１９１６年１１月、邸宅ダウントン・アビーでは負傷兵で溢れ返った村の病院の資金集めの音楽会が開かれていた。そこに前線で戦っていたマシューが驚きの知らせと共に帰還。一方、犠牲者の増加に胸を痛めたシビルは看護師になると決意する。ロンドンで母を看取り、戻ったベイツは遂にアンナにプロポーズする。ところが、彼の遺産相続を嗅ぎつけた妻が現れ、再婚したらメアリーの不祥事を世間に公表すると脅迫し…。

１９１７年４月、男性スタッフの出兵で人出が不足し多忙を極めるカーソンが体調を崩してしまう。マシューの婚約のショックを表に出さないメアリーは前線から一時帰還中のマシューに、交際相手カーライル卿を紹介する。ついに召集されたウィリアムは、想いを寄せていたデイジーにアタックするが…。一方、イザベルとシビルがダウントン・アビーを病後療養所にして戦争に貢献するべきだと提案する…。

イザベルとシビルの要望でダウントン・アビーは療養施設に。反対していたコーラとイザベルが一緒に運営することになるが、負傷兵が到着するにつれ２人の衝突は激化。さらに、故意に負傷し前線から戻ったトーマスが伍曹代理としてダウントンに着任、立場を利用し目上の使用人に指図しようとする。一方、メアリーのマシューへの想いを察したバイオレットたちは、ラビニアとカーライル卿の間の秘密を突き止め…。

療養施設となった屋敷の運営を巡るコーラとイザベルの衝突が激化、ついにイザベルが出て行くことに。メイドのエセルは療養中の少佐に熱をあげ、取り返しのつかない過ちを犯す。一方、ブランソンから駆け落ちしたいと想いを告げられたシビルは思い悩む。村のパブで働いていたベイツはロバートの説得を受けダウントンに戻ることに。そんなある日、前線のマシューとウィリアムが行方不明との知らせが入り…。

前線で重傷を負ったマシューとウィリアムが帰還。マシューの損傷の深刻さにショックを受けたメアリーだが、婚約者リチャードが嫉妬するほど献身的に看護する。回復が見込めないと悟ったウィリアムは、デイジーに今すぐ結婚しようとプロポーズ。一方、一家のスキャンダルを新聞に売るとベイツを脅迫するヴェラの策略に手を打つため、ついにメアリーがリチャードに全てを打ち明けるが…。

マシューを献身的に介護するメアリーに苛立ちを隠せないリチャードは、ダウントン近くの豪邸をメアリーとの新居に購入し、カーソンを執事として招こうと提案。リチャードを快く思っていないカーソンだが、メアリーには特別な愛情を注いでいるだけに悩む。そんな矢先、クローリー家の親戚を名乗る負傷兵がカナダから療養にやって来る。しかし、彼はクローリー家の将来を左右する存在だった…。

待ちに待った終戦を迎え、屋敷で療養していた兵士達も去って行った。そんな中、マシューは密かに脚に感覚を取り戻しているのを感じていた。階下では、戦後の食糧不足で食材の調達に苦労しているパットモアを見たトーマスが、闇市の取引に手を染める。一方、戦争中看護師として充実した時間を経験したシビルは、終戦で元の空虚な生活に戻るのに抵抗を覚え、一大決心をする。