒の教団の仲間達から攻撃を受ける。これは「ロードによって作り出されたもの」と自分自身に言い聞かせ、幻影を振りほどこうとするラビ。しかし幻は執拗にラビを攻め立て苦しめる。

その苦しみが頂点に達し、ラビは絶叫を上げる。すると周りの風景がラビの幼いころの風景へと変わっていく・・・。

自分に向けて火判を放ったラビ。その紅蓮の業火は容赦なくラビの体を飲み込んでいく。そんな光景を見てアレンは最大限の力を振り絞り、迫り来る炎を剣でなぎ払いラビを助け出そうとする。リナリーは絶叫しラビの名を何度も叫ぶ。しかし炎は完全にラビを包み込んでいく...。

アレンの剣による一撃で、一度は戦闘不能に陥ったはずのティキ。しかし突然背中に触手を生やし、全身真っ黒の鎧をまとったかのような異形の姿になって復活する。復活した後のティキの強さは変身前の比ではなく、アレンたちエクソシストは全く対抗することが出来ない。

変身後のティキの強さは圧倒的で、アレンたちは反撃の手がかりさえ掴めずにいた。

しかし、アレンとラビはあきらめることなくティキに立ち向かっていく。もっとも、絶望的な力の差は決して埋まらない。そんなとき、意外な人物が出現する。アレンたち一同はその人物を見て呆気に取られる。

さらに烈しく崩壊しはじめた方舟内部。その崩壊に巻き込まれ、ラビとチャオジーも消息を絶つ！二人を助けることが出来なかったアレンは千年伯爵に対し、激しい怒りに燃え退魔の剣で切りかかる。憎しみで我を忘れるアレン。するとその時、アレンの体は何者かの仕業によって勝手に動き出す。

「１４番目の秘密の部屋」にやってきたアレン。視界に飛び込んだピアノの前に立つと、頭の中にメロディがあふれ出し、腕が鍵盤を弾き始める。唖然とするアレンにクロスからの連絡が入る。「方舟を操れ！　お前の望みをこめて弾け！」･･･指示の意味がわからず、さらに戸惑うアレン！しかし奇跡を信じ、ありったけの願いを込めて、アレンは鍵盤を弾く。

アレンの奏でたメロディは奇跡をもたらし、再生を果たした方舟。離れ離れになってしまった神田、クロウリーとも無事に再会することを果たし、喜びに沸くアレンたち。しかし喜びに包まれていたのはアレンたちだけではなかった。アレンたちの無事を祈っていた中国支部そして本部の仲間も皆、喜びを爆発させていた！

アレンたちの帰還に沸く黒の教団本部。しかしそんな雰囲気に水を注すように、中央庁から派遣された特別監査役、マルコム＝Ｃ＝ルベリエという人物によるクロスの諮問会議が開かれる。その席上、クロスの今までの悪行の数々が並べ立てられる。しかしクロスは平然と聞き流し相手にしない。

アレンの前に突然現れた監査官、リンク。彼は教団の命令で、アレンを監視に来たという。リンクの話に動揺したアレンは、窓ガラスに映る自分の背後に、奏者の影を見る。一方、ルベリエと対面したリナリーは、幼少時代の記憶が蘇ってきて･･･。

アンドリューに化けたルル＝ベルと、無数のアクマ達によって、次々に襲われてゆく科学班員たち。アクマの存在に気づき、研究室に駆けつけたアレン達だが、ドアが塞がっていて中に入れない。奴らの狙いは一体･･･？

研究室に乗り込み、無数のアクマを相手に戦うアレンとブックマン。しかし、次々現れるアクマにアレンは行く手を阻まれ、ブックマンは壁に貼り付けられ結晶化されてしまう。そうしている間にも、「卵」はルル＝ベルに奪われ、仲間たちは犠牲になってゆく･･･。

圧倒的な力でアクマ達を一網打尽にしてしまった元帥たち。続いて元帥たちは、「卵」を破壊しようと試みる。すると突然、ミランダが床から噴き出した水柱の中に閉じ込められてしまう。もがき苦しむミランダ。呆然とする皆の前で、正体不明のこの水柱は女性の姿へと形を変えていく。

とうとう誕生してしまったレベル４のアクマ。アレンはレベル４のアクマに内蔵された人間の魂を見るが余りに酷い姿に変化していて正視することが出来ない。アレンは魂を救済するためにレベル４に攻撃を仕掛けるが、全て受け流されてしまう。レベル４の強さは圧倒的でアレンの剣を持つ手が震えだす。

圧倒的な強さを誇るレベル４のアクマは、前に立ちはだかるアレンを戦闘不能へ追い込むと教団本部内へと侵攻を開始する。コムイや教団メンバーは緊急放送が告げる「レベル４襲来」の事実に驚愕する。コムイはアクマを迎え撃とうと結界装置を準備をするが、レベル４が目の前に現れてしまう。

レベル４の攻撃により壊滅の危機が教団に迫る。その局面を打開するため、リナリーはイノセンスを体の中に入れるという決断をする。リナリーの脳裏にはコムイと過ごした懐かしい日々の記憶が浮かんでは消える。自分のために全てを投げ捨ててくれたコムイ。その借りを返すために、リナリーは躊躇なくイノセンスを飲み込むが･･･。

アレンとリナリーの攻撃によって、完全に沈黙したかのようにみえたレベル４。教団内部を安堵の空気が包み込む。しかしレベル４は完全には息絶えてはいなかった。アレンの剣に体を貫かれながら、凄まじい表情を浮かべ立ち上がる。驚きを隠せないアレンたちにレベル４が繰り出す強力なエネルギー弾が襲いかかる。