Un jeune garçon arrive à Londres : il a les cheveux blancs et une étrange cicatrice sur le côté gauche de son visage. Ce garçon, c’est Allen Walker et il se rend au quartier général des Exorcistes.

Allen arrive enfin devant le chateau de l'Ordre de l'Ombre, QG des exorcistes. Mais il se voit refoulé par le Gardien qui décrète qu'il est un Akuma et il se voit contraint d'affronter un autre exorciste du nom de Kanda.

Komui envoie Allen sur sa première mission en compagnie de Kanda. Ils doivent récupérer un fragment d'Innocence dans une ville abandonnée d'Italie, Mater. Mais les Akuma sont déjà sur place.

Allen se trouve en difficulté face à l'Akuma qui a évolué au niveau 2 lui donnant la capacité de prendre l'apparence de n'importe quel autre être humain. Pendant ce temps, Kanda s'occupe de Guzol et du fantôme de la ville qui abrite le fragment d'Innocence.

Kanda et Allen se sont réfugiés dans le sous-sol de la ville avec Lala et Guzol où ils apprennent enfin la vérité. C'est alors que l'Akuma les retrouve et que s'engage la bataille finale pour la possession de l'Innocence.

Sur le chemin du QG, Allen rencontre un jeune garçon, Jean, fils de l'un des scientifiques de l'Ordre qui patrouille à la recherche d'Akuma.

Alors qu'il affronte le Comte, Allen dévoile une partie de son passé.

Komurin II, le robot mis au point par Komui pour aider l'équipe scientifique, devient incontrôlable. C'est à Allen et aux scientifiques de trouver un moyen de le neutraliser avant qu'il ne réduise le QG de l'Ordre en cendre.

Allen, accompagné de Lenalee, est envoyé dans une ville allemande qui revit sans arrêt la même journée ce qui prouverait la présence d'un fragment d'Innocence.

Allen et Lenalee cherchent à comprendre pourquoi seule Miranda Lotto revit la journée et s'en rend compte. Mais les choses se compliquent lorsqu'ils sont tous les trois capturer par une certaine Road Kamelot qui peut commander les Akuma.

Allen découvre que Road est une humaine travaillant pour le Comte Millénaire. Il engage le combat afin de libérer Miranda et Lenalee mais est grièvement blessé...

Miranda a réussi à activer son Innoncence qui permet à Allen et Lenalee de se soigner. Tous deux continuent à se battre contre Road.

En compagnie de Lavi, Allen, incapable d'utiliser son oeil gauche blessé sort en ville et découvre ce que signifie être un exorciste normal et la raison d'être de leur manteau.

Allen est envoyé en mission avec Kanda, Lavi et Bookman pour enquêter sur une ville souffrant de dérèglement climatique provoquant une alternance entre tempêtes de neige et vents chauds.

Allen, Lavi et Kanda découvrent la raison des dérèglements du climat : un fragment d'Innocence dissimulé dans un arbre.

Komui envoie Lenalee et Allen à Rome sur les traces de Kenda qui n'a pas donné signe de vie depuis un certain temps alors qu'il recherchait un fragment d'Innocence.

Allen et Lenalee ont retrouvé Kanda qui affronte un guerrier millénaire qu'il doit absolument battre pour récupérer le fragment d'Innocence.

Apercevoir Lenalee avec Russell et apprendre qu'ils doivent aller en ville ensemble rend Komui fou. Ce dernier décide de saborder la sortie de sa soeur à l'aide d'un nouveau Komurin. L'équipe des scientifiques, Allen et Lavi font leur possible pour éviter le désastre.

Komui envoie Allen, au grand désespoir de celui-ci, en Transylvanie sur les traces de son maître, le Général Cross Marian, porté disparu depuis 3 ans. A peine arrivé sur place, les villageois lui demande de les débarasser du vampire qui habite dans le chateau voisin.

Allen, accompagné de Lavi qui se trouvait sur place, se rend au chateau du Baron Aristar Krory afin d'y débusquer le vampire. Mais au cours de leur exploration des lieux, les deux exorcistes font une troublante découverte concernant les victimes.

