Drie jaar na de gebeurtenissen van het vorige seizoen, staat de ijdele prins Wu op het punt Republicasia te verlaten voor zijn kroning als Aarde koning in Ba Sing Se. Mako sluit zich aan als zijn lijfwacht. In het Aarderijk proberen Opal en Kai een staat te beschermen tegen een groep bandieten zonder succes. Kuvira, die zichzelf nu de 'Grote Vereniger' noemt, verschijnt in de staat met haar leger met onder andere Bolin, Varrick en Zhu Li en biedt de gouverneur van de staat bescherming en levering van voedsel aan als hij akkoord gaat met een verdrag. Uiteindelijk doet de gouverneur dit met tegenzin. Elders, doet Korra mee aan kooigevechten in het Aarderijk waar ze een andere, onbekende identiteit heeft aangenomen.

In een flashback herstelt Korra langzaam met Katara op de Zuidpool, maar blijft zwak en kan niet meer in de Avatartrance komen. In plaats van terug te keren naar Republic City, reist ze alleen over de wereld. Ze slaagt er echter niet in vrede te vinden en ze wordt opgejaagd door een duister verschijning van zichzelf toen ze met Zaheer in gevecht raakte. Een geest leidt haar naar het moeras, waar ze bezwijkt aan de aanvallen van de duistere verschijning, maar bij bewustzijn komt in de aanwezigheid van Toph Beifong.

Tijdens Wu's kroning in Republicasia weigert Kuvira hem macht te geven en kondigt aan dat zij het nieuwe Aarderijk zal leiden. Dit creëert een kloof tussen haar en de andere wereldleiders, inclusief Suyin, evenals een kloof tussen Bolin en Mako, die Wu moet beschermen tegen boze aanhangers van Kuvira. In het moeras probeert Toph Korra te helpen haar kracht terug te krijgen, maar dit gebeurt voornamelijk door haar te verslaan met aardsturen. Ze vindt overgebleven metalen gif in Koorra, maar kan het niet weghalen omdat Korra door haar trauma's weerstand biedt. Onderhand stuurt Tenzin Jinora, Ikki en Meelo weg om Korra te zoeken en Varrick experimenteert met geestenranken voor Kuvira.

Kuvira threatens Zaofu; Bolin is caught in the middle of the bad blood between Su Beifong and Kuvira.

Ondanks haar twijfels moet Korra haar rol als Avatar weer op zich nemen. Bolin en Varrick ontsnappen aan Kuvira's leger.

Korra is na zes maanden weer terug in Republicasia en gaat samen met het Avatar-team op zoek naar de verdwenen prins Wu.

Het Avatar-team denkt terug aan wat er allemaal gebeurd is en Varrick vertelt een episch verhaal.

Korra probeert erachter te komen waarom de wortelstokken van Republicasia inwoners ontvoeren.

Bolin helpt Opal en Lin om de familie Beifong te redden. Korra gaat voor hulp naar de Geestenwereld.

Korra en het team proberen Kuvira tegen te houden als ze Republicasia wil aanvallen met een nieuw, dodelijk wapen.

Het Avatar-team krijgt het aan de stok met Kuvira en Pema en prins Wu evacueren de inwoners van Republicasia.

Korra gaat de ultieme strijd aan met Kuvira om het lot van het Aardekoninkrijk en haar eigen leven te redden.