Zes maanden na het einde van Boek 1: Lucht, gelooft Korra dat ze het Luchtsturen onder de knie heeft, werkt Mako als een politieagent, staat Bolin er slecht voor in de pro-stuurcompetitie met zijn nieuwe 'Vuur fretten' en probeert Asami Toekomst Industrie overeind te houden. Samen met Tenzin bezoeken de vrienden de families van Korra en Tenzin op de Zuidelijke Waterstam. Als Korra's oom en stamhoofd Unalaq een kwade geest terugdrijft, besluit Korra dat Unalaq haar nieuwe leraar is.

Korra, Mako, Bolin, Korra's vader Tonraq, haar nieuwe leraar Unalaq, en zijn kinderen Desna en Eska reizen naar de Zuidpool, waar Korra de Zuidelijke Lichten probeert los te maken. Nadat ze erachter komt dat haar vader is verbannen uit de Noordelijke Waterstam na het veroorzaken van een geestelijke ravage en, samen met Tenzin, verantwoordelijk was voor Korra's afzondering in haar jeugd, beveelt ze hem haar te verlaten. Terug in de Zuidelijke Waterstam, is Korra getuige van een invasie van de Noordelijke Waterstam. Op de Zuidelijke Luchttempel, wordt Jinora aangetrokken door de beelden van Aang en een oude vreemde Avatar.

Als de Zuiderlingen zich verzetten tegen de Noordelijke bezetting, biedt Unalaq bescherming voor het Zuidelijke portaal aan en moet Korra het Noordelijke portaal openen. Varrick, wiens werkzaamheden lijden onder Unalaqs blokkade, begint een opstand. Korra voorkomt een ontvoering van Unalaq door Zuidelijke rebellen. Als ze probeert op een lijn te komen met haar ouders, arresteert Unalaq ze. Op de Zuidelijke Luchttempel verdwijnt Ikki. Tenzin, Kya en Bumi zoeken haar terwijl ze herinneringen opdoen aan hun jeugd bij hun overleden vader, Aang.

Nadat haar vader is veroordeeld voor levenslang vanwege een samenzwering om Unalaq te vermoorden, komt Korra erachter dat Unalaq alles in scène heeft gezet en Tonraq heeft laten verbannen om zichzelf te ontdoen van een rivaal. Met hulp van haar vrienden en Varrick, bevrijdt Korra Tonraq en andere gevangen rebellen uit de gevangenis, en Bolin van een gedwongen huwelijk met Unalaqs dochter Eska. Korra belooft de steun van de Verenigde Republiek voor de zuidelijke opstand te zoeken. Op de Zuidelijke Luchttempel hebben Ikki en Tenzin plezier met hun broers en zussen.

In Republicasia stijgt de spanning tussen de Noordelijke- en Zuidelijke Watertroepen nadat het Zuidelijke Watertroep cultureel centrum is gebombardeerd. Mako, die terug is bij de politie, probeert de daders op te sporen terwijl Varrick een anti-Noord-propaganda film maakt met daarin Bolin als hoofdrolspeler. Korra is er niet in geslaagd president Raiko te overtuigen troepen te sturen ter ondersteuning van de zuidelijke opstand. Mako vertelt president Raiko dat Korra hulp heeft gevraagd aan Generaal Iroh om te handelen in de oorlog. Op weg naar de Vuurnatie om steun van de Vuurheer te krijgen, wordt Korra gevolgd door Desna en Eska en uiteindelijk opgeslokt door een kwade geest. Desna en Eska laten haar dood achter.

Mako en Asami onderzoeken de diefstal van een lading van haar mega-tanks voor de Zuidelijke rebellen, en vragen daarbij de hulp van de Triple Threat Triads voor een geheime operatie. Ze worden bedrogen en treffen geplunderde magazijnen van Asami aan. Asami verkoopt een controlerend aandeel van Toekomst Industrie aan Varrick, voordat Mako erachter komt dat Varrick de aanstichter van verschillende bomaanslagen en diefstallen is. Korra is aangespoeld op een Vuurnatie eiland en is al haar geheugen verloren.