Eliade pousse Krory à attaquer Allen et Lavi. Le premier est rapidement mis au de combat. Lavi engage alors le combat tout en tentant d'expliquer à Krory la réalité de sa situation.

Eliade explique à Allen la raison qui la pousse à rester auprès de Krory. Ce dernier affronte toujours Lavi. L'oeil gauche d'Allen semble développer une nouvelle capacité qui affecte les autres exorcistes autour de lui.

Krory affronte Eliade. A l'issu du combat, il doit décider s'il veut accompagner Lavi et Allen pour devenir un exorciste.

Allen et Lavi escortent Krory, qui a décidé de devenir un exorciste, jusqu'au quartier général de l'Ordre.

Komui envoie Allen effectuer une livraison au Général Yeegar.

Allen et lenalee se porte au secours du Général Yeegar attaqué par Road et Tyki qui recherchent pour le Comte Millénium un fragment d'Innocence très particulier appelé le Coeur. Kanda reçoit un message bien partuculier du Comte qu'il transmet aussitôt à Komui.

Alors que Komui les a envoyés à la recherche du Général Cross, Allen raconte à Lenalee son apprentissage aux côtés de son maître.

Krory effectue sa première mission en tant qu'exorciste en compagnie de Lavi et de Bookman.

A la recherche d'une piste sur le Général Cross, Allen et Lenalee se rendent à Liverpool pour rencontrer Mother, une femme chez qui Allen et son Maître ont habité, dans l'espoir qu'elle ait des informations sur ce dernier.

Allen tente de réconforter Liza afin qu'elle ne sombre pas dans le désespoir. De son côté, Lenalee enquête pour découvrir pourquoi tant d'Akuma apparaissent dans la ville.

Lenalee part à la recherche de Miranda Lotto qui ne s'est toujours pas présentée au QG de l'Ordre.

Alors qu'il est sur le chemin du retour pour l'Ordre, Allen se retrouve coincé dans un port faute de bateaux. Il rencontre un groupe de jeunes garçons qui prétend que la baie abrite des pirates qui coulent les navires entrant.

Kanda, à la recherche du Général qu'il doit protéger, tombe sur un Finder qui attend un exorciste. . Alors qu'ils doivent traverser la forêt sans retour, ils sont attaqués par des Akuma. Kanda finit dans un village soit-disant habité par une sorcière.

Alors qu'ils mènent leur enquête dans le village, Gozu et Kanda rencontrent Sophia qui leur raconte l'histoire de la sorcière.

Gozu qui doit rejoindre un autre exorciste demande à Lenalee de l'escorter après avoir entendu des rumeurs de loups attaquant des hommes dans la forêt. Ils retrouvent Suman Dark, l'exorciste que le finder doit accompagner alors qu'ils interviennent pour sauver un groupe de réfugiés.

Toujours à la recherche du Général Cross, Allen et Lenalee doivent affronter un nombre sans cesse croissant d'Akuma qui agissent en groupe massif. Le Comte confie à chaque membre du groupe Noah la charge d'éliminer un exorciste.

Daisiya Barry se remémore sa rencontre avec le Général Froi Tiedoll et comment ce dernier l'a recruté pour faire de lui un exorciste.

Kanda et Daisya retrouvent Marie, un autre exorciste, alors qu'ils se rendent à Barcelone pour y retrouver le Général Tiedoll. Sur place, les Finders préparent la défense de la ville contre l'attaque imminente de la horde d'Akuma.

Allen et Lenalee sont en route pour Barcelone tandis que Daisya engage le combat avec Tiky Mikk du clan Noah.

Lenalee et Allen retrouvent Krowy et Lavi qui doivent les rejoindre et les aider à retrouver le Général Cross.

Allen, Lenalee, Lavi et Krowy se retrouvent coincés dans une ville portuaire en raison d'une grosse tempête. Alors qu'ils cherchent un abri pour la nuit, ils croisent un nouveau membre du clan Noah chargé de les éliminer.

