코라와 텐진이 남쪽 지방의 얼음 영혼 축제에 간다. 이때 많은 사람들의 환영 속에 등장한 이는 북쪽 물의 부족 족장. 코라의 삼촌이기도 한 그는 영혼과 소통할 수 있다는데.

영혼 세계의 통로 입구를 열기 위해 남극으로 떠나는 코라와 우나락. 코라를 돌볼 사람이 필요하다며 따라나서는 톤락. 그런데 어둠의 영혼들은 왜 이들을 따라다니는 걸까.

우나락이 북쪽 물의 부족 군사들을 남쪽 마을로 불러들인다. 이런 상황이 못마땅하기만 한 남쪽 마을 사람들. 양쪽의 갈등이 점점 심해지자, 보다 못한 코라가 중재에 나선다.

억울한 누명을 씌워 부모님을 체포하더니, 반란군에게 무기징역을 선고하기까지. 머리끝까지 화가 난 코라. 판사 호타를 뒤쫓아가 추궁하던 중, 우나락의 실체를 알게 된다.

이제 전쟁이다! 공화국 시를 찾아가 라이코 대통령에게 군대를 요청하는 코라. 하지만 대통령이 지원을 거부하자, 코라는 달리 방법이 없다. 배릭에게 조언을 구하는 수밖에.

미래 산업의 물건을 싣고 가던 배릭의 배가 공격을 당한다. 대체 누구의 소행일까. 마코는 이 일이 문화 센터 폭파 사건과 관련 있다고 의심하지만, 베이퐁의 생각은 다르다.

기억을 잃은 채 깨어난 코라. 주술사가 코라를 치유하는 동안, 코라는 의식 속에서 최초의 아바타 완을 만난다. 그리고 완이 어떻게 최초의 아바타가 되었는지 보게 되는데.

남쪽 통로를 닫으려면 영혼 세계 안으로 들어가야 해요. 코라의 계획을 듣고서 돕겠다고 나서는 텐진. 마코가 배릭을 의심하는 사이, 배릭은 마코를 불러 뜻밖의 제안을 한다.

지노라의 도움을 받아 영혼 세계에 들어간 코라. 하지만 이곳의 영혼들은 아바타를 그다지 반기지 않는 듯. 지노라와 헤어져 두려움에 떨던 코라는 어린아이로 되돌아간다.

유명 인사가 대거 참석한 가운데 영화 행사가 진행된다. 이때 어디선가 나타난 괴한들. 라이코 대통령 부부가 납치될 위기에 빠지자, 볼린이 홀로 괴한들을 상대하러 나선다.

남쪽 반란군이 전멸되고 코라의 아버지도 잡혀갔다는 소식이 들려온다. 조화로운 일치의 시간이 얼마 남지 않은 상황. 포위된 남쪽 통로 대신 공중으로 접근하는 건 어떨까.

지노라의 영혼을 찾아 헤매던 텐진 일행은 결국 길을 잃고 만다. 바투와 한 몸이 되려는 우나락을 막는 것은 코라 일행의 몫. 하지만 우나락은 그리 만만한 상대가 아니다.

우나락과 한 몸이 된 바투, 그리고 의식을 잃고 쓰러진 코라. 정신을 차린 코라는 라바가 파괴된 현실에 좌절한다. 그 사이, 바투는 공화국 시에 맹공격을 퍼붓고 있었으니.