1800年代いずれ幕末と呼ばれる事になるかもしれない日本。正義とは？倒幕とは？2つの理念に揺れ、血風が吹き荒れる時代の中で、暗躍する男たちがいた。 新式の連発銃、黒い鉄兜、そして常人とはかけはなれた動き・・・ その名は「サムライガン」庶民から義賊としてもてはやされる彼等には、紗に覆われたもう一つの姿があった。謎の組織「評議会」の先鋒として幕藩体制を倒すための武装集団の姿がそれである。姉を斬殺された過去をもつサムライガンの一人、七号丸市松は戦いの意味を理解せぬまま、時代の波に呑み込まれていく。「光の下 影のもと その悪を討て」それが彼等サムライガンの使命。追い求める「正義」はどこにあるのか。憎むべき「悪」は何なのか。動乱の日本はどこに向かおうとしているのか。自らの生き様に疑問を抱きはじめる中、幕府との抗争は激化し、物語は波瀾に満ちた展開を見せていく。