Le groupe a finalement réussi a traversé le détroit et se retrouve en Orient. Lulubell est toujours sur leur trace et cherche un moyen de les séparer afin de les éliminer un par un.

Krowy et Allen cherchent un moyen de rejoindre Lenalee et Lavi, le groupe ayant été séparé par Lulubell. Ils arrivent dans un village où une statue ancienne se serait mise à se déplacer toute seule.

Lavi tente de rejoindre Bookman pour qu'il soigne Lenalee, gravement malade suite à l'attaque de Lulubell qui les a séparée d'Allen et Krowy. En chemin, il secoure une servante attaquée par un Akuma sans savoir qui se cache réellement derrière ce déguisement.

Kanda, Mary et le général Tiedoll tombent dans un piège tendu par des Akumas dans un étrange manoir.

Allen et Krory doivent traverser l'Himalaya afin de rejoindre Lavi, Lenalee et Bookman qui se trouvent à Lhasa au Tibet. Mais ils tombent dans un piège tendu par Lulubell et Mimi.

Lenalee, Allen, Krory, Lavi et Bookman continuent leur voyage sur les traces du Général Cross. En chemin, ils arrivent dans un village dont la source d'eau s'est mystérieusement asséchée...

Le groupe découvre que Mei-Ling est l'hôte d'une innocence qui lui permet de prévoir l'avenir. Ils doivent à tout prix la protéger des Akumas pour la ramener au QG de l'Ordre.

Mimi prend des risques inconsidérés afin récupérer l'innocence de Mei-Ling et affronte les exorcistes.

Lenalee, Lavi, Allen, Krory et Bookman se sont mis en route afin de conduire au plus vite Mei-Ling au QG asiatique de l'Ordre. Mais ils sont harcelés par les Akumas dirigés par Lulubell qui a reçu l'ordre du Comte de récupérer et détruire l'innoncence.

Le groupe arrive en Chine. Après avoir enquêté, ils trouvent une piste afin de localiser le Général Cross qui les mène tout droit à une sympathisante de l'Ordre qui a été sa petite amie pendant un temps.

Alors qu'ils font voile vers le Japon, le groupe est survolé par une horde gigantesque d'Akumas. Alors qu'ils les affrontent Allen est enlevé par l'un d'eux. Lenalee se lance sur leurs traces. Peu après, tous deux retrouvent Suman Dark...

Alors qu'Allen est effaré d'apprendre que la chose attaquée par les Akuma n'est autre que Suman Dark, un exorciste, Lenalee lui explique ce que sont les Déchus, les Apôtres rejetés par Dieu.

Allen tente d'arrêter Suman pris de folie destructrice à cause de son innocence pendant que Lenalee contacte son frère pour l'informer de la déchéance de l'exorciste.

L'Innocence d'Allen lui fait défaut au moment où ce dernier veut tenter une ultime carte pour sauver Suman. Quant à ce dernier, il sent sa vie toucher à sa fin.

Allen, incapable de se battre, se retrouve face à Tyki Mikk qui vient de supprimer Suman.

Lenalee et Lavi partent à la recherche d'Allen mais sont rappelés pour recevoir de nouveaux ordres. Ils apprennent qu'ils doivent continuer leur route et abandonner Allen en Chine et rencontrent l'exorciste envoyé en renfort.

Allen se réveille au QG asiatique de l'Ordre et y rencontre Bak Chan, l'homologue de Komui, qui lui apprend ce qui lui est et ce qui va lui arriver.

Baku décide de mettre Allen en situe de combat réel contre Fou afin de l'aider à rematérialiser son Innocence.

Alors qu'Allen continue son entrainement au QG chinois, le bateau sur lequel voyage les exorcistes à la recherche de Cross est attaqué par un Akuma de niveau 3.

Lenalee se lance dans un combat en solitaire contre Eshi, l'akuma de niveau 3. Pendant ce temps, Miranda, Lavi, Bookman et Krory se livrent à une bataille acharnée pour protéger le bateau des attaques des autres Akuma.