Terwijl ze wordt genezen op een magische Vuurnatie wijze, verkent Korra haar vorige Avatar levens en ontdekt Wan, de eerste Avatar. In een tijd waar mensen leven op reusachtige Leeuwenschildpadden en geesten op het vasteland wonen, 'steelt' Wan opzettelijk de krachten van vuur, en raakt later bevriend met de geesten op het vasteland. Op een dag scheidt Wan Raava en Vaatu in hun strijd. Raava leert Wan dat Vaatu de geest van chaos en vernieling is.

Met Raava als leiding om de kracht van lucht te krijgen, reist Wan de wereld rond om alle vier de elementen onder de knie te krijgen voor Harmonische Convergentie waarin Raava en Vaatu zullen strijden om het lot van de wereld. Als Wan zijn menselijke en geestelijke vrienden met elkaar ziet vechten, combineert hij zich met Raava om ze tot rust te brengen, maar dit brengt hem in levensgevaar. Bij binnenkomst van het Zuidelijke portaal, vechten Wan en Vaatu voordat Raava hem overtuigd samen te combineren. Na het vechten tegen Vaatu met de elementen, begint de Harmonische Convergentie, waardoor de twee portalen zich aan elkaar vastbinden. Met behulp van de energie die wordt opgewekt door de gebeurtenis, versmelten Raava en Wan samen en werden zo de eerste Avatar. Met zijn nieuwe macht, verslaat Wan Vaatu en sluit hem op in de Boom der Tijd voor het sluiten van beiden portalen. Daarna heeft Wan zijn leven lang geprobeerd de wereld in evenwicht te houden. Na het bereiken van een hoge leeftijd, verontschuldigt Wan zich aan Raava voor het niet kunnen zorgen voor vrede in de wereld. Raava stelt hem gerust: 'Maak je geen zorgen, we zullen samen zijn in al je levens en we zullen nooit opgeven.' Bij het uitademen van zijn laatste adem, verlaat zijn ziel, nog versmolten met Raava, zijn lichaam en begint de Avatar-cyclus. Met de meeste herinneringen terug, komt Korra erachter dat de Harmonische Convergentie over een paar weken is, waarna ze op zoek gaat naar Tenzin.

In de geestenwerken met Jinora, kampt Korra met vervelende relaties tussen geesten. Als Jinora en Korra van elkaar worden gescheiden, verandert Korra in een kinderlijke versie van zichzelf. Ze wordt gered door oom Iroh, die haar helpt haar emoties onder bedwang te houden en haar vertelt dat ze de feniksgeest moet terugbrengen naar haar nest. Zodra Korra dit gedaan heeft, transformeert de feniksgeest samen met de andere feniksgeesten in een reusachtige vogel. Korra is weer hersteld naar haar eigen leeftijd en wordt door de vogel meegenomen naar de portalen. Korra komt erachter dat Vaatu alleen bevrijd kan worden als beide portalen geopend zijn tijdens de Harmonische Convergentie. Jinora komt erachter dat Wan Shi Tong in competitie is met Unalaq. Korra probeert Jinora te redden uit de klauwen van Unalaq, maar dit kan alleen door het Noordelijke portaal te openen. Na een kort gevecht wordt Korra gered door de grote vogel en is gedwongen uit de geestenwereld gekomen, terwijl Jinora vast is blijven zitten in de geestenwereld, en lichamelijk in coma is geraakt.

Bolin bezoekt zijn broer in de gevangenis, die hem probeert te waarschuwen voor Varrick. Bolin gelooft hem niet en gaat naar de finale van zijn serie, waar ook de president aanwezig is. Tijdens de voorstelling voorkomt Bolin een schijnbare ontvoering van de president. Toen hij een van de kidnappers ondervroeg, kwamen ze erachter dat Varrick erachter zat en hij wordt gearresteerd. Mako wordt bevrijd uit de gevangenis. Korra waarschuwt de president over de Harmonische Convergentie en Unalaq die van plan is de wereld over te nemen, maar de president behoudt zijn troepen om Republicasia te beschermen. Korra gaat naar Varrick voor hulp, die haar vervolgens zijn gevechtsschip geeft. Op de Zuidpool heeft Tonraq verloren in een gevecht tegen Unalaq.

