Après que son école se retrouve portes closes, Twilight Sparkle doit réunir ses étudiants, donner de l'inspiration à ses amis et écraser les règles pour ce qui lui paraît juste : que toutes les créatures, poneys ou non, aient le droit d'apprendre l'amitié ensemble.

Pinkie Pie se retrouve prise de court lorsqu'elle apprend que sa sœur Maud s'est trouvée un petit ami que Pinkie ne peut supporter.

Seule Fluttershy est disponible pour garder la boutique de Rarity à Jumanhattan en l'absence de cette dernière. Pour affronter une clientèle intimidante, elle se crée différents personnages. Mais lorsque ceux-ci deviennent très exagérés, Fluttershy comprend qu'elle est plus efficace en restant elle-même.

Granny Smith et ses amies âgées vont à Las Pégase et Rainbow Dash accepte de les accompagner pour tester la meilleure montagne russe de tous les temps avant sa fermeture. Mais les règles de sécurité imposées par Applejack pour les poneys retraités tiennent Rainbow Dash tellement occupée qu'elle doute d'avoir le temps d'essayer le fameux manège.

Les Chercheuses de talent doivent aider un hippogriffe à trouver sa place. Avec des membres de sa famille sur le mont Aris ainsi que des proches poneys-sirènes d'Aquastria, il ne parvient pas à choisir un endroit où vivre. Malheureusement, les Chercheuses de talent aiment tellement les deux endroits qu'elles n'arrivent pas non plus à se décider.

Le rêve de pouliche de Célestia, jouer dans une pièce de théâtre, est sur le point de se réaliser quand Twilight l'engage dans sa nouvelle production... mais elle se rend vite compte que le talent de Célestia est tout autre !

Ni Starlight ni Sunburst n'ont plus rendu visite à leurs parents depuis longtemps, mais quand la carte les appelle dans leur ville natale, ils découvrent que leurs parents sont au centre du problème d'amitié qu'ils doivent résoudre.

Applejack et Rainbow Dash emmènent leurs élèves en sortie scolaire afin de leur apprendre à travailler en équipe et finissent, sans le vouloir, par leur montrer tout ce qu'il ne faut pas faire.

C'est la Saint-Valéquin à Poneyville et Big McIntosh a préparé une surprise romantique pour Sugar Belle. Mais la journée prend une autre tournure quand il entend sa bien-aimée dire à Madame Cake qu'elle a l'intention de rompre avec lui !

Spike souffre de toute une série de symptômes bizarres que Smolder explique par un phénomène que tous les dragons traversent lors de leur croissance : la mue ! À la grande horreur de Spike, Smolder lui révèle également que ce phénomène est accompagné d'un "effet mue" qui pousse les êtres chers du dragon en pleine mue à jeter ce dernier hors du foyer !

Les Chercheuses de talent tentent de convaincre Twilight de les admettre à l'école de l'amitié même si, visiblement, elles maîtrisent déjà tout le cursus !

La reine Chrysalis est de retour afin de se venger de Starlight Glimmer et ses six amies.

Twilight Sparkle laisse Starlight Glimmer diriger l'école. Discord est frustré de ne pas être choisi et va tout faire pour rendre la tâche plus compliquée que prévu pour Starlight.

Une farce qui tourne mal ruine les préparatifs pour la fête du Feu chaleureux. Pendant que Twilight essaye de découvrir lequel de ses élèves est derrière cette histoire, les élèves se lient d'amitié en partageant des souvenirs de leurs foyers.

Twilight découvre qu'il existe une autre école d'amitié. Elle et Rarity vont y enquêter et découvrent que Tourbillon Étoile, un pilier d'Équestria, est inscrit dans cette école.

Rarity et Rainbow Dash commencent à se demander pourquoi elles sont amies quand elles n'arrivent pas à trouver quelque chose qu'elles aiment toutes les deux.

Jouer d'un instrument est la nouvelle passion de Pinkie Pie. Mais quand ses amis la dissuadent de jouer à cause de son manque de talent, cela cause une série d'évènements qui conduisent à ce que Pinkie Pie quitte Poneyville.

Quand Trixie est invitée à produire son spectacle de magie dans un endroit lointain, elle ne pense pas trouver quiconque plus parfait pour l'accompagner que sa grande et puissante assistante, Starlight Glimmer. Mais il y aura quelques embuches sur la route...

Scootaloo a un coup de foudre pour les Fiascos, un groupe de poneys cascadeurs en tournée. Rainbow Dash se fait alors du souci et a peur de ne plus être l'idole de la jeune pouliche.

Rockhoof, un des piliers héroïques du passé, a du mal à s'intégrer dans la société moderne. Twilight et ses amies font alors leur maximum afin de l'aider à se trouver une place.

Les élèves doivent passer un examen sur l'histoire de l'amitié mais trouvent cela difficile d'autant que ça semble compliqué pour eux de travailler ensemble, s'imaginant que l'amitié n'est pas dans leur nature. Ils vont alors être mis à l'épreuve et confrontés à leurs propres peurs, afin que leur amitié leur permette de s'en sortir et réussir leur examen.

Applejack et Fluttershy doivent partir aux sommets du Péril pour une quête de l'amitié. Elles y rencontrent les kirin qui ont choisi de vivre dans le silence complet suite à une grosse dispute. En effet, ces poneys se transforment en d'autres créatures lorsqu'ils sont en colères et deviennent méchants et violents. Afin d'éviter ces conflits, ils ont décider de ne plus parler. Applejack et Fluttershy vont les aider à communiquer et à gérer leur colère.

Un dragon arrive à Poneyville et prétend être le père de Spike qui a grandit sans ses parents. Spike essaie de créer des liens et de partager des activités avec son papa qui trouve que son fils ne vit pas du tout comme un dragon mais comme un poney.

La magie d'Équestria est en train de disparaître sans raison, Twilight se met en quête de réponses avec ses amis tout en laissant l'école de l'amitié derrière elle. Cela laisse la porte ouverte pour une attaque venant d'un esprit malin...

Tandis que Twilight et ses amis tentent d'échapper à Tartarus, Cozy Glow manigance dans l'ombre afin de prendre le contrôle de l'école de l'amitié avec pour seul barrage les élèves de Twilight et les Chercheuses de talent !