西暦2010年。地球規模で同時多発的に発生した【ハイパーハリケーン】は世界各国に甚大な被害をもたらした。80億まで膨らんだ人口は一気に50億が失われ、30億まで減少。経済・軍事のバランスが崩壊した。北アメリカ・ロシア・北ヨーロッパは氷に閉ざされ、平野部は海に沈み、世界地図は激変し、混沌の時が流れた。日本政府は経済特区を各地に作り限定的な復興を成し遂げた。かねてより開発されていたパワードアシスト技術が復興に大いに貢献することになる。しかし特区以外の地域は貧困が拡がり、スラム化が進んでいく。支配階級は自らを『ロゴス』と名乗り、パワードアシスト技術を軍事に転用。貧困層を『レヴィナス』と呼び、壁の外へ締め出した。そして、時は流れ、西暦2035年。『レヴィナス』の監視と『ロゴス』内の反乱分子鎮圧を目的に結成された特殊部隊《ファントム》を脱走した主人公の葛城丈と相棒の鶴沢仁は、謎を秘めた少女・登戸沙那を連れ出した。沙那を巡り、多くの人間の思惑が複雑に絡み合い物語は進んでいく。彼ら3人の行く手には何が待っているのか!?