Dans cette saison, Drago vient d'obtenir les pouvoirs de Code Eve (orbe contenant le code ADN de tous les Bakugans) mais ces pouvoirs semblent incontrôlables. Dan et Drago, en essayant de contrôler les pouvoirs de Code Eve, découvrent que tout cela est une manigance d'un individu nommé Mag Mel et de son Bakugan Razenoid (Drago et Dan pensent les avoir déjà vu). Pendant ce temps, des Bakugans, appelés Bakugan Chaos, attaquent l'Hyper Espace Bakugan.