Au QG chinois de l'Ordre, Allen est torturé par son oeil gauche et fait un étrange rêve avec Lenalee. cette dernière, en train de sombrer dans l'océan, décide de libérer totalement son innocence pour vaincre Eshi.

Les exorcistes restés sur le bateau font leur possible pour le protéger et abattre les Akumas qui les attaque depuis le ciel. Pour les aider, Lavi fait appel au sceau du bois.

Lavi, parti à la recherche de Lenalee, rencontre un étrange Akuma chargé de délivrer un message du Général Cross aux exorcistes lancés sur ses traces.

Lavi, Krory, Miranda, Bookman, Lenalee ainsi que les trois membres d'équipage survivants, débarquent enfin au Japon, guidés par Chomsuke, l'akuma modifié par le Général Cross.

Allen poursuit son entraînement mais sans aucun résultat, pour son plus grand désespoir. Fou constate qu'il n'est plus motivé et envisage de tout arrêter.

Un Akuma de niveau 3 se dirige vers la Chine pour tuer Allen. Lenalee et les autres se dirigent vers Edo et tombent dans une embuscade tendue par les Akumas de niveau 3, ils utilisent des astuces pour leur échapper pendant un court moment et sont encerclés peu après.

Allen, qui poursuit son entraînement, et les scientifiques du QG chinois sont peut-être sur une piste pour réactiver l'innocence de l'exorciste.

Le QG de Chine a été infiltré par un Akuma de niveau 3, envoyé par Tiki Mykk afin de ramener Allen à Edo. Fou et l'équipe font leur possible pour protéger ce dernier qui a été blessé pendant l'attaque initial de l'ennemi.

Malgré son état, Allen part au combat pour s'opposer à l'Akuma de niveau 3 afin de sauver Fou.

Les scientifiques du QG de chine et du QG général travaillent d'arrache-pied afin de permettre à Allen qui a récupéré son bras gauche et restauré son innocence d'utiliser au plus vite l'arche des Noah pour rejoindre ses compagnons à Edo.

A Edo, Lavi décide de combattre Tyki mais il doit s'interrompre pour prêter main forte à ses camarades qui affrontent les deux Akuma géants créés par le Comte. Pendant ce temps, Allen avance dans l'Arche tout en parlant avec Komui.

Le combat contre l'Akuma géant se poursuit mais il s'annonce plus que difficile pour les Exorcistes. Lavi est contraint de reprendre son affrontement contre Tyki. A peine arrivé à Edo, le Général Tiedoll envoie Marie et Kanda prêter main forte à l'équipe du Général Cross en difficulté.

Le Comte Millénaire provoque la destruction d'Edo en utilisant la lumière noire. Les exorcistes s'en sortent et les combats reprennent pour protéger Lenalee que son Innocence a encore protégé en l'enfermant dans du crystal.

Allen, qui a enfin rejoint ses camarades grâce à l'Arche, s'oppose au Comte afin de protéger Lenalee.

Lenalee, Allen, Lavi, Kanda, Krory et Chao Ji se retrouvent prisonniers dans la vieille Arche des Noé vouée à une destruction totale dans les trois heures. Restés à Edo, le Général Tiedoll, Bookman, Marie, Miranda et les deux survivants de l'équipage d'Anita doivent faire face à une armée d'Akuma géants.

Kanda engage le combat contre Skin Boric du clan Noah pendant que les autres exorcistes continuent à avancer.

Kanda met sa vie en jeu pour venir à bout de Skin en faisant appel à la troisième illusion interdite générée par mugen, son innocence.

Le combat touche à sa fin entre Kanda et Skin dont l'éveil en tant que Noah est révélé.

Debitto et Jasdero, les jumeaux Noah surnommé Jasdebi, sème le parcours d'Allen et de ses compagnons d'embûches alors que ces derniers sont à la recherche de la porte suivante.

Le duo Jasdebi s'en prend à Allen dans l'intention de lui faire payer l'ardoise que son maître, le Général Cross, leur a laissé à charge lors de leur traque.