Korra en haar vrienden ontdekken dat de Zuidelijke weerstand wordt onderdrukt en Tonraq gevangen is, terwijl Jinora de dood nadert. Met nog een paar uur tot de Harmonische Convergentie vallen Korra en haar vrienden de sterk verdedigde Zuidpool aan, maar het mislukt en iedereen wordt gevangengenomen, behalve Bumi. Bumi dringt het kamp binnen en vernietigt het per ongeluk, waarbij hij iedereen weet te bevrijden. Daarop volgt iedereen Unalaq het portaal in, behalve Asami, die voor een gewonde Tonraq naar Katara gaat om te genezen. Terwijl Tenzin, Kya en Bumi gaan zoeken naar Jinora, probeert Korra de portalen te sluiten met Mako en Bolin als beschermers. Unalaq onthult dat hij van plan is zich te versmelten met Vaatu, en zo een Dark Avatar te worden en de wereld te overheersen. Het lukt Korra niet de portalen te sluiten. Ze is te laat en Vaatu is bevrijd.

Korra probeert Vaatu op te sluiten terwijl Mako en Bolin zich verzetten tegen Unalaq. Met behulp van Desna en Eska, overmeestert Unalaq Mako en Bolin, hindert Korra en versmelt zich met Vaatu. Avatar Korra en Dark Avatar staan tegenover elkaar in de Avatar trans. In de geestenwereld komen Tenzin, Bumi en Kya oom Iroh tegen. Hij vertelt waar ze Jinora kunnen vinden. Tenzin besluit de Mist van Verloren Zielen te betreden, waar mensen gek worden gemaakt door hun zwaktes, om zo Jinora te kunnen vinden. Kya en Bumi worden al snel gek en verdwijnen in de mist, Tenzin doet het goed maar wordt dan geconfronteerd met zijn zwakte. Zijn vader, Avatar Aang, vertelt hem dat hij zichzelf moet zijn, geen kopie van hem. De mist verdwijnt heel even en Tenzin weet Kya, Bumi en Jinora te vinden en ze gaan ervandoor. Mako en Bolin overtuigen Desna en Eska hen te bevrijden, maar Korra wordt overmeesterd door Unalaq, die de verbinding tussen Raava en Korra en de vorige Avatars volledig vernietigt. Unalaq verandert in een gigantische geest, de donkerste geest die ooit heeft bestaan, en teleporteert weg. Korra, Mako en Bolin zijn geschokt.

Tenzin, Kya en Bumi vinden Korra en haar vrienden bewusteloos en gewond. Nadat ze genezen zijn door Kya, vertelt Korra dat, nu Raava er niet meer is, de Avatar-cyclus ophoudt te bestaan en zij de laatste Avatar is. Unalaq valt Republicasia aan. Tijdens de aanval ontsnapt Varrick uit de gevangenis. In de geestenwereld leidt Tenzin Korra naar de Boom der Tijd en vertelt haar dat ze moet mediteren in de boom. Terwijl ze mediteert, ontsluit Korra haar diepste spirituele energie en teleporteert naar Republicasia om erachter te komen of er een deel van Raava in Vaatu zit, aangezien Vaatu niet kan leven zonder Raava. De geest van Jinora heeft het deel van Raava binnen Vaatu verlicht, Korra trekt Raava uit Vaatu en zuivert Vaatu, wat Unalaq niet overleeft. Tenzin, Kya, Bumi, Mako en Bolin zijn nog steeds in de geestenwereld om het lichaam van Korra te beschermen tegen de duistere geesten en worden uiteindelijk geholpen door Desna en Eska. Ze worden bijna verslagen tot Korra's geest en Raava terugkeren naar Korra's lichaam en zuiveren alle duistere geesten. Korra en Raava versmelten weer, maar de band met alle vorige Avatars is helaas vernietigd. In plaats van het sluiten van de twee portalen, besluit Korra ze open te houden. Misschien zat Wan wel fout toen hij de mensen en geesten van elkaar ging scheiden. Op de Zuidelijke Waterstam kondigt Korra aan dat ze weer onafhankelijk zijn van de Noordelijke Waterstam. Korra kondigt ook aan dat zij niet langer meer de brug tussen de mensenwereld en geestenwereld is, dat zijn de portalen vanaf nu. Korra en Mako maken het uit nadat Korra haar herinnering terugkreeg van de breuk tussen haar en Mako in het politiebureau. Korra werd een nieuwe avatar van een nieuwe generatie, nadat ze de verbinding met alle voormalige Avatars is verloren, ze is de eerste Avatar van het nieuwe tijdperk.