Allen et Krory se retrouvent en difficulté lorsque les jumeaux Jasdebi et Debitto fusionnent pour ne former qu'une seule entité du nom de Jasdebi découplant ainsi leurs pouvoirs.

Krory entame son combat contre Jasdebi après avoir ordonné aux autres de franchir la porte et de continuer leur chemin.

A l'article de la mort, Krory reçoit la visite d'Eliade qui le pousse à reprendre son combat contre Jasdebi afin de protéger ses camarades. Pendant ce temps, ces derniers atteignent la porte suivante et se retrouvent face à Tiky Mikk et Road Camelot du clan Noah qui les attendent de pied ferme.

Allen engage le combat avec Tiky tandis que Road décide de se battre contre Lavi, l'héritier de Bookman. Cette dernière en profite également pour emprisonner Lenalee et Chao Ji.

Allen se retrouve en difficulté face à Tyki Mikk qui une fois de plus neutralise l'innocence de l'exorciste. Pendant ce temps, l'esprit de Lavi est pris au piège à l'intérieur du rêve créé par Road.

Allen a dépassé son point critique, c'est-à-dire un taux de synchronisation supérieur à 100 % avec son innocence, la Crown Clown, ce qui inverse le cours de son combat avec Tyki Mikk. Pendant ce temps, Lavi se débat toujours dans l'illusion de Road tandis que Lenalee et Chao Ji ne peuvent qu'observer les évènements, impuissants.

Allen doit affronter Lavi qui se retourne contre ses amis et révèle sa vraie personnalité d'Héritier des Bookmen après que son esprit a été brisé par Road.

Allen tente une manœuvre désespérée pour sauver l'esprit de Lavi en perdition.

Allen doit affronter un Tyki transformé et surpuissant. De son côté, Chaoji désespère de ne pouvoir aider les exorcistes.

Alors que Lavi et Allen sont impuissants face au nouveau Tyki, le Général Cross Marian entre en scène et prend le combat en main.

Allen se voit confier la tâche de stopper le téléchargement et de déplacer l'Arche par son maître alors que le Coeur de cette dernière n'est plus.

Allen est déstabilisé par l'origine de la mélodie qu'il doit jouer pour sauver l'Arche. Chaoji, compatible, reçoit enfin son Innocence.

Après avoir récupérer l'Arche et sauver ses compagnons, Allen et les exorcistes rentrent enfin au quartier général de l'Ordre.

Le Général Cross est soumis à une enquête interne de l'Ordre suite à ses actions. Les inspecteurs s'interrogent également sur la loyauté d'Allen envers l'Ordre du fait de sa capacité à maîtriser l'Arche, faculté de leurs ennemis.

Allen est interrogé par Howard Link qui s'attache à chacun de ses pas afin de le surveiller. Pendant ce temps, Komui emmène Lenalee auprès d'Hevlaska afin d 'examiner son innocence.

Lulubell attaque le QG de l'Ordre qu'elle a infiltré en se faisant passer pour un intendant afin de récupérer l'Oeuf du Comte.

Allen et Bookman sont débordés par les Akuma de Lulubell. Les quatre généraux de l'Ordre arrivent pour leur prêter main forte.

Komui ordonne aux Généraux de détruire l'oeuf du Comte mais ce dernier est farouchement défendu par Lulubell, la Noé de la luxure.

Allen a réussi à détruire l'oeuf et à sauver Miranda. Mais la situation empire à nouveau lorsqu'un Akuma de niveau 4 fait son apparition.

L'Akuma de niveau 4 s'échappe du laboratoire n°5, non sans l'avoir complètement détruit, et sème le chaos dans le QG de l'Ordre.

Lenalee a fini par céder à Louvelier et décide de se synchroniser avec son Innocence. Malgré ses graves blessures, Allen reprend son combat contre l'Akuma de niveau 4.

Le général Cross se joint à Allen et Lenalee pour achever l'Akuma de niveau 4 que les deux jeunes exorcistes croyaient pourtant avoir